+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oxr | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of yeast Sei1 with locking helix deletion | |||||||||||||||||||||||||||
要素 | BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1 | |||||||||||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Lipid droplet formation / lipid binding (脂質) / seipin | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | SEI1 isoform 1 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Deme, J.C. / Lea, S.M. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 8件
| |||||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Mechanism of lipid droplet formation by the yeast Sei1/Ldb16 Seipin complex. 著者: Yoel A Klug / Justin C Deme / Robin A Corey / Mike F Renne / Phillip J Stansfeld / Susan M Lea / Pedro Carvalho / 要旨: Lipid droplets (LDs) are universal lipid storage organelles with a core of neutral lipids, such as triacylglycerols, surrounded by a phospholipid monolayer. This unique architecture is generated ...Lipid droplets (LDs) are universal lipid storage organelles with a core of neutral lipids, such as triacylglycerols, surrounded by a phospholipid monolayer. This unique architecture is generated during LD biogenesis at endoplasmic reticulum (ER) sites marked by Seipin, a conserved membrane protein mutated in lipodystrophy. Here structural, biochemical and molecular dynamics simulation approaches reveal the mechanism of LD formation by the yeast Seipin Sei1 and its membrane partner Ldb16. We show that Sei1 luminal domain assembles a homooligomeric ring, which, in contrast to other Seipins, is unable to concentrate triacylglycerol. Instead, Sei1 positions Ldb16, which concentrates triacylglycerol within the Sei1 ring through critical hydroxyl residues. Triacylglycerol recruitment to the complex is further promoted by Sei1 transmembrane segments, which also control Ldb16 stability. Thus, we propose that LD assembly by the Sei1/Ldb16 complex, and likely other Seipins, requires sequential triacylglycerol-concentrating steps via distinct elements in the ER membrane and lumen. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oxr.cif.gz | 312.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7oxr.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7oxr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7oxr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7oxr | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35462.590 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS4180, PACBIOSEQ_LOCUS4257, PACBIOSEQ_LOCUS4334, SCNYR20_0004039900, SCP684_0004039500 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PUS7 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: homodecamer of Sei1 with locking helix deletion / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 59.1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C10 (10回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 260532 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|