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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o7n | |||||||||||||||
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タイトル | (h-alpha2M)4 semiactivated I state | |||||||||||||||
![]() | Alpha-2-macroglobulin![]() | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of complement activation, lectin pathway / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Luque, D. / Goulas, T. / Mata, C.P. / Mendes, S.R. / Gomis-Ruth, F.X. / Caston, J.R. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures show the mechanistic basis of pan-peptidase inhibition by human α-macroglobulin. 著者: Daniel Luque / Theodoros Goulas / Carlos P Mata / Soraia R Mendes / F Xavier Gomis-Rüth / José R Castón / ![]() ![]() ![]() 要旨: Human α2-macroglobulin (hα2M) is a multidomain protein with a plethora of essential functions, including transport of signaling molecules and endopeptidase inhibition in innate immunity. Here, we ...Human α2-macroglobulin (hα2M) is a multidomain protein with a plethora of essential functions, including transport of signaling molecules and endopeptidase inhibition in innate immunity. Here, we dissected the molecular mechanism of the inhibitory function of the ∼720-kDa hα2M tetramer through eight cryo–electron microscopy (cryo-EM) structures of complexes from human plasma. In the native complex, the hα2M subunits are organized in two flexible modules in expanded conformation, which enclose a highly porous cavity in which the proteolytic activity of circulating plasma proteins is tested. Cleavage of bait regions exposed inside the cavity triggers rearrangement to a compact conformation, which closes openings and entraps the prey proteinase. After the expanded-to-compact transition, which occurs independently in the four subunits, the reactive thioester bond triggers covalent linking of the proteinase, and the receptor-binding domain is exposed on the tetramer surface for receptor-mediated clearance from circulation. These results depict the molecular mechanism of a unique suicidal inhibitory trap. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 924.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 779.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 12750MC ![]() 7o7lC ![]() 7o7mC ![]() 7o7oC ![]() 7o7pC ![]() 7o7qC ![]() 7o7rC ![]() 7o7sC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 163465.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ![]() #3: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human alpha-2-macroglobulin semiactivated I state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.7 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結![]() | 装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 39.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 12143 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 32 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1625000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35993 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL |