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- PDB-8adn: Vairimorpha necatrix 20S proteasome from spores -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8adn
タイトルVairimorpha necatrix 20S proteasome from spores
要素
  • (Proteasome subunit alpha type- ...プロテアソーム) x 7
  • (Proteasome subunit beta type- ...プロテアソーム) x 7
  • Proteasome Inhibitor 31-Like
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Peptidase Activity (プロテアーゼ) / Reductive Evolution / Bound Peptide / Microsporidia (微胞子虫)
生物種Vairimorpha necatrix (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Jespersen, N. / Ehrenbolger, K. / Winiger, R. / Svedberg, D. / Vossbrinck, C.R. / Barandun, J.
資金援助 スウェーデン, European Union, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2019-02011 スウェーデン
European Research Council (ERC)948655European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the reduced microsporidian proteasome bound by PI31-like peptides in dormant spores.
著者: Nathan Jespersen / Kai Ehrenbolger / Rahel R Winiger / Dennis Svedberg / Charles R Vossbrinck / Jonas Barandun /
要旨: Proteasomes play an essential role in the life cycle of intracellular pathogens with extracellular stages by ensuring proteostasis in environments with limited resources. In microsporidia, divergent ...Proteasomes play an essential role in the life cycle of intracellular pathogens with extracellular stages by ensuring proteostasis in environments with limited resources. In microsporidia, divergent parasites with extraordinarily streamlined genomes, the proteasome complexity and structure are unknown, which limits our understanding of how these unique pathogens adapt and compact essential eukaryotic complexes. We present cryo-electron microscopy structures of the microsporidian 20S and 26S proteasome isolated from dormant or germinated Vairimorpha necatrix spores. The discovery of PI31-like peptides, known to inhibit proteasome activity, bound simultaneously to all six active sites within the central cavity of the dormant spore proteasome, suggests reduced activity in the environmental stage. In contrast, the absence of the PI31-like peptides and the existence of 26S particles post-germination in the presence of ATP indicates that proteasomes are reactivated in nutrient-rich conditions. Structural and phylogenetic analyses reveal that microsporidian proteasomes have undergone extensive reductive evolution, lost at least two regulatory proteins, and compacted nearly every subunit. The highly derived structure of the microsporidian proteasome, and the minimized version of PI31 presented here, reinforce the feasibility of the development of specific inhibitors and provide insight into the unique evolution and biology of these medically and economically important pathogens.
履歴
登録2022年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
3: Proteasome Inhibitor 31-Like
4: Proteasome Inhibitor 31-Like
A: Proteasome subunit alpha type-2
B: Proteasome subunit alpha type-3
C: Proteasome subunit alpha type-4
D: Proteasome subunit alpha type-5
E: Proteasome subunit alpha type-6
F: Proteasome subunit alpha type-7
G: Proteasome subunit alpha type-1
H: Proteasome subunit beta type-2
I: Proteasome subunit beta type-3
J: Proteasome subunit beta type-4
K: Proteasome subunit beta type-5
L: Proteasome subunit beta type-6
M: Proteasome subunit beta type-7
N: Proteasome subunit beta type-1
O: Proteasome subunit alpha type-2
P: Proteasome subunit alpha type-3
Q: Proteasome subunit alpha type-4
R: Proteasome subunit alpha type-5
S: Proteasome subunit alpha type-6
T: Proteasome subunit alpha type-7
U: Proteasome subunit alpha type-1
V: Proteasome subunit beta type-2
W: Proteasome subunit beta type-3
X: Proteasome subunit beta type-4
Y: Proteasome subunit beta type-5
Z: Proteasome subunit beta type-6
a: Proteasome subunit beta type-7
b: Proteasome subunit beta type-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)757,79530
ポリマ－757,79530
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area122160 Å2
ΔGint-535 kcal/mol
Surface area202680 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 34

#1: タンパク質 Proteasome Inhibitor 31-Like /


分子量: 17070.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)

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Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 14分子 AOBPCQDRESFTGU

#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2 / プロテアソーム


分子量: 25849.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3 / プロテアソーム


分子量: 26848.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4 / プロテアソーム


分子量: 25596.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5 / プロテアソーム


分子量: 26520.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)
#6: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6 / プロテアソーム


分子量: 26297.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)
#7: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-7 / プロテアソーム


分子量: 27835.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)
#8: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1 / プロテアソーム


分子量: 26308.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)

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Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb

#9: タンパク質 Proteasome subunit beta type-2 / PSMB2


分子量: 24776.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta type-3 / PSMB3


分子量: 23016.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)
#11: タンパク質 Proteasome subunit beta type-4 / PSMB4


分子量: 21945.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta type-5 / PSMB5


分子量: 25290.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta type-6 / プロテアソーム


分子量: 34081.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-7 / プロテアソーム


分子量: 23806.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)
#15: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / PSMB1


分子量: 23654.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vairimorpha necatrix (菌類) / 発現宿主: Vairimorpha necatrix (菌類)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 20S proteasomeプロテアソーム / タイプ: COMPLEX / 詳細: Purified from spores / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2300 mMSodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
35 mMDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影
IDImaging-ID平均露光時間 (sec.)電子線照射量 (e/Å2)検出モードフィルム・検出器のモデル撮影したグリッド数
11535.01COUNTINGGATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)1
21536.334COUNTINGGATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)1

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.4/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.2分類
12cryoSPARC3.3.2３次元再構成
13PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52679 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
原子モデル構築PDB-ID: 5CZ4

5cz4


Accession code: 5CZ4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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