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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8afz | |||||||||
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タイトル | Architecture of the ESCPE-1 membrane coat | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / sorting nexins / PX domain / BAR domain / endosomes / retrograde transport / endocytic recycling / cargo recognition / protein coat / membrane recruitment / membrane deformation / membrane tubules. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retromer, tubulation complex / lamellipodium morphogenesis / epidermal growth factor catabolic process / pinocytosis / cytoplasmic side of early endosome membrane / leptin receptor binding / tubular endosome / macropinocytic cup / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network ...retromer, tubulation complex / lamellipodium morphogenesis / epidermal growth factor catabolic process / pinocytosis / cytoplasmic side of early endosome membrane / leptin receptor binding / tubular endosome / macropinocytic cup / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / retromer complex / insulin-like growth factor binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / transferrin receptor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / lysosomal transport / epidermal growth factor receptor binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / nuclear envelope lumen / D-mannose binding / brush border / dynactin binding / phagocytic cup / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / D1 dopamine receptor binding / regulation of macroautophagy / animal organ regeneration / response to retinoic acid / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / transport vesicle / ruffle / negative regulation of blood pressure / phosphatidylinositol binding / receptor-mediated endocytosis / secretory granule membrane / post-embryonic development / trans-Golgi network membrane / liver development / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / phosphoprotein binding / intracellular protein transport / insulin receptor binding / trans-Golgi network / receptor internalization / cytoplasmic side of plasma membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / late endosome / lamellipodium / early endosome membrane / signaling receptor activity / spermatogenesis / vesicle / endosome / endosome membrane / early endosome / lysosome / cadherin binding / protein heterodimerization activity / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / Neutrophil degranulation / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10 Å | |||||||||
データ登録者 | Lopez-Robles, C. / Scaramuzza, S. / Astorga-Simon, E. / Ishida, M. / Williamsom, C.D. / Banos-Mateos, S. / Gil-Carton, D. / Romero, M. / Vidaurrazaga, A. / Fernandez-Recio, J. ...Lopez-Robles, C. / Scaramuzza, S. / Astorga-Simon, E. / Ishida, M. / Williamsom, C.D. / Banos-Mateos, S. / Gil-Carton, D. / Romero, M. / Vidaurrazaga, A. / Fernandez-Recio, J. / Rojas, A.L. / Bonifacino, J.S. / Castano-Diez, D. / Hierro, A. | |||||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Architecture of the ESCPE-1 membrane coat. 著者: Carlos Lopez-Robles / Stefano Scaramuzza / Elsa N Astorga-Simon / Morié Ishida / Chad D Williamson / Soledad Baños-Mateos / David Gil-Carton / Miguel Romero-Durana / Ander Vidaurrazaga / ...著者: Carlos Lopez-Robles / Stefano Scaramuzza / Elsa N Astorga-Simon / Morié Ishida / Chad D Williamson / Soledad Baños-Mateos / David Gil-Carton / Miguel Romero-Durana / Ander Vidaurrazaga / Juan Fernandez-Recio / Adriana L Rojas / Juan S Bonifacino / Daniel Castaño-Díez / Aitor Hierro / 要旨: Recycling of membrane proteins enables the reuse of receptors, ion channels and transporters. A key component of the recycling machinery is the endosomal sorting complex for promoting exit 1 (ESCPE-1) ...Recycling of membrane proteins enables the reuse of receptors, ion channels and transporters. A key component of the recycling machinery is the endosomal sorting complex for promoting exit 1 (ESCPE-1), which rescues transmembrane proteins from the endolysosomal pathway for transport to the trans-Golgi network and the plasma membrane. This rescue entails the formation of recycling tubules through ESCPE-1 recruitment, cargo capture, coat assembly and membrane sculpting by mechanisms that remain largely unknown. Herein, we show that ESCPE-1 has a single-layer coat organization and suggest how synergistic interactions between ESCPE-1 protomers, phosphoinositides and cargo molecules result in a global arrangement of amphipathic helices to drive tubule formation. Our results thus define a key process of tubule-based endosomal sorting. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8afz.cif.gz | 147.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8afz.ent.gz | 106.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8afz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8afz_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8afz_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8afz_validation.xml.gz | 36.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8afz_validation.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/8afz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/8afz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15413MC 8a1gC 8abqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59144.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13596 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 46891.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5X3 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3766.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF2R, MPRI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11717 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Endosomal Sorting Complex for Promoting Exit 1 (ESCPE-1) タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.110 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 282 K / 詳細: Incubation time 30s Blotting time 2s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 2.8 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 114 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 10 |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 10 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15116 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT |
EM volume selection | Num. of tomograms: 57 / Num. of volumes extracted: 77436 |