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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ung | |||||||||||||||||||||
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タイトル | 48-nm repeat of the human respiratory doublet microtubule | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / cilia (繊毛) / microtubule (微小管) / sperm / cell motility (運動性) | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sperm flagellum assembly / axonemal A tubule inner sheath / axonemal B tubule inner sheath / manchette assembly / outer acrosomal membrane / epithelial cilium movement involved in determination of left/right asymmetry / regulation of brood size / establishment of left/right asymmetry / 9+0 motile cilium / regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade ...sperm flagellum assembly / axonemal A tubule inner sheath / axonemal B tubule inner sheath / manchette assembly / outer acrosomal membrane / epithelial cilium movement involved in determination of left/right asymmetry / regulation of brood size / establishment of left/right asymmetry / 9+0 motile cilium / regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / inner dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / protein polyglutamylation / regulation of microtubule nucleation / sperm axoneme assembly / positive regulation of feeding behavior / cerebrospinal fluid circulation / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / sperm principal piece / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / regulation of store-operated calcium entry / ciliary transition zone / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / calcium ion sensor activity / acrosomal membrane / cilium movement / Post-chaperonin tubulin folding pathway / axoneme assembly / flagellated sperm motility / cilium organization / axonemal microtubule / left/right axis specification / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / gamma-tubulin ring complex / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / neuron projection arborization / manchette / positive regulation of cilium assembly / Gap junction assembly / cerebellar cortex morphogenesis / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / dentate gyrus development / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / pyramidal neuron differentiation / natural killer cell mediated cytotoxicity / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Kinesins / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / 繊毛 / positive regulation of cell motility / determination of left/right symmetry / centrosome cycle / motor behavior / GTP biosynthetic process / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / 中間径フィラメント / 微小管形成中心 / response to L-glutamate / regulation of neuron projection development / ciliary base / smoothened signaling pathway / 細胞結合 / regulation of synapse organization / beta-tubulin binding / AMP binding / regulation of cell division / startle response / cytoplasmic microtubule / Recycling pathway of L1 / 微小管 / axoneme / spermatid development / locomotory exploration behavior / cerebral cortex cell migration / single fertilization / mitotic cytokinesis / MHC class I protein binding / centriolar satellite / alpha-tubulin binding / cilium assembly / sperm flagellum / cellular response to UV-C / RHO GTPases activate IQGAPs / cellular response to unfolded protein / Hedgehog 'off' state / response to tumor necrosis factor / microtubule-based process / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / response to mechanical stimulus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Gui, M. / Croft, J.T. / Zabeo, D. / Acharya, V. / Kollman, J.M. / Burgoyne, T. / Hoog, J.L. / Brown, A. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, スウェーデン, 6件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: SPACA9 is a lumenal protein of human ciliary singlet and doublet microtubules. 著者: Miao Gui / Jacob T Croft / Davide Zabeo / Vajradhar Acharya / Justin M Kollman / Thomas Burgoyne / Johanna L Höög / Alan Brown / 要旨: The cilium-centrosome complex contains triplet, doublet, and singlet microtubules. The lumenal surfaces of each microtubule within this diverse array are decorated by microtubule inner proteins ...The cilium-centrosome complex contains triplet, doublet, and singlet microtubules. The lumenal surfaces of each microtubule within this diverse array are decorated by microtubule inner proteins (MIPs). Here, we used single-particle cryo-electron microscopy methods to build atomic models of two types of human ciliary microtubule: the doublet microtubules of multiciliated respiratory cells and the distal singlet microtubules of monoflagellated human spermatozoa. We discover that SPACA9 is a polyspecific MIP capable of binding both microtubule types. SPACA9 forms intralumenal striations in the B tubule of respiratory doublet microtubules and noncontinuous spirals in sperm singlet microtubules. By acquiring new and reanalyzing previous cryo-electron tomography data, we show that SPACA9-like intralumenal striations are common features of different microtubule types in animal cilia. Our structures provide detailed references to help rationalize ciliopathy-causing mutations and position cryo-EM as a tool for the analysis of samples obtained directly from ciliopathy patients. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ung.cif.gz | 26.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ung.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7ung.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/7ung ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/7ung | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 26624MC 7un1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 26種, 408分子 075689AA0A1A2A3A4AAACAEAGAIAKAMBABCBEBGBIBKBMCACCCECG...
-EF-hand domain-containing family member ... , 2種, 6分子 12WXYZ
#2: タンパク質 | 分子量: 93940.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N7U6 #26: タンパク質 | 分子量: 87516.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5JST6 |
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-Cilia- and flagella-associated protein ... , 5種, 18分子 34EFXAXBXCXDXEXFXGabcdefg
#3: タンパク質 | 分子量: 61960.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96M91 #15: タンパク質 | 分子量: 34339.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P656 #27: タンパク質 | 分子量: 22807.469 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6A4 #29: タンパク質 | 分子量: 65858.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UL16 #30: タンパク質 | 分子量: 68379.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N1V2 |
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-Uncharacterized protein ... , 2種, 3分子 GL1L2
#17: タンパク質 | 分子量: 13778.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: H3BRN8 |
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#22: タンパク質 | 分子量: 17019.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A4QMS7 |
-非ポリマー , 3種, 451分子
#36: 化合物 | ChemComp-GTP / #37: 化合物 | ChemComp-MG / #38: 化合物 | ChemComp-GDP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Doublet microtubule and associated proteins / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#35 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.3 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208558 / 対称性のタイプ: POINT |