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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bcp | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the proximal end of bacteriophage T5 tail : p142 tail terminator protein hexamer and pb6 tail tube protein trimer | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Bacteriophage (ファージ) / Siphophage / T5 / tail terminator / Trp | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / virus tail / viral release from host cell by cytolysis 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia phage T5 (ファージ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å | |||||||||
データ登録者 | Linares, R. / Effantin, G. / Breyton, C. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the proximal end of bacteriophage T5 tail, in its native state and after interaction with its bacterial receptor 著者: Linares, R. / Effantin, G. / Breyton, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bcp.cif.gz | 395.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bcp.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8bcp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bcp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 15967MC 8bcuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18378.643 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage T5 (ファージ) / 参照: UniProt: Q6QGE1 #2: タンパク質 | 分子量: 50459.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage T5 (ファージ) / 参照: UniProt: Q6QGE2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia virus T5 / タイプ: VIRUS 詳細: Pure T5 tails obtained by infecting E. coli F strain with the amber mutant phage T5D20am30d Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia virus T5 (ウイルス) / 株: T5D20am30d | |||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | |||||||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Escherichia coli / 株: F | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Pure T5 tails obtained by infecting E. coli F strain with the amber mutant phage T5D20am30d | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 25 mA / グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K 詳細: 3 uL of T5 tails sample were deposited on a freshly glow discharged EM grid and plunge-frozen in nitrogen-cooled liquid ethane using a ThermoFisher Mark IV Vitrobot device (100 percent ...詳細: 3 uL of T5 tails sample were deposited on a freshly glow discharged EM grid and plunge-frozen in nitrogen-cooled liquid ethane using a ThermoFisher Mark IV Vitrobot device (100 percent humidity, 20 Celsius degrees, 5 s blotting time, blot force 0) |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9952 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 146 / プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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