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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pxd | ||||||
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タイトル | Substrate-engaged mycobacterial Proteasome-associated ATPase in complex with open-gate 20S CP - composite map (state B) | ||||||
要素 |
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キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / AAA motor / ATPAse (ATPアーゼ) / mycobacterium (マイコバクテリウム属) / proteasome activator / 20S CP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein pupylation / proteasome binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity ...protein pupylation / proteasome binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Jomaa, A. / Kavalchuk, M. / Weber-Ban, E. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis of prokaryotic ubiquitin-like protein engagement and translocation by the mycobacterial Mpa-proteasome complex. 著者: Mikhail Kavalchuk / Ahmad Jomaa / Andreas U Müller / Eilika Weber-Ban / 要旨: Proteasomes are present in eukaryotes, archaea and Actinobacteria, including the human pathogen Mycobacterium tuberculosis, where proteasomal degradation supports persistence inside the host. In ...Proteasomes are present in eukaryotes, archaea and Actinobacteria, including the human pathogen Mycobacterium tuberculosis, where proteasomal degradation supports persistence inside the host. In mycobacteria and other members of Actinobacteria, prokaryotic ubiquitin-like protein (Pup) serves as a degradation tag post-translationally conjugated to target proteins for their recruitment to the mycobacterial proteasome ATPase (Mpa). Here, we use single-particle cryo-electron microscopy to determine the structure of Mpa in complex with the 20S core particle at an early stage of pupylated substrate recruitment, shedding light on the mechanism of substrate translocation. Two conformational states of Mpa show how substrate is translocated stepwise towards the degradation chamber of the proteasome core particle. We also demonstrate, in vitro and in vivo, the importance of a structural feature in Mpa that allows formation of alternating charge-complementary interactions with the proteasome resulting in radial, rail-guided movements during the ATPase conformational cycle. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 7pxd.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pxd.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7pxd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/7pxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/7pxd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Proteasome subunit ... , 2種, 28分子 02468IKOQTXZdfHJLMNPRSUVWYab
#1: タンパク質 | 分子量: 26911.039 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The first 7 residues were removed (open gate proteasome) 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: prcA_1, prcA, prcA_2, C0094_11490, ERS007657_01774, ERS007661_00268, ERS007663_02522, ERS007665_00481, ERS007720_00613, ERS007722_01881 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A655IUE1 #4: タンパク質 | 分子量: 30332.006 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Propetide (the first N-terminal 57 residues) is removed 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: prcB, C0094_11495, DSI38_15610, E5M05_20980, E5M52_20895, E5M78_20920, ERS007665_00482, ERS007670_00434, ERS007679_01035, ERS007720_00612, ERS007722_01880, ERS007741_02624, ERS013471_ ...遺伝子: prcB, C0094_11495, DSI38_15610, E5M05_20980, E5M52_20895, E5M78_20920, ERS007665_00482, ERS007670_00434, ERS007679_01035, ERS007720_00612, ERS007722_01880, ERS007741_02624, ERS013471_03478, ERS023446_02554, ERS024276_00650, ERS094182_01868, F6W99_00699, GCL30_10845, SAMEA2683035_00452 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A045HFG5, proteasome endopeptidase complex |
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-タンパク質 , 2種, 8分子 1ABCDEFG
#2: タンパク質 | 分子量: 67487.930 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: C-terminal extension of Mpa containing GQYL motif which interacts with the proteasome 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: arc, mpa, C0094_11520, DSI38_15585, E5M05_19030, E5M52_17490, E5M78_17520, ERS007661_01151, ERS007665_00732, ERS007679_01634, ERS007681_02311, ERS007703_01049, ERS007720_01453, ERS007722_ ...遺伝子: arc, mpa, C0094_11520, DSI38_15585, E5M05_19030, E5M52_17490, E5M78_17520, ERS007661_01151, ERS007665_00732, ERS007679_01634, ERS007681_02311, ERS007703_01049, ERS007720_01453, ERS007722_00998, ERS007741_01455, ERS023446_02559, ERS024276_00114, ERS027646_02035, ERS027659_02128, ERS027661_00811, ERS094182_01863, F6W99_00704, FRD82_11355, GCL30_10870, SAMEA2683035_00457 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045JPX7 #3: タンパク質 | | 分子量: 7095.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GS residues are left from the TEV cleavage site 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: pup, C0094_11500, DSI38_15605, E5M05_20975, E5M52_20890, E5M78_20915, ERS007661_02567, ERS007665_00483, ERS007670_00435, ERS007679_01034, ERS007681_03228, ERS007688_03984, ERS007720_00611, ...遺伝子: pup, C0094_11500, DSI38_15605, E5M05_20975, E5M52_20890, E5M78_20915, ERS007661_02567, ERS007665_00483, ERS007670_00435, ERS007679_01034, ERS007681_03228, ERS007688_03984, ERS007720_00611, ERS007722_01879, ERS007741_02623, ERS013471_03479, ERS023446_02555, ERS024276_00651, ERS027646_03180, ERS027661_04264, ERS094182_01867, F6W99_00700, FRD82_16980, GCL30_10850, SAMEA2683035_00453 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045GWT8 |
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-非ポリマー , 2種, 12分子
#5: 化合物 | ChemComp-ATP / #6: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterial Proteasome-associated ATPase in complex with substrate and open-gate 20SCP タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 1.1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 860718 | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 50814 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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