[日本語] English
万見
- PDB-7uoo: Nucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing pre-rot... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uoo
タイトルNucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing pre-rotation state
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 36
  • (Nucleolar GTP-binding protein ...) x 2
  • (Ribosome biogenesis protein ...リボソーム生合成) x 6
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA5.8SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • Bud site selection protein 20
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • ITS2 rRNA
  • Nuclear GTP-binding protein NUG1
  • Pescadillo homolog
  • Probable metalloprotease ARX1
  • Proteasome-interacting protein CIC1
  • RSA4 isoform 1
  • Ribosome assembly factor MRT4
  • Ribosome biogenesis regulatory protein
  • Ribosome production factor 2 homolog
  • UPF0642 protein YBL028C
  • rRNA-processing protein
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / K-loop GTPase / GTPase (GTPアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ribosomal subunit export from nucleus / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear exosome (RNase complex) / 加水分解酵素 / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...regulation of ribosomal subunit export from nucleus / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear exosome (RNase complex) / 加水分解酵素 / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / proteasome binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / ATPase activator activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / protein-RNA complex assembly / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / 90S preribosome / Neutrophil degranulation / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / proteasome complex / maturation of LSU-rRNA / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / maintenance of translational fidelity / オートファジー / protein catabolic process / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / metallopeptidase activity / protein transport / リボソーム生合成 / protein-macromolecule adaptor activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ATPase binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / nucleic acid binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / GTPase activity / mRNA binding / 核小体 / GTP binding / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis protein Alb1 / Alb1 / Ribosome biogenesis protein Rpf2 / : / Ribosome biogenesis protein 15, RNA recognition motif / Ribosome biogenesis protein Nop53/GLTSCR2 / Nop53 (60S ribosomal biogenesis) / Cgr1-like / Cgr1 family / Ribosomal biogenesis regulatory protein ...Ribosome biogenesis protein Alb1 / Alb1 / Ribosome biogenesis protein Rpf2 / : / Ribosome biogenesis protein 15, RNA recognition motif / Ribosome biogenesis protein Nop53/GLTSCR2 / Nop53 (60S ribosomal biogenesis) / Cgr1-like / Cgr1 family / Ribosomal biogenesis regulatory protein / Ribosome biogenesis regulatory protein (RRS1) / Nucleolar GTP-binding protein 2, N-terminal domain / Nucleolar GTP-binding protein 2 / NGP1NT (NUC091) domain / Domain of unknown function DUF2423 / YBL028C ribosome biogenesis factor, N-terminal domain / NLE / NLE (NUC135) domain / Guanine nucleotide-binding protein-like 3, N-terminal domain / GNL3L/Grn1 putative GTPase / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / Pescadillo / Pescadillo N-terminus / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / Ribosomal biogenesis NSA2 family / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / 50S ribosome-binding GTPase / Creatinase/aminopeptidase-like / GTP binding domain / metallochaperone-like domain / TRASH domain / : / breast cancer carboxy-terminal domain / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L14e domain / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L14, KOW motif / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L6e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / rRNA-processing protein / Ribosome production factor 2 homolog / RSA4 isoform 1 / Ribosome biogenesis regulatory protein / Ribosome biogenesis protein ALB1 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein uL11A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / UPF0642 protein YBL028C / Proteasome-interacting protein CIC1 / Nuclear GTP-binding protein NUG1 / Ribosome biogenesis protein NSA2 / Ribosome biogenesis protein RLP7 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Pescadillo homolog / Nucleolar GTP-binding protein 2 / Ribosome biogenesis protein 15 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Nucleolar GTP-binding protein 1 / Probable metalloprotease ARX1 / Ribosome biogenesis protein RLP24 / Bud site selection protein 20 / Ribosome biogenesis protein NOP53 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein eL13A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Sekulski, K. / Cruz, V.E. / Weirich, C.S. / Erzberger, J.P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135617-01 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR150074 米国
Robert A. Welch FoundationI-1897 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: rRNA methylation by Spb1 regulates the GTPase activity of Nog2 during 60S ribosomal subunit assembly.
著者: Kamil Sekulski / Victor Emmanuel Cruz / Christine S Weirich / Jan P Erzberger /
要旨: Biogenesis of the large ribosomal (60S) subunit involves the assembly of three rRNAs and 46 proteins, a process requiring approximately 70 ribosome biogenesis factors (RBFs) that bind and release the ...Biogenesis of the large ribosomal (60S) subunit involves the assembly of three rRNAs and 46 proteins, a process requiring approximately 70 ribosome biogenesis factors (RBFs) that bind and release the pre-60S at specific steps along the assembly pathway. The methyltransferase Spb1 and the K-loop GTPase Nog2 are essential RBFs that engage the rRNA A-loop during sequential steps in 60S maturation. Spb1 methylates the A-loop nucleotide G2922 and a catalytically deficient mutant strain (spb1) has a severe 60S biogenesis defect. However, the assembly function of this modification is currently unknown. Here, we present cryo-EM reconstructions that reveal that unmethylated G2922 leads to the premature activation of Nog2 GTPase activity and capture a Nog2-GDP-AlF transition state structure that implicates the direct involvement of unmodified G2922 in Nog2 GTPase activation. Genetic suppressors and in vivo imaging indicate that premature GTP hydrolysis prevents the efficient binding of Nog2 to early nucleoplasmic 60S intermediates. We propose that G2922 methylation levels regulate Nog2 recruitment to the pre-60S near the nucleolar/nucleoplasmic phase boundary, forming a kinetic checkpoint to regulate 60S production. Our approach and findings provide a template to study the GTPase cycles and regulatory factor interactions of the other K-loop GTPases involved in ribosome assembly.
履歴
登録2022年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 60S ribosomal protein L2-A
1: 25S rRNA
2: 5.8S rRNA
3: 5S rRNA
5: rRNA-processing protein
6: ITS2 rRNA
8: 60S ribosomal protein L12-A
9: Ribosome biogenesis protein ALB1
B: 60S ribosomal protein L3
C: 60S ribosomal protein L4-A
D: 60S ribosomal protein L5
E: 60S ribosomal protein L6-A
F: 60S ribosomal protein L7-A
G: 60S ribosomal protein L8-A
H: 60S ribosomal protein L9-A
I: Bud site selection protein 20
J: 60S ribosomal protein L11-A
K: Proteasome-interacting protein CIC1
L: 60S ribosomal protein L13-A
M: 60S ribosomal protein L14-A
N: 60S ribosomal protein L15-A
O: 60S ribosomal protein L16-A
P: 60S ribosomal protein L17-A
Q: 60S ribosomal protein L18-A
R: 60S ribosomal protein L19-A
S: 60S ribosomal protein L20-A
T: 60S ribosomal protein L21-A
U: 60S ribosomal protein L22-A
V: 60S ribosomal protein L23-A
W: Ribosome assembly factor MRT4
X: 60S ribosomal protein L25
Y: 60S ribosomal protein L26-A
Z: 60S ribosomal protein L27-A
a: 60S ribosomal protein L28
b: Nucleolar GTP-binding protein 1
c: 60S ribosomal protein L30
d: 60S ribosomal protein L31-A
e: 60S ribosomal protein L32
f: 60S ribosomal protein L33-A
g: 60S ribosomal protein L34-A
h: 60S ribosomal protein L35-A
i: 60S ribosomal protein L36-A
j: 60S ribosomal protein L37-A
k: 60S ribosomal protein L38
l: 60S ribosomal protein L39
m: Nucleolar GTP-binding protein 2
n: Pescadillo homolog
o: Ribosome biogenesis protein 15
p: 60S ribosomal protein L43-A
q: Ribosome biogenesis protein NOP53
r: Ribosome biogenesis protein NSA2
s: Nuclear GTP-binding protein NUG1
t: Ribosome biogenesis protein RLP7
u: Ribosome biogenesis protein RLP24
v: Ribosome production factor 2 homolog
w: Ribosome biogenesis regulatory protein
x: RSA4 isoform 1
y: Eukaryotic translation initiation factor 6
z: UPF0642 protein YBL028C
4: Probable metalloprotease ARX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,682,064152
ポリマ－2,677,91660
非ポリマー4,14892
水6,720373
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
60S ribosomal protein ... , 36種, 36分子 A8BCDEFGHJLMNOPQRSTUVXYZacdefg...

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L2-A / リボソーム / L5 / Large ribosomal subunit protein uL2-A / RP8 / YL6


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX45
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L12-A / リボソーム / L15 / Large ribosomal subunit protein uL11-A / YL23


分子量: 17850.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX53
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P14126
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / リボソーム / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P10664
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / / L1 / L1a / Large ribosomal subunit protein uL18 / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P26321
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / リボソーム / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-A / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q02326
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / リボソーム / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P05737
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / リボソーム / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P17076
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / リボソーム / L8 / Large ribosomal subunit protein uL6-A / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P05738
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L11-A / リボソーム / L16 / Large ribosomal subunit protein uL5-A / RP39 / YL22


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0C0W9
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL13-A


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12690
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P36105
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / リボソーム / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P05748
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / リボソーム / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P26784
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / リボソーム / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P05740
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / リボソーム / EM14S01-3B_G0025830.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0009570.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0036520.mRNA.1.CDS.1 / SX2_ ...EM14S01-3B_G0025830.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0009570.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0036520.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0009590.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0031330.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0011980.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0028370.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0009820.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0036540.mRNA.1.CDS.1


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX49
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / リボソーム / L23 / Large ribosomal subunit protein eL19-A / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX82
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / リボソーム / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX23
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL21-A


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q02753
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / リボソーム / L1c / Large ribosomal subunit protein eL22-A / RP4 / YL31


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P05749
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / リボソーム / L17a / Large ribosomal subunit protein uL14-A / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX41
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / / Large ribosomal subunit protein uL23 / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P04456
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / リボソーム / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P05743
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL27-A


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0C2H6
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / / L27a / L29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P02406
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / / L32 / Large ribosomal subunit protein eL30 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P14120
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / リボソーム / L34 / Large ribosomal subunit protein eL31-A / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0C2H8
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P38061
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / リボソーム / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P05744
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL34-A


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P87262
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein uL29-A


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX84
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / リボソーム / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P05745
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / リボソーム / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P49166
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P49167
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / / L46 / Large ribosomal subunit protein eL39 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P04650
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / リボソーム / L37a / Large ribosomal subunit protein eL43-A / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX25

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 1236

#2: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1097956.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: GenBank: 2211411569
#3: RNA鎖 5.8S rRNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: GenBank: 1767169448
#4: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: GenBank: 1039023754
#6: RNA鎖 ITS2 rRNA


分子量: 27793.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741

-
タンパク質 , 12種, 12分子 5IKWnsvwxyz4

#5: タンパク質 rRNA-processing protein


分子量: 14460.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A6A5PUZ0
#16: タンパク質 Bud site selection protein 20


分子量: 18546.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q08004
#18: タンパク質 Proteasome-interacting protein CIC1 / Core interacting component 1


分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P38779
#30: タンパク質 Ribosome assembly factor MRT4


分子量: 35619.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
#47: タンパク質 Pescadillo homolog / Nucleolar protein 7 / Ribosomal RNA-processing protein 13


分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P53261
#52: タンパク質 Nuclear GTP-binding protein NUG1 / Nuclear GTPase 1


分子量: 57798.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P40010
#55: タンパク質 Ribosome production factor 2 homolog / Ribosome biogenesis protein RPF2 homolog


分子量: 39665.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A6A5PVK5
#56: タンパク質 Ribosome biogenesis regulatory protein


分子量: 23001.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A6A5Q4U5
#57: タンパク質 RSA4 isoform 1


分子量: 57106.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A6A5Q1D2
#58: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6


分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12522
#59: タンパク質 UPF0642 protein YBL028C


分子量: 12435.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P38202
#60: タンパク質 Probable metalloprotease ARX1 / Associated with ribosomal export complex protein 1


分子量: 65290.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q03862, 加水分解酵素

-
Ribosome biogenesis protein ... , 6種, 6分子 9oqrtu

#8: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ALB1 / リボソーム生合成


分子量: 19322.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A6ZQK9
#48: タンパク質 Ribosome biogenesis protein 15 / リボソーム生合成 / Nucleolar protein 15


分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P53927
#50: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NOP53 / リボソーム生合成 / Nucleolar protein 53


分子量: 52667.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12080
#51: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NSA2 / リボソーム生合成 / NOP7-associated protein 2


分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P40078
#53: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP7 / リボソーム生合成 / Ribosomal protein L7-like


分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P40693
#54: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP24 / リボソーム生合成 / Ribosomal protein L24-like


分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q07915

-
Nucleolar GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 bm

#35: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 1


分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q02892
#46: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 2


分子量: 55585.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P53742

-
非ポリマー , 7種, 465分子

#61: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#62: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] / Bis-tris propane


分子量: 282.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#63: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#64: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#65: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#66: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#67: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Tif6 and Nog2.
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#34, #36-#60 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMBis-Tris-PropaneCH2[CH2NHC(CH2OH)3]21
2125 mMSodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
325 mMPotassium ChlorideKCl1
410 mMMagnesium ChlorideMgCl21
51 mMTCEPC9H15O6PHCl1
60.01 % (w/v)NP-401
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2200 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.05 sec. / 電子線照射量: 1.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5580

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1680783
3次元再構成解像度: 2.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1358921 / クラス平均像の数: 5 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 3JCT

3jct


Accession code: 3JCT / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 18.64 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0031167462
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5694242158
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.036729707
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004418316
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.742773444

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る