+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e9i | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mycobacterial respiratory complex I, semi-inserted quinone | |||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Liang, Y. / Rubinstein, J.L. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of mycobacterial respiratory complex I. 著者: Yingke Liang / Alicia Plourde / Stephanie A Bueler / Jun Liu / Peter Brzezinski / Siavash Vahidi / John L Rubinstein / ![]() ![]() 要旨: Oxidative phosphorylation, the combined activity of the electron transport chain (ETC) and adenosine triphosphate synthase, has emerged as a valuable target for the treatment of infection by and ...Oxidative phosphorylation, the combined activity of the electron transport chain (ETC) and adenosine triphosphate synthase, has emerged as a valuable target for the treatment of infection by and other mycobacteria. The mycobacterial ETC is highly branched with multiple dehydrogenases transferring electrons to a membrane-bound pool of menaquinone and multiple oxidases transferring electrons from the pool. The proton-pumping type I nicotinamide adenine dinucleotide (NADH) dehydrogenase (Complex I) is found in low abundance in the plasma membranes of mycobacteria in typical in vitro culture conditions and is often considered dispensable. We found that growth of in carbon-limited conditions greatly increased the abundance of Complex I and allowed isolation of a rotenone-sensitive preparation of the enzyme. Determination of the structure of the complex by cryoEM revealed the "orphan" two-component response regulator protein MSMEG_2064 as a subunit of the assembly. MSMEG_2064 in the complex occupies a site similar to the proposed redox-sensing subunit NDUFA9 in eukaryotic Complex I. An apparent purine nucleoside triphosphate within the NuoG subunit resembles the GTP-derived molybdenum cofactor in homologous formate dehydrogenase enzymes. The membrane region of the complex binds acyl phosphatidylinositol dimannoside, a characteristic three-tailed lipid from the mycobacterial membrane. The structure also shows menaquinone, which is preferentially used over ubiquinone by gram-positive bacteria, in two different positions along the quinone channel, comparable to ubiquinone in other structures and suggesting a conserved quinone binding mechanism. #1: ![]() タイトル: Structure of mycobacterial respiratory Complex I 著者: Liang, Y. / Plourde, A. / Bueler, S.A. / Liu, J. / Brzezinski, P. / Vahidi, S. / Rubinstein, J.L. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 817.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 648.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27965MC ![]() 8e9gC ![]() 8e9hC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 O
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 14119.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QU37 |
---|
-NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 12種, 12分子 BACDEGFIHJKN
#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 20123.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU35, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
---|---|
#3: タンパク質 | ![]() 分子量: 13628.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU36, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#4: タンパク質 | ![]() 分子量: 26610.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU34, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#5: タンパク質 | ![]() 分子量: 48556.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU33, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#6: タンパク質 | ![]() 分子量: 25746.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU32, ![]() |
#7: タンパク質 | ![]() 分子量: 83894.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU30, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#8: タンパク質 | ![]() 分子量: 47831.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU31, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#9: タンパク質 | ![]() 分子量: 19860.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU28, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#10: タンパク質 | ![]() 分子量: 44477.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU29, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#11: タンパク質 | ![]() 分子量: 26398.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU27, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#12: タンパク質 | ![]() 分子量: 10876.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU26, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#14: タンパク質 | ![]() 分子量: 54013.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU23, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
-NADH-quinone oxidoreductase, ... , 2種, 2分子 LM
#13: タンパク質 | ![]() 分子量: 65446.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU25, ![]() |
---|---|
#15: タンパク質 | ![]() 分子量: 56338.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 参照: UniProt: A0QU24, ![]() |
-非ポリマー , 7種, 14分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MQ9.gif)
![](data/chem/img/XP2.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MQ9.gif)
![](data/chem/img/XP2.gif)
#16: 化合物 | ChemComp-SF4 / ![]() #17: 化合物 | ![]() #18: 化合物 | ChemComp-GTP / | ![]() #19: 化合物 | ChemComp-FMN / | ![]() #20: 化合物 | ChemComp-ZN / | #21: 化合物 | ChemComp-MQ9 / | ![]() #22: 化合物 | ChemComp-XP2 / ( | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterial respiratory complex I, semi-inserted quinone タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#15 / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 値: 0.56 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() 細胞内の位置: Inner membrane |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結![]() | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 47 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14385 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|