+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tr6 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cascade complex from type I-A CRISPR-Cas system | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / CRISPR (CRISPR) / cascade / type I-A / genome editing (ゲノム編集) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hu, C. / Ni, D. / Nam, K.H. / Majumdar, S. / McLean, J. / Stahlberg, H. / Terns, M. / Ke, A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, スイス, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Allosteric control of type I-A CRISPR-Cas3 complexes and establishment as effective nucleic acid detection and human genome editing tools. 著者: Chunyi Hu / Dongchun Ni / Ki Hyun Nam / Sonali Majumdar / Justin McLean / Henning Stahlberg / Michael P Terns / Ailong Ke / 要旨: Type I CRISPR-Cas systems typically rely on a two-step process to degrade DNA. First, an RNA-guided complex named Cascade identifies the complementary DNA target. The helicase-nuclease fusion enzyme ...Type I CRISPR-Cas systems typically rely on a two-step process to degrade DNA. First, an RNA-guided complex named Cascade identifies the complementary DNA target. The helicase-nuclease fusion enzyme Cas3 is then recruited in trans for processive DNA degradation. Contrary to this model, here, we show that type I-A Cascade and Cas3 function as an integral effector complex. We provide four cryoelectron microscopy (cryo-EM) snapshots of the Pyrococcus furiosus (Pfu) type I-A effector complex in different stages of DNA recognition and degradation. The HD nuclease of Cas3 is autoinhibited inside the effector complex. It is only allosterically activated upon full R-loop formation, when the entire targeted region has been validated by the RNA guide. The mechanistic insights inspired us to convert Pfu Cascade-Cas3 into a high-sensitivity, low-background, and temperature-activated nucleic acid detection tool. Moreover, Pfu CRISPR-Cas3 shows robust bi-directional deletion-editing activity in human cells, which could find usage in allele-specific inactivation of disease-causing mutations. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tr6.cif.gz | 589.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7tr6.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7tr6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/7tr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/7tr6 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38800.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0637 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q8U338 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 12208.933 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0643 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q8U332 #3: タンパク質 | 分子量: 36989.148 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0642 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q8U333 #4: タンパク質 | | 分子量: 29147.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: cas5a, PFDSM3638_03200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5C0XNV9 #5: RNA鎖 | | 分子量: 14373.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cascade complex from Pyrococcus furiosus type I-A CRISPR/Cas system タイプ: COMPLEX / 詳細: Cascade alone / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.35 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||
緩衝液成分 | 濃度: 150 mM / 名称: sodium chloride塩化ナトリウム / 式: NaCl塩化ナトリウム | ||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 6 seconds |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS TALOS |
---|---|
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION回折 / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
撮影 | 平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 800 |
電子光学装置 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79651 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER |