PDB-7yjl: Melbournevirus major capsid protein built from 4.4A reconstruction

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yjl

タイトル

Melbournevirus major capsid protein built from 4.4A reconstruction

要素

Major capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / MCP / Melbournevirus /

giant virus / major capsid protein

機能・相同性

Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein /

カプシド / structural molecule activity / Major capsid protein

機能・相同性情報

生物種

Melbournevirus (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.42 Å

データ登録者

Burton-Smith, R.N. / Okamoto, K. / Murata, K.

資金援助

日本,

スウェーデン, 4件

組織	認可番号	国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	JP19H04845	日本
Swedish Research Council	2018-03387	スウェーデン
The Swedish Foundation for Strategic Research	JA2014-5721	スウェーデン
Swedish Research Council	2018-00421	スウェーデン

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The 4.4A structure of the giant Melbournevirus virion belonging to the Marseilleviridae family
著者: Burton-Smith, R.N. / Reddy, H.K.N. / Svenda, M. / Abergel, C. / Okamoto, K. / Murata, K.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yjl.cif.gz	153.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yjl.ent.gz	124.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yjl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yjl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yjl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	31529MC 31528C 31530C 31531C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Major capsid protein

50.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Major capsid protein 分子量: 50896.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Melbournevirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A097I267

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Melbournevirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Melbournevirus (ウイルス)
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	電子線照射量: 26.4 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 4.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 187440 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.007	7180
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.863	12903
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	16.095	2931
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.051	568
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	1089

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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