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- PDB-8dy9: Streptomyces venezuelae RNAP unconstrained open promoter complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dy9
タイトルStreptomyces venezuelae RNAP unconstrained open promoter complex with WhiA and WhiB transcription factors
要素
  • (DNA (38-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...ポリメラーゼ) x 4
  • Probable cell division protein WhiA
  • RNA polymerase sigma factor SigA
  • RNA polymerase-binding protein RbpA
  • Transcriptional regulator WhiB
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSFERASE/DNA / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / Transcription factor (転写因子) / Iron cluster (鉄・硫黄クラスター) / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sporulation / dinitrosyl-iron complex binding / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...regulation of sporulation / dinitrosyl-iron complex binding / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein dimerization activity / 細胞周期 / 細胞分裂 / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Sporulation regulator WhiA / Sporulation transcription regulator WhiA, N-terminal domain / Sporulation regulator WhiA, C-terminal / WhiA, LAGLIDADG-like domain / WhiA C-terminal HTH domain / WhiA N-terminal LAGLIDADG-like domain / WhiA LAGLIDADG-like domain / Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB ...Sporulation regulator WhiA / Sporulation transcription regulator WhiA, N-terminal domain / Sporulation regulator WhiA, C-terminal / WhiA, LAGLIDADG-like domain / WhiA C-terminal HTH domain / WhiA N-terminal LAGLIDADG-like domain / WhiA LAGLIDADG-like domain / Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / RNA polymerase-binding protein RbpA / RbpA superfamily / RNA polymerase-binding protein / Homing endonuclease / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
鉄・硫黄クラスター / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Probable cell division protein WhiA / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / Transcriptional regulator WhiB / RNA polymerase sigma factor SigA / RNA polymerase-binding protein RbpA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae ATCC 10712 (バクテリア)
Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Lilic, M. / Campbell, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structural basis of dual activation of cell division by the actinobacterial transcription factors WhiA and WhiB.
著者: Mirjana Lilic / Neil A Holmes / Matthew J Bush / Alexandra K Marti / David A Widdick / Kim C Findlay / Young Joo Choi / Ruby Froom / Steven Koh / Mark J Buttner / Elizabeth A Campbell /
要旨: Studies of transcriptional initiation in different bacterial clades reveal diverse molecular mechanisms regulating this first step in gene expression. The WhiA and WhiB factors are both required to ...Studies of transcriptional initiation in different bacterial clades reveal diverse molecular mechanisms regulating this first step in gene expression. The WhiA and WhiB factors are both required to express cell division genes in Actinobacteria and are essential in notable pathogens such as . The WhiA/B regulons and binding sites have been elucidated in (), where they coordinate to activate sporulation septation. However, how these factors cooperate at the molecular level is not understood. Here we present cryoelectron microscopy structures of transcriptional regulatory complexes comprising RNA polymerase (RNAP) σ-holoenzyme and WhiA and WhiB, in complex with the WhiA/B target promoter . These structures reveal that WhiB binds to domain 4 of σ (σ) of the σ-holoenzyme, bridging an interaction with WhiA while making non-specific contacts with the DNA upstream of the -35 core promoter element. The N-terminal homing endonuclease-like domain of WhiA interacts with WhiB, while the WhiA C-terminal domain (WhiA-CTD) makes base-specific contacts with the conserved WhiA GACAC motif. Notably, the structure of the WhiA-CTD and its interactions with the WhiA motif are strikingly similar to those observed between σ housekeeping σ-factors and the -35 promoter element, suggesting an evolutionary relationship. Structure-guided mutagenesis designed to disrupt these protein-DNA interactions reduces or abolishes developmental cell division in confirming their significance. Finally, we compare the architecture of the WhiA/B σ-holoenzyme promoter complex with the unrelated but model CAP Class I and Class II complexes, showing that WhiA/WhiB represent a new mechanism in bacterial transcriptional activation.
履歴
登録2022年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigA
G: RNA polymerase-binding protein RbpA
H: Transcriptional regulator WhiB
I: Probable cell division protein WhiA
O: DNA (38-MER)
P: DNA (38-MER)
Q: DNA (38-MER)
R: DNA (38-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)535,00918
ポリマ－534,43713
非ポリマー5725
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / ポリメラーゼ / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 36734.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae ATCC 10712 (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
遺伝子: rpoA, SVEN_4407 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RJV9, ポリメラーゼ
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 130458.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
参照: UniProt: F2RIS5, ポリメラーゼ
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 144614.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces venezuelae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A5P2AAC9, ポリメラーゼ
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / ポリメラーゼ / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 9730.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
参照: UniProt: F2RCK7, ポリメラーゼ

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タンパク質 , 4種, 4分子 FGHI

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA


分子量: 56696.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
遺伝子: sigA, SVEN_5499 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2R7X6
#6: タンパク質 RNA polymerase-binding protein RbpA


分子量: 14116.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
遺伝子: rbpA, SVEN_1012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RBH1
#7: タンパク質 Transcriptional regulator WhiB


分子量: 10011.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: whiB, DEJ44_12835, DEJ45_22255, DEJ46_24450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5P2AC98
#8: タンパク質 Probable cell division protein WhiA


分子量: 34959.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: whiA, DEJ44_07690, DEJ45_27525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5P1ZKC3

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DNA鎖 , 2種, 4分子 OQPR

#9: DNA鎖 DNA (38-MER)


分子量: 15068.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
#10: DNA鎖 DNA (38-MER)


分子量: 15121.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptomyces venezuelae (バクテリア)

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非ポリマー , 3種, 5分子

#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#12: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#13: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Streptomyces venezuelae RNAP unconstrained open promoter complex with WhiA and WhiB transcription factors
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 66 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 118181 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00333116
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48845396
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.4325562
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045162
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0035461

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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