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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cyj | |||||||||
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タイトル | RBD of SARS-CoV-2 Spike protein in complex with pan-sarbecovirus nanobodies 2-10, 2-67, 2-62 and 1-25 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Huang, W. / Taylor, D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Superimmunity by pan-sarbecovirus nanobodies. 著者: Yufei Xiang / Wei Huang / Hejun Liu / Zhe Sang / Sham Nambulli / Jérôme Tubiana / Kevin L Williams / W Paul Duprex / Dina Schneidman-Duhovny / Ian A Wilson / Derek J Taylor / Yi Shi / ![]() ![]() 要旨: Vaccine boosters and infection can facilitate the development of SARS-CoV-2 antibodies with improved potency and breadth. Here, we observe superimmunity in a camelid extensively immunized with the ...Vaccine boosters and infection can facilitate the development of SARS-CoV-2 antibodies with improved potency and breadth. Here, we observe superimmunity in a camelid extensively immunized with the SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD). We rapidly isolate a large repertoire of specific ultra-high-affinity nanobodies that bind strongly to all known sarbecovirus clades using integrative proteomics. These pan-sarbecovirus nanobodies (psNbs) are highly effective against SARS-CoV and SARS-CoV-2 variants, including Omicron, with the best median neutralization potency at single-digit nanograms per milliliter. A highly potent, inhalable, and bispecific psNb (PiN-31) is also developed. Structural determinations of 13 psNbs with the SARS-CoV-2 spike or RBD reveal five epitope classes, providing insights into the mechanisms and evolution of their broad activities. The highly evolved psNbs target small, flat, and flexible epitopes that contain over 75% of conserved RBD surface residues. Their potencies are strongly and negatively correlated with the distance of the epitopes from the receptor binding sites. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 291.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 192.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27080MC ![]() 8cwuC ![]() 8cwvC ![]() 8cxnC ![]() 8cxqC ![]() 8cy6C ![]() 8cy7C ![]() 8cy9C ![]() 8cyaC ![]() 8cybC ![]() 8cycC ![]() 8cydC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.4 TB Data #1: raw movies of SARS-CoV-2 RBD in complex with 4 psNbs [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 14016.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 13916.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 14358.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: 抗体 | 分子量: 13807.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | ![]() 分子量: 141263.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 spike protein with psNbs 2-10, 2-67, 2-62 and 1-25 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 31.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 179358 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 137.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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