[日本語] English
万見
- PDB-7uwb: Citrus V-ATPase State 2, Highest-Resolution Class -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uwb
タイトルCitrus V-ATPase State 2, Highest-Resolution Class
要素
  • (V-type proton ATPase subunit ...) x 14
  • V-type proton ATPase catalytic subunit A
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / V-ATPase / rotary ATPase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / 液胞 / vacuolar membrane / ATP metabolic process ...proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / 液胞 / vacuolar membrane / ATP metabolic process / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
ATPase, V1 complex, subunit A / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic ...ATPase, V1 complex, subunit A / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit G / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit e1 / V-type proton ATPase subunit D / Vacuolar proton pump subunit B / V-type proton ATPase subunit / V-type proton ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit c1 / Vacuolar membrane ATPase subunit c / V-type proton ATPase subunit E ...V-type proton ATPase subunit G / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit e1 / V-type proton ATPase subunit D / Vacuolar proton pump subunit B / V-type proton ATPase subunit / V-type proton ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit c1 / Vacuolar membrane ATPase subunit c / V-type proton ATPase subunit E / V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit a
類似検索 - 構成要素
生物種Citrus limon (レモン)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Keon, K.A. / Abdelaziz, R.A. / Schulze, W.X. / Schumacher, K. / Rubinstein, J.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structure of V-ATPase from citrus fruit.
著者: Yong Zi Tan / Kristine A Keon / Rana Abdelaziz / Peter Imming / Waltraud Schulze / Karin Schumacher / John L Rubinstein /
要旨: We used the Legionella pneumophila effector SidK to affinity purify the endogenous vacuolar-type ATPases (V-ATPases) from lemon fruit. The preparation was sufficient for cryoelectron microscopy, ...We used the Legionella pneumophila effector SidK to affinity purify the endogenous vacuolar-type ATPases (V-ATPases) from lemon fruit. The preparation was sufficient for cryoelectron microscopy, allowing structure determination of the enzyme in two rotational states. The structure defines the ATP:H ratio of the enzyme, demonstrating that it can establish a maximum ΔpH of ∼3, which is insufficient to maintain the low pH observed in the vacuoles of juice sac cells in lemons and other citrus fruit. Compared with yeast and mammalian enzymes, the membrane region of the plant V-ATPase lacks subunit f and possesses an unusual configuration of transmembrane α helices. Subunit H, which inhibits ATP hydrolysis in the isolated catalytic region of V-ATPase, adopts two different conformations in the intact complex, hinting at a role in modulating activity in the intact enzyme.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: V-type proton ATPase catalytic subunit A
B: V-type proton ATPase subunit B2
C: V-type proton ATPase catalytic subunit A
D: V-type proton ATPase subunit B2
E: V-type proton ATPase catalytic subunit A
F: V-type proton ATPase subunit B2
G: V-type proton ATPase subunit E
H: V-type proton ATPase subunit G
I: V-type proton ATPase subunit E
J: V-type proton ATPase subunit G
K: V-type proton ATPase subunit E
L: V-type proton ATPase subunit G
M: V-type proton ATPase subunit D
N: V-type proton ATPase subunit F
O: V-type proton ATPase subunit C
P: V-type proton ATPase subunit H
a: V-type proton ATPase subunit a3
b: V-type proton ATPase subunit AP1 fragment
c: V-type proton ATPase subunit c"
d: V-type proton ATPase subunit d2
e: V-type proton ATPase subunit e1
g: V-type proton ATPase subunit c
h: V-type proton ATPase subunit c
i: V-type proton ATPase subunit c
j: V-type proton ATPase subunit c
k: V-type proton ATPase subunit c
l: V-type proton ATPase subunit c
m: V-type proton ATPase subunit c
n: V-type proton ATPase subunit c
o: V-type proton ATPase subunit c
r: V-type proton ATPase subunit AP2 fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)937,23231
ポリマ－937,23231
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ACE

#1: タンパク質 V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-ATPase subunit A / V-ATPase 69 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit alpha


分子量: 68755.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン) / 参照: UniProt: Q9SM09, ATP合成酵素

-
V-type proton ATPase subunit ... , 14種, 28分子 BDFGIKHJLMNOPabcdeghijklmnor

#2: タンパク質 V-type proton ATPase subunit B2 / Vacuolar proton pump subunit B / V-ATPase subunit B / Vacuolar proton pump subunit B


分子量: 54417.594 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン) / 参照: UniProt: A0A067FXK2
#3: タンパク質 V-type proton ATPase subunit E / V-ATPase subunit E / Vacuolar proton pump subunit E


分子量: 26331.332 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン) / 参照: UniProt: Q9MB46
#4: タンパク質 V-type proton ATPase subunit G


分子量: 12354.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン) / 参照: UniProt: A0A067DRZ4
#5: タンパク質 V-type proton ATPase subunit D


分子量: 29235.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン) / 参照: UniProt: A0A067FFQ8
#6: タンパク質 V-type proton ATPase subunit F


分子量: 14301.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン) / 参照: UniProt: A0A067E4V9
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit C


分子量: 42498.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン) / 参照: UniProt: A0A2H5Q4L7
#8: タンパク質 V-type proton ATPase subunit H


分子量: 51609.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン)
#9: タンパク質 V-type proton ATPase subunit a3 / V-type proton ATPase subunit a


分子量: 92939.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン) / 参照: UniProt: V4UBK8
#10: タンパク質・ペプチド V-type proton ATPase subunit AP1 fragment


分子量: 2741.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン)
#11: タンパク質 V-type proton ATPase subunit c" / Vacuolar membrane ATPase subunit c


分子量: 18581.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン) / 参照: UniProt: Q84V02
#12: タンパク質 V-type proton ATPase subunit d2 / V-type proton ATPase subunit


分子量: 40693.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン) / 参照: UniProt: A0A067G267
#13: タンパク質 V-type proton ATPase subunit e1


分子量: 7757.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン) / 参照: UniProt: A0A067F7P5
#14: タンパク質
V-type proton ATPase subunit c / V-type proton ATPase subunit c1 / V-ATPase subunit c1 / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid ...V-type proton ATPase subunit c1 / V-ATPase subunit c1 / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c1 / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit c1 / Vacuolar H(+)-ATPase subunit c isoform 1 / Vacuolar proton pump 16 kDa proteolipid subunit c1 / Vacuolar proton pump subunit c1


分子量: 16581.588 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン) / 参照: UniProt: P0DH92
#15: タンパク質・ペプチド V-type proton ATPase subunit AP2 fragment


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrus limon (レモン)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Citrus V-ATPase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3414.211 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 677.558 nm
撮影電子線照射量: 31 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104874 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る