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- PDB-7o7y: Rabbit 80S ribosome stalled close to the mutated SARS-CoV-2 slipp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o7y
タイトルRabbit 80S ribosome stalled close to the mutated SARS-CoV-2 slippery site by a pseudoknot (high resolution)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 18
  • (60S ribosomal protein ...) x 12
  • (Ribosomal Protein ...) x 28
  • 18S rRNA18S ribosomal RNA
  • 28S rRNA28SリボソームRNA
  • 5.8S rRNA5.8SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • E-site tRNA
  • P-site Phe-tRNA(Phe)
  • RACK1Receptor for activated C kinase 1
  • Replicase polyprotein 1ab
  • Ribosomal_L18_c domain-containing protein
  • eL21
  • eL24
  • eL30
  • eL31
  • eL32CD59
  • eL33
  • eL38
  • eL39
  • eL42
  • eL43
  • eS10
  • mRNA containing SARS-CoV-2 sequence
  • uL22
  • uL23
  • uL29
  • uS14
  • uS15
  • uS9
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Frameshift / virus (ウイルス) / pseudoknot (シュードノット)
機能・相同性
機能・相同性情報


Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ribosomal subunit / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells ...Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ribosomal subunit / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / regulation of G1 to G0 transition / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / G1 to G0 transition / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / protein-RNA complex assembly / MTOR / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / cellular response to actinomycin D / 90S preribosome / 小胞体 / gastrulation / cytosolic ribosome / MDM2/MDM4 family protein binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / rescue of stalled ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of translation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / small-subunit processome / placenta development / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to gamma radiation / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / spindle / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / rhythmic process / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / リボソーム生合成 / mRNA guanylyltransferase activity / ribosome binding / 5'-3' RNA helicase activity / glucose homeostasis / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / regulation of translation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / T cell differentiation in thymus / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 5'-3' DNA helicase activity / snRNP Assembly / cell body / 5S rRNA binding / double membrane vesicle viral factory outer membrane / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / cytosolic small ribosomal subunit / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity
類似検索 - 分子機能
60s Acidic ribosomal protein / 40S ribosomal protein SA C-terminus / 60S acidic ribosomal protein P0 / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L41 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P ...60s Acidic ribosomal protein / 40S ribosomal protein SA C-terminus / 60S acidic ribosomal protein P0 / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L41 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal L29e protein family / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein L34e, conserved site / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L1, conserved site / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L1 signature. / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L34Ae / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic
類似検索 - ドメイン・相同性
スペルミジン / スペルミン / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...スペルミジン / スペルミン / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Replicase polyprotein 1ab / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bhatt, P.R. / Scaiola, A. / Leibundgut, M.A. / Atkins, J.F. / Ban, N.
資金援助 スイス, アイルランド, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_182341 スイス
Irish Research CouncilIRCLA/2019/74 アイルランド
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structural basis of ribosomal frameshifting during translation of the SARS-CoV-2 RNA genome.
著者: Pramod R Bhatt / Alain Scaiola / Gary Loughran / Marc Leibundgut / Annika Kratzel / Romane Meurs / René Dreos / Kate M O'Connor / Angus McMillan / Jeffrey W Bode / Volker Thiel / David ...著者: Pramod R Bhatt / Alain Scaiola / Gary Loughran / Marc Leibundgut / Annika Kratzel / Romane Meurs / René Dreos / Kate M O'Connor / Angus McMillan / Jeffrey W Bode / Volker Thiel / David Gatfield / John F Atkins / Nenad Ban /
要旨: Programmed ribosomal frameshifting is a key event during translation of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA genome that allows synthesis of the viral RNA-dependent ...Programmed ribosomal frameshifting is a key event during translation of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA genome that allows synthesis of the viral RNA-dependent RNA polymerase and downstream proteins. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of a translating mammalian ribosome primed for frameshifting on the viral RNA. The viral RNA adopts a pseudoknot structure that lodges at the entry to the ribosomal messenger RNA (mRNA) channel to generate tension in the mRNA and promote frameshifting, whereas the nascent viral polyprotein forms distinct interactions with the ribosomal tunnel. Biochemical experiments validate the structural observations and reveal mechanistic and regulatory features that influence frameshifting efficiency. Finally, we compare compounds previously shown to reduce frameshifting with respect to their ability to inhibit SARS-CoV-2 replication, establishing coronavirus frameshifting as a target for antiviral intervention.
履歴
登録2021年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.name
改定 1.22021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年7月21日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02021年8月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
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改定 3.02021年9月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 4.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 4.12024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12756
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A2: 18S rRNA
AA: 40S ribosomal protein S27
AB: Ribosomal protein S28
AC: Ribosomal protein S27a
AD: 40S ribosomal protein S30
AE: Ribosomal protein eS26
AF: RACK1
AG: uS14
AH: mRNA containing SARS-CoV-2 sequence
AI: E-site tRNA
AT: P-site Phe-tRNA(Phe)
AZ: 40S ribosomal protein SA
Aa: 40S ribosomal protein S3a
Ab: Ribosomal protein uS5
Ac: 40S ribosomal protein S3
Ad: Ribosomal protein eS4
Ae: Ribosomal protein S5
Af: 40S ribosomal protein S6
Ag: 40S ribosomal protein S7
Ah: 40S ribosomal protein S8
Ai: Ribosomal protein S9 (Predicted)
Aj: eS10
Ak: 40S ribosomal protein S11
Al: 40S ribosomal protein S12
Am: uS15
An: 40S ribosomal protein uS11
Ao: 40S ribosomal protein uS19
Ap: uS9
Aq: 40S ribosomal protein eS17
Ar: 40S ribosomal protein S18
As: Ribosomal protein eS19
At: 40S ribosomal protein uS10
Au: Ribosomal protein eS21
Av: Ribosomal protein S15a
Aw: 40S ribosomal protein S23
Ax: 40S ribosomal protein S24
Ay: 40S ribosomal protein S25
Az: 60s ribosomal protein l41
B5: 28S rRNA
B7: 5S rRNA
B8: 5.8S rRNA
BA: Ribosomal protein uL2
BB: Ribosomal protein L3
BC: 60S ribosomal protein L4
BD: Ribosomal_L18_c domain-containing protein
BE: 60S ribosomal protein L6
BF: Ribosomal Protein uL30
BG: Ribosomal protein eL8
BH: 60S ribosomal protein L9
BI: 60S ribosomal protein L10
BJ: Ribosomal protein L11
BK: Replicase polyprotein 1ab
BL: Ribosomal protein eL13
BM: Ribosomal protein L14
BN: Ribosomal protein L15
BO: Ribosomal protein uL13
BP: uL22
BQ: Ribosomal Protein eL18
BR: 60S ribosomal protein L19
BS: Ribosomal protein eL20
BT: eL21
BU: Ribosomal protein eL22
BV: Ribosomal protein L23
BW: eL24
BX: uL23
BY: Ribosomal protein L26
BZ: 60S ribosomal protein L27
Ba: 60S ribosomal protein L27a
Bb: 60S ribosomal protein L29
Bc: eL30
Bd: eL31
Be: eL32
Bf: eL33
Bg: 60S ribosomal protein L34
Bh: uL29
Bi: 60S ribosomal protein L36
Bj: Ribosomal protein L37
Bk: eL38
Bl: eL39
Bm: 60S ribosomal protein L40
Bo: eL42
Bp: eL43
Br: Ribosomal protein eL28
Bs: 60S acidic ribosomal protein P0
Bt: Ribosomal protein L12
Bv: Ribosomal protein uL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,070,867877
ポリマ－4,055,17186
非ポリマー15,696791
水204,30811341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 A2AHAIATB5B7B8

#1: RNA鎖 18S rRNA / 18S ribosomal RNA


分子量: 603929.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCT01000564.1
#9: RNA鎖 mRNA containing SARS-CoV-2 sequence


分子量: 69683.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
参照: GenBank: NC_045512.2
#10: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 15209.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#11: RNA鎖 P-site Phe-tRNA(Phe)


分子量: 24890.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#39: RNA鎖 28S rRNA / 28SリボソームRNA


分子量: 1557519.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCN01009604.1
#40: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38851.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCM01014045.1
#41: RNA鎖 5.8S rRNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50809.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCN01009604.1

-
40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 AAADAZAaAcAfAgAhAkAlAnAoAqArAtAwAxAy

#2: タンパク質 40S ribosomal protein S27 /


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S30 /


分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#12: タンパク質 40S ribosomal protein SA / リボソームタンパク質SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 32970.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TLT8
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S3a /


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S3 /


分子量: 31146.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
参照: UniProt: G1TNM3, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 47356.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S11 /


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#26: タンパク質 40S ribosomal protein uS11 /


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T1F0
#27: タンパク質 40S ribosomal protein uS19 /


分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#29: タンパク質 40S ribosomal protein eS17 /


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S18 /


分子量: 17801.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#32: タンパク質 40S ribosomal protein uS10 /


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIZ2
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S23 /


分子量: 15860.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S24 /


分子量: 15107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T3D8
#37: タンパク質 40S ribosomal protein S25 /


分子量: 13645.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3

+
Ribosomal Protein ... , 28種, 28分子 ABACAEAbAdAeAiAsAuAvBABBBFBGBJBLBMBNBOBQBSBUBVBYBjBrBtBv

#3: タンパク質 Ribosomal protein S28 /


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#4: タンパク質 Ribosomal protein S27a / リボソーム


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#6: タンパク質 Ribosomal protein eS26 /


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Depositor reference: GB XP_008254857.1 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#14: タンパク質 Ribosomal protein uS5 /


分子量: 31285.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry GBAX01005410.1 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#16: タンパク質 Ribosomal protein eS4 /


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry XP_002720153.1 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#17: タンパク質 Ribosomal protein S5 /


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#21: タンパク質 Ribosomal protein S9 (Predicted) / リボソーム


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#31: タンパク質 Ribosomal protein eS19 /


分子量: 16104.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry DN883431.1 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#33: タンパク質 Ribosomal protein eS21 /


分子量: 9181.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from UniProt entry DN885342.1 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#34: タンパク質 Ribosomal protein S15a / リボソーム


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#42: タンパク質 Ribosomal protein uL2 /


分子量: 28103.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry XP_002723515.1 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#43: タンパク質 Ribosomal protein L3 /


分子量: 46120.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#47: タンパク質 Ribosomal Protein uL30 /


分子量: 29201.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry XP_002710681.1 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#48: タンパク質 Ribosomal protein eL8 /


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry GBCD01000651.1 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#51: タンパク質 Ribosomal protein L11 /


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#53: タンパク質 Ribosomal protein eL13 /


分子量: 24331.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry XP_002710580.1 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#54: タンパク質 Ribosomal protein L14 /


分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ12
#55: タンパク質 Ribosomal protein L15 /


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#56: タンパク質 Ribosomal protein uL13 /


分子量: 23533.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry XP_002723961.2 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#58: タンパク質 Ribosomal Protein eL18 /


分子量: 21699.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry XP_008250645.1 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#60: タンパク質 Ribosomal protein eL20 /


分子量: 20749.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry GBCK01009614.1 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#62: タンパク質 Ribosomal protein eL22 /


分子量: 14756.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry CU464830.1 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#63: タンパク質 Ribosomal protein L23 /


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#66: タンパク質 Ribosomal protein L26 /


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#77: タンパク質 Ribosomal protein L37 /


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#83: タンパク質 Ribosomal protein eL28 /


分子量: 15844.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence from GeneBank entry GBCM01003096.1 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#85: タンパク質 Ribosomal protein L12 /


分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7
#86: タンパク質 Ribosomal protein uL1 /


分子量: 24875.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKZ8

+
タンパク質 , 21種, 21分子 AFAGAjAmApBDBKBPBTBWBXBcBdBeBfBhBkBlBoBpBs

#7: タンパク質 RACK1 / Receptor for activated C kinase 1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#8: タンパク質 uS14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#22: タンパク質 eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#25: タンパク質 uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#28: タンパク質 uS9


分子量: 19213.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#45: タンパク質 Ribosomal_L18_c domain-containing protein


分子量: 34523.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#52: タンパク質 Replicase polyprotein 1ab / pp1ab / ORF1ab polyprotein


分子量: 121565.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P0DTD1
#57: タンパク質 uL22


分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TVT6
#61: タンパク質 eL21 /


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#64: タンパク質 eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#65: タンパク質 uL23


分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#70: タンパク質 eL30


分子量: 12807.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#71: タンパク質 eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#72: タンパク質 eL32 / CD59


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U437
#73: タンパク質 eL33


分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#75: タンパク質 uL29


分子量: 14566.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#78: タンパク質 eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U001
#79: タンパク質 eL39


分子量: 6455.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#81: タンパク質 eL42


分子量: 12489.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U344
#82: タンパク質 eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#84: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 /


分子量: 34380.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SPK4

-
60S ribosomal protein ... , 12種, 12分子 AzBCBEBHBIBRBZBaBbBgBiBm

#38: タンパク質・ペプチド 60s ribosomal protein l41 / / eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L4 /


分子量: 46430.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L6 /


分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L9 /


分子量: 21871.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SWI6
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / / Ribosomal protein L10 (Predicted)


分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L19 /


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q3T0W9
#67: タンパク質 60S ribosomal protein L27 /


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L27a /


分子量: 16635.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L29 /


分子量: 26721.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L34 /


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXG5
#76: タンパク質 60S ribosomal protein L36 /


分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#80: タンパク質 60S ribosomal protein L40 /


分子量: 14800.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
非ポリマー , 6種, 12132分子

#87: 化合物...
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#88: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#89: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#90: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 330 / 由来タイプ: 合成
#91: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#92: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Rabbit 80S ribosome stalled close to the mutated SARS-CoV-2 slippery site by a pseudoknotRIBOSOME#1-#860MULTIPLE SOURCES
2Rabbit 80S ribosome stalledRIBOSOME#1-#8, #12-#861NATURAL
3SARS-CoV-2 slippery site by a pseudoknotCOMPLEX#91RECOMBINANT
4Rabbit 80S ribosome stalledRIBOSOME#10-#111NATURAL
5Replicase polyprotein 1abCOMPLEX#521RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
23Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)2697049
34Bos taurus (ウシ)9913
45Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)2697049
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13synthetic construct (人工物)32630
25Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 56604 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU2.8画像取得
4GctfCTF補正
10cryoSPARC2初期オイラー角割当
11cryoSPARC2最終オイラー角割当
13cryoSPARC2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 695501 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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