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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yr6 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa RsmZ RNA in complex with two RsmA protein dimers | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA-protein complex / RNA (リボ核酸) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of carbohydrate metabolic process / mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Jia, X. / Pan, Z. / Yuan, Y. / Luo, B. / Luo, Y. / Mukherjee, S. / Jia, G. / Ling, X. / Yang, X. / Wu, Y. ...Jia, X. / Pan, Z. / Yuan, Y. / Luo, B. / Luo, Y. / Mukherjee, S. / Jia, G. / Ling, X. / Yang, X. / Wu, Y. / Liu, T. / Wei, X. / Bujnick, J.M. / Zhao, K. / Su, Z. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2023 タイトル: Structural basis of sRNA RsmZ regulation of Pseudomonas aeruginosa virulence. 著者: Xinyu Jia / Zhiling Pan / Yang Yuan / Bingnan Luo / Yongbo Luo / Sunandan Mukherjee / Guowen Jia / Liu Liu / Xiaobin Ling / Xiting Yang / Zhichao Miao / Xiawei Wei / Janusz M Bujnicki / Kelei ...著者: Xinyu Jia / Zhiling Pan / Yang Yuan / Bingnan Luo / Yongbo Luo / Sunandan Mukherjee / Guowen Jia / Liu Liu / Xiaobin Ling / Xiting Yang / Zhichao Miao / Xiawei Wei / Janusz M Bujnicki / Kelei Zhao / Zhaoming Su / | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yr6.cif.gz | 101 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yr6.ent.gz | 76.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yr6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yr6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 34047MC 7yr7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6198.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: csrA, PAMH27_4484 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V6AK05 #2: RNA鎖 | | 分子量: 38400.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNP1-4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 59.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 211463 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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