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万見
- PDB-7wi3: Cryo-EM structure of E.Coli FtsH-HflkC AAA protease complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wi3
タイトルCryo-EM structure of E.Coli FtsH-HflkC AAA protease complex
要素
  • ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
  • Modulator of FtsH protease HflC
  • Modulator of FtsH protease HflK
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / membrane protein complex / negative regulation of peptidase activity / plasma membrane protein complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / response to heat / ATP hydrolysis activity ...: / membrane protein complex / negative regulation of peptidase activity / plasma membrane protein complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / response to heat / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / zinc ion binding / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
HflC / HflK / Menbrane protein HflK, N-terminal / Bacterial membrane protein N terminal / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Band 7/SPFH domain superfamily / Peptidase M41, FtsH extracellular ...HflC / HflK / Menbrane protein HflK, N-terminal / Bacterial membrane protein N terminal / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Band 7/SPFH domain superfamily / Peptidase M41, FtsH extracellular / FtsH Extracellular / Peptidase M41 / Peptidase, FtsH / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH / Modulator of FtsH protease HflC / Modulator of FtsH protease HflK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Qiao, Z. / Gao, Y.G.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the entire FtsH-HflKC AAA protease complex.
著者: Zhu Qiao / Tatsuhiko Yokoyama / Xin-Fu Yan / Ing Tsyr Beh / Jian Shi / Sandip Basak / Yoshinori Akiyama / Yong-Gui Gao /
要旨: The membrane-bound AAA protease FtsH is the key player controlling protein quality in bacteria. Two single-pass membrane proteins, HflK and HflC, interact with FtsH to modulate its proteolytic ...The membrane-bound AAA protease FtsH is the key player controlling protein quality in bacteria. Two single-pass membrane proteins, HflK and HflC, interact with FtsH to modulate its proteolytic activity. Here, we present structure of the entire FtsH-HflKC complex, comprising 12 copies of both HflK and HflC, all of which interact reciprocally to form a cage, as well as four FtsH hexamers with periplasmic domains and transmembrane helices enclosed inside the cage and cytoplasmic domains situated at the base of the cage. FtsH K61/D62/S63 in the β2-β3 loop in the periplasmic domain directly interact with HflK, contributing to complex formation. Pull-down and in vivo enzymatic activity assays validate the importance of the interacting interface for FtsH-HflKC complex formation. Structural comparison with the substrate-bound human m-AAA protease AFG3L2 offers implications for the HflKC cage in modulating substrate access to FtsH. Together, our findings provide a better understanding of FtsH-type AAA protease holoenzyme assembly and regulation.
履歴
登録2022年1月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Modulator of FtsH protease HflC
B: Modulator of FtsH protease HflK
C: Modulator of FtsH protease HflC
D: Modulator of FtsH protease HflC
E: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
F: Modulator of FtsH protease HflK
G: Modulator of FtsH protease HflK
H: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
I: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
J: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
K: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
L: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
Y: Modulator of FtsH protease HflC
a: Modulator of FtsH protease HflK
c: Modulator of FtsH protease HflC
e: Modulator of FtsH protease HflC
g: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
i: Modulator of FtsH protease HflK
k: Modulator of FtsH protease HflK
m: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
o: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
q: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
s: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
u: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
Z: Modulator of FtsH protease HflC
b: Modulator of FtsH protease HflK
d: Modulator of FtsH protease HflC
f: Modulator of FtsH protease HflC
h: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
j: Modulator of FtsH protease HflK
l: Modulator of FtsH protease HflK
n: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
p: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
r: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
t: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
v: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
M: Modulator of FtsH protease HflC
N: Modulator of FtsH protease HflK
O: Modulator of FtsH protease HflC
P: Modulator of FtsH protease HflC
Q: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
R: Modulator of FtsH protease HflK
S: Modulator of FtsH protease HflK
T: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
U: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
V: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
W: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
X: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,698,76148
ポリマ－2,698,76148
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Modulator of FtsH protease HflC


分子量: 37703.887 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: hflC, hflA, b4175, JW4133 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABC3
#2: タンパク質
Modulator of FtsH protease HflK


分子量: 45598.793 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: hflK, hflA, b4174, JW4132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABC7
#3: タンパク質 ...
ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH / Cell division protease FtsH


分子量: 70797.031 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ftsH, hflB, mrsC, std, tolZ, b3178, JW3145 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AAI3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E.Coli protein complex大腸菌 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26863 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 106.33 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.010470396
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.158695129
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.137910792
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006712416
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.879826920

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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