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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tch | ||||||
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タイトル | BceAB E169Q variant ATP-bound conformation | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / BceAB / bacitracin (バシトラシン) / transporter (運搬体タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transmembrane transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | George, N.L. / Orlando, B.J. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Conformational snapshots of the bacitracin sensing and resistance transporter BceAB. 著者: Natasha L George / Anthony L Schilmiller / Benjamin J Orlando / 要旨: SignificanceMany gram-positive organisms have evolved an elegant solution to sense and resist antimicrobial peptides that inhibit cell-wall synthesis. These organisms express an unusual "Bce-type" ...SignificanceMany gram-positive organisms have evolved an elegant solution to sense and resist antimicrobial peptides that inhibit cell-wall synthesis. These organisms express an unusual "Bce-type" adenosine triphosphate-binding cassette (ABC) transporter that recognizes complexes formed between antimicrobial peptides and lipids involved in cell-wall biosynthesis. In this work, we provide the first structural snapshots of a Bce-type ABC transporter trapped in different conformational states. Our structures and associated biochemical data provide key insights into the novel target protection mechanism that these unusual ABC transporters use to sense and resist antimicrobial peptides. The studies described herein set the stage to begin developing a comprehensive molecular understanding of the diverse interactions between antimicrobial peptides and conserved resistance machinery found across most gram-positive organisms. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tch.cif.gz | 209.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tch.ent.gz | 165.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tch.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tch | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 25812MC 7tcgC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72262.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: bceB, barD, ytsD, BSU30370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O34741 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 29247.393 Da / 分子数: 2 / Mutation: E169Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: bceA, barC, ytsC, BSU30380 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O34697 #3: 化合物 | ChemComp-I0O / | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: BceAB (E169Q variant) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.129 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C41 / プラスミド: pETDUET-1 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 15mA in Pelco EasyGlow / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.1 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 305229 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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