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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7owg | ||||||||||||
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タイトル | human DEPTOR in a complex with mutant human mTORC1 A1459P | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of TORC2 signaling / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of pentose-phosphate shunt / T-helper 1 cell lineage commitment / regulation of locomotor rhythm / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / cellular response to leucine starvation ...negative regulation of TORC2 signaling / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of pentose-phosphate shunt / T-helper 1 cell lineage commitment / regulation of locomotor rhythm / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / cellular response to leucine starvation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Heimhalt, M. / Berndt, A. / Wagstaff, J. / Anandapadamanaban, M. / Perisic, O. / Maslen, S. / McLaughlin, S. / Yu, W.-H. / Masson, G.R. / Boland, A. ...Heimhalt, M. / Berndt, A. / Wagstaff, J. / Anandapadamanaban, M. / Perisic, O. / Maslen, S. / McLaughlin, S. / Yu, W.-H. / Masson, G.R. / Boland, A. / Ni, X. / Yamashita, K. / Murshudov, G.N. / Skehel, M. / Freund, S.M. / Williams, R.L. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Bipartite binding and partial inhibition links DEPTOR and mTOR in a mutually antagonistic embrace. 著者: Maren Heimhalt / Alex Berndt / Jane Wagstaff / Madhanagopal Anandapadamanaban / Olga Perisic / Sarah Maslen / Stephen McLaughlin / Conny Wing-Heng Yu / Glenn R Masson / Andreas Boland / ...著者: Maren Heimhalt / Alex Berndt / Jane Wagstaff / Madhanagopal Anandapadamanaban / Olga Perisic / Sarah Maslen / Stephen McLaughlin / Conny Wing-Heng Yu / Glenn R Masson / Andreas Boland / Xiaodan Ni / Keitaro Yamashita / Garib N Murshudov / Mark Skehel / Stefan M Freund / Roger L Williams / ![]() ![]() 要旨: The mTORC1 kinase complex regulates cell growth, proliferation, and survival. Because mis-regulation of DEPTOR, an endogenous mTORC1 inhibitor, is associated with some cancers, we reconstituted ...The mTORC1 kinase complex regulates cell growth, proliferation, and survival. Because mis-regulation of DEPTOR, an endogenous mTORC1 inhibitor, is associated with some cancers, we reconstituted mTORC1 with DEPTOR to understand its function. We find that DEPTOR is a unique mTORC1 inhibitor that may have evolved to preserve feedback inhibition of PI3K. Counterintuitively, mTORC1 activated by RHEB or oncogenic mutation is much more potently inhibited by DEPTOR. Although DEPTOR partially inhibits mTORC1, mTORC1 prevents this inhibition by phosphorylating DEPTOR, a mutual antagonism that requires no exogenous factors. Structural analyses of the mTORC1/DEPTOR complex showed DEPTOR's PDZ domain interacting with the mTOR FAT region, and the unstructured linker preceding the PDZ binding to the mTOR FRB domain. The linker and PDZ form the minimal inhibitory unit, but the N-terminal tandem DEP domains also significantly contribute to inhibition. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 287570.312 Da / 分子数: 1 / 変異: A1459P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P42345, ![]() |
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#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 35910.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 46365.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 詳細 (発現宿主): GST(tev)-Human_DEPTOR_1-409 (S204,N389 natural variant) 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 149200.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 500 uM AMP-PNP | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() 詳細: Purified mutant mTORC1 A1459P and DEPTOR were preincubated in the presence of MgCl2 and AMP-PNP for 20 min and used for cryo-EM grid preparation. | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 287 K / 詳細: blotting time of 2 s and a force of -15. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 100 K / 最低温度: 100 K |
撮影 | 平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4759 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称![]() |
画像スキャン | 横: 6000 / 縦: 4000 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0272 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk / 日付: 2020年2月9日 解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 376784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 500000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 145.7 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Correlation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6BCX PDB chain-ID: B / Pdb chain residue range: 1-2549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 4.7→299.244 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / WRfactor Rwork: 0.342 / SU B: 108.861 / SU ML: 1.072 / Average fsc overall: 0.7062 / Average fsc work: 0.7062 / ESU R: 0.804 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 122.054 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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