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- PDB-8agt: Yeast RQC complex in state F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8agt
タイトルYeast RQC complex in state F
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 42
  • (Eukaryotic translation initiation factor ...) x 2
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA5.8SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • A-site Ala aminoacyl-tRNA
  • CAT tailed nascent peptide
  • E3 ubiquitin-protein ligase listerin
  • P-site petidyl-tRNA
  • Ribosome quality control complex subunit 2
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / ribosome-associated quality control / NEMF / Listerin / CAT tailing
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-aminoacyl-tRNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational elongation through polyproline stretches / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / CAT tailing / translational frameshifting / positive regulation of translational termination / RQC complex / peptide biosynthetic process / positive regulation of translational elongation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...alpha-aminoacyl-tRNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational elongation through polyproline stretches / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / CAT tailing / translational frameshifting / positive regulation of translational termination / RQC complex / peptide biosynthetic process / positive regulation of translational elongation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational elongation / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / protein-RNA complex assembly / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of translational initiation / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / translation elongation factor activity / rescue of stalled ribosome / translational termination / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / translation initiation factor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome / cytosolic ribosome assembly / proteasomal protein catabolic process / maintenance of translational fidelity / オートファジー / protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / ribosomal large subunit assembly / protein tag activity / rRNA processing / cytoplasmic stress granule / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / chromatin organization / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / ubiquitin-dependent protein catabolic process / tRNA binding / negative regulation of translation / chromosome, telomeric region / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / perinuclear region of cytoplasm / ミトコンドリア / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
NFACT protein, C-terminal / NFACT protein C-terminal domain / E3 ubiquitin-protein ligase listerin / Listerin, zinc finger, RING-type / FANCL C-terminal domain / Zinc finger, RING-CH-type / The RING-variant domain is a C4HC3 zinc-finger like motif found in a number of cellular and viral proteins. Some of these proteins have been shown both in vivo and in vitro to have ubiquitin E3 ligase activity. / NFACT, RNA-binding domain / : / NFACT protein RNA binding domain ...NFACT protein, C-terminal / NFACT protein C-terminal domain / E3 ubiquitin-protein ligase listerin / Listerin, zinc finger, RING-type / FANCL C-terminal domain / Zinc finger, RING-CH-type / The RING-variant domain is a C4HC3 zinc-finger like motif found in a number of cellular and viral proteins. Some of these proteins have been shown both in vivo and in vitro to have ubiquitin E3 ligase activity. / NFACT, RNA-binding domain / : / NFACT protein RNA binding domain / Translation initiation factor 5A-like, N-terminal / NFACT N-terminal and middle domains / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Ring finger domain / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L10e / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L34e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L1 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L35Ae
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A ...: / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein eL6B / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL1A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein uL11A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein eL21A / E3 ubiquitin-protein ligase listerin / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Ribosome quality control complex subunit 2 / Large ribosomal subunit protein eL13A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tesina, P. / Buschauer, R. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of eIF5A-dependent CAT tailing in eukaryotic ribosome-associated quality control.
著者: Petr Tesina / Shuhei Ebine / Robert Buschauer / Matthias Thoms / Yoshitaka Matsuo / Toshifumi Inada / Roland Beckmann /
要旨: Ribosome-associated quality control (RQC) is a conserved process degrading potentially toxic truncated nascent peptides whose malfunction underlies neurodegeneration and proteostasis decline in aging. ...Ribosome-associated quality control (RQC) is a conserved process degrading potentially toxic truncated nascent peptides whose malfunction underlies neurodegeneration and proteostasis decline in aging. During RQC, dissociation of stalled ribosomes is followed by elongation of the nascent peptide with alanine and threonine residues, driven by Rqc2 independently of mRNA, the small ribosomal subunit and guanosine triphosphate (GTP)-hydrolyzing factors. The resulting CAT tails (carboxy-terminal tails) and ubiquitination by Ltn1 mark nascent peptides for proteasomal degradation. Here we present ten cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures, revealing the mechanistic basis of individual steps of the CAT tailing cycle covering initiation, decoding, peptidyl transfer, and tRNA translocation. We discovered eIF5A as a crucial eukaryotic RQC factor enabling peptidyl transfer. Moreover, we observed dynamic behavior of RQC factors and tRNAs allowing for processivity of the CAT tailing cycle without additional energy input. Together, these results elucidate key differences as well as common principles between CAT tailing and canonical translation.
履歴
登録2022年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60S ribosomal protein L15-A
B: 60S ribosomal protein L16-A
C: 60S ribosomal protein L17-A
D: 60S ribosomal protein L18-A
E: 60S ribosomal protein L19-A
F: 60S ribosomal protein L20-A
G: 60S ribosomal protein L21-A
H: 60S ribosomal protein L22-A
I: 60S ribosomal protein L23-A
J: 60S ribosomal protein L24-A
K: 60S ribosomal protein L25
L: 60S ribosomal protein L26-A
M: 60S ribosomal protein L27-A
N: 60S ribosomal protein L28
O: 60S ribosomal protein L29
P: 60S ribosomal protein L30
Q: 60S ribosomal protein L31-A
R: 60S ribosomal protein L32
S: 60S ribosomal protein L33-A
T: 60S ribosomal protein L34-A
U: 60S ribosomal protein L35-A
V: 60S ribosomal protein L36-A
W: 60S ribosomal protein L37-A
X: 60S ribosomal protein L38
Y: 60S ribosomal protein L39
Z: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
b: 60S ribosomal protein L42-A
c: 60S ribosomal protein L43-A
d: 60S ribosomal protein L41-A
f: 25S rRNA
h: 5S rRNA
i: 5.8S rRNA
j: 60S ribosomal protein L2-A
k: 60S ribosomal protein L3
l: 60S ribosomal protein L4-A
m: 60S ribosomal protein L5
n: 60S ribosomal protein L6-B
o: 60S ribosomal protein L7-A
p: 60S ribosomal protein L8-A
q: 60S ribosomal protein L9-A
r: 60S ribosomal protein L10
s: 60S ribosomal protein L11-A
t: 60S ribosomal protein L13-A
u: 60S ribosomal protein L14-A
a: Ribosome quality control complex subunit 2
e: E3 ubiquitin-protein ligase listerin
g: Eukaryotic translation initiation factor 6
w: 60S ribosomal protein L1-A
x: A-site Ala aminoacyl-tRNA
y: P-site petidyl-tRNA
z: 60S ribosomal protein L12-A
0: 60S acidic ribosomal protein P0
1: CAT tailed nascent peptide
v: Eukaryotic translation initiation factor 5A-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,401,25874
ポリマ－2,400,48554
非ポリマー77420
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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60S ribosomal protein ... , 42種, 42分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYbcdjk...

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / リボソーム / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05748
#2: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / リボソーム / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26784
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / リボソーム / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05740
#4: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL18-A / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX49
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / リボソーム / L23 / Large ribosomal subunit protein eL19-A / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX82
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / リボソーム / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX23
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL21-A


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02753
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / リボソーム / L1c / Large ribosomal subunit protein eL22-A / RP4 / YL31


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05749
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / リボソーム / L17a / Large ribosomal subunit protein uL14-A / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX41
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A / リボソーム / L30 / Large ribosomal subunit protein eL24-A / RP29 / YL21


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04449
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / / Large ribosomal subunit protein uL23 / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04456
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / リボソーム / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05743
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL27-A


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H6
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / / L27a / L29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P02406
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / / Large ribosomal subunit protein eL29 / YL43


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05747
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / / L32 / Large ribosomal subunit protein eL30 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14120
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / リボソーム / L34 / Large ribosomal subunit protein eL31-A / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H8
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38061
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / リボソーム / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05744
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL34-A


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P87262
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein uL29-A


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX84
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / リボソーム / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05745
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / リボソーム / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49166
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49167
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / / L46 / Large ribosomal subunit protein eL39 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04650
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L42-A / リボソーム / L41 / Large ribosomal subunit protein eL42-A / YL27 / YP44


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX27
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / リボソーム / L37a / Large ribosomal subunit protein eL43-A / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX25
#29: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A / リボソーム / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-A / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX86
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L2-A / リボソーム / L5 / Large ribosomal subunit protein uL2-A / RP8 / YL6


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX45
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14126
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / リボソーム / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P10664
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / / L1 / L1a / Large ribosomal subunit protein uL18 / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26321
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L6-B / リボソーム / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-B / RP18 / YL16


分子量: 20024.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05739
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / リボソーム / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05737
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / リボソーム / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17076
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / リボソーム / L8 / Large ribosomal subunit protein uL6-A / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05738
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / / L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI- ...L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41805
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L11-A / リボソーム / L16 / Large ribosomal subunit protein uL5-A / RP39 / YL22


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W9
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL13-A


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12690
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36105
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L1-A / リボソーム / L10a / Large ribosomal subunit protein uL1-A


分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX43
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L12-A / リボソーム / L15 / Large ribosomal subunit protein uL11-A / YL23


分子量: 17850.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX53

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タンパク質 , 4種, 4分子 Zae0

#26: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CH08
#45: タンパク質 Ribosome quality control complex subunit 2 / Translation-associated element 2


分子量: 119250.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12532
#46: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase listerin / RING domain mutant killed by rtf1 deletion protein 1 / RING-type E3 ubiquitin transferase listerin


分子量: 180372.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04781, RING-type E3 ubiquitin transferase
#52: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 / / A0 / L10e / Large ribosomal subunit protein uL10


分子量: 33749.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05317

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RNA鎖 , 5種, 5分子 fhixy

#30: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1097148.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 2211412835
#31: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039023754
#32: RNA鎖 5.8S rRNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1767169448
#49: RNA鎖 A-site Ala aminoacyl-tRNA


分子量: 24573.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
#50: RNA鎖 P-site petidyl-tRNA


分子量: 24502.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1554469083

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Eukaryotic translation initiation factor ... , 2種, 2分子 gv

#47: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6


分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12522
#54: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 / eIF-5A-1 / Hypusine-containing protein HP2 / eIF-4D


分子量: 17222.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23301

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 1

#53: タンパク質・ペプチド CAT tailed nascent peptide


分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

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非ポリマー , 2種, 20分子

#55: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#56: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast RQC complex in state F / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#54 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 6.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 46 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74128 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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