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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8akw | ||||||
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タイトル | 280 A SynPspA rod after incubation with ATP | ||||||
要素 | Chloroplast membrane-associated 30 kD protein | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Nucleotide binding (ヌクレオチド) / Helical assembly / ESCRT-III fold / Membrane remodeling | ||||||
機能・相同性 | phage shock / PspA/IM30 / PspA/IM30 family / 細胞質基質 / Chloroplast membrane-associated 30 kD protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å | ||||||
データ登録者 | Junglas, B. / Hudina, E. / Schoennenbeck, P. / Ritter, I. / Santiago-Schuebel, B. / Huesgen, P. / Sachse, C. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Non-canonical ATPase activity drives PspA membrane constriction 著者: Junglas, B. / Hudina, E. / Schoennenbeck, P. / Ritter, I. / Santiago-Schuebel, B. / Huesgen, P. / Sachse, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8akw.cif.gz | 3.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8akw.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8akw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/8akw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/8akw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 15495MC 8akqC 8akrC 8aksC 8aktC 8akuC 8akvC 8akxC 8akyC 8akzC 8al0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28097.758 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: im30 / プラスミド: pET50del 詳細 (発現宿主): Based on pET50b(+) with deletion of NusA tag 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P74717 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Phage shock protein A (PspA) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 143.2 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / プラスミド: pET50del |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 58 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 22.9 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.64 Å / らせん対称軸の対称性: C3 |
3次元再構成 | 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67654 / 対称性のタイプ: HELICAL |