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- PDB-7nhn: VgaL, an antibiotic resistance ABCF, in complex with 70S ribosome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nhn
タイトルVgaL, an antibiotic resistance ABCF, in complex with 70S ribosome from Listeria monocytogenes
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 27
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • Lmo0919 protein
  • RNA (5'-R(P*GP*AP*GP*GP*UP*NP*NP*NP*NP*NP*NP*AP*UP*G)-3')
  • tRNA-fMet
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Antibiotic resistance element / ABCF / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / ATPase (ATPアーゼ) / protein synthesis (タンパク質生合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of translational fidelity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit ...positive regulation of translational fidelity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : ...Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / ABC transporter-like, conserved site / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / ABC transporters family signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / スペルミジン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL31B ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / スペルミジン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32B / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL36 / 30S ribosomal protein S10 / 30S ribosomal protein S11 / 30S ribosomal protein S12 / 30S ribosomal protein S13 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S18 / 30S ribosomal protein S19 / 30S ribosomal protein S20 / 30S ribosomal protein S3 / 30S ribosomal protein S7 / 30S ribosomal protein S8 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / 30S ribosomal protein S5 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 30S ribosomal protein S9 / 30S ribosomal protein S16 / 30S ribosomal protein S2 / 30S ribosomal protein S4 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Lmo0919 protein / 30S ribosomal protein S6 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / 30S ribosomal protein S15
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
Listeria monocytogenes EGD-E (リステリア・モノサイトゲネス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Crowe-McAuliffe, C. / Turnbull, K.J. / Hauryliuk, V. / Wilson, D.N.
資金援助 ドイツ, スウェーデン, Estonia, 6件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)WI3285/8-1 ドイツ
Swedish Research Council2017-03783 スウェーデン
Swedish Research Council2019-01085 スウェーデン
European Regional Development Fund2014-2020.4.01.15-0013 スウェーデン
Estonian Research CouncilPRG335 Estonia
Swedish Research Council2018-00956 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of ABCF-mediated resistance to pleuromutilin, lincosamide, and streptogramin A antibiotics in Gram-positive pathogens.
著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Marje Kasari / Merianne Mohamad / Christine Polte / Hiraku Takada / Karolis Vaitkevicius / Jörgen Johansson / Zoya ...著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Marje Kasari / Merianne Mohamad / Christine Polte / Hiraku Takada / Karolis Vaitkevicius / Jörgen Johansson / Zoya Ignatova / Gemma C Atkinson / Alex J O'Neill / Vasili Hauryliuk / Daniel N Wilson /
要旨: Target protection proteins confer resistance to the host organism by directly binding to the antibiotic target. One class of such proteins are the antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette ...Target protection proteins confer resistance to the host organism by directly binding to the antibiotic target. One class of such proteins are the antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette (ABC) proteins of the F-subtype (ARE-ABCFs), which are widely distributed throughout Gram-positive bacteria and bind the ribosome to alleviate translational inhibition from antibiotics that target the large ribosomal subunit. Here, we present single-particle cryo-EM structures of ARE-ABCF-ribosome complexes from three Gram-positive pathogens: Enterococcus faecalis LsaA, Staphylococcus haemolyticus VgaA and Listeria monocytogenes VgaL. Supported by extensive mutagenesis analysis, these structures enable a general model for antibiotic resistance mediated by these ARE-ABCFs to be proposed. In this model, ABCF binding to the antibiotic-stalled ribosome mediates antibiotic release via mechanistically diverse long-range conformational relays that converge on a few conserved ribosomal RNA nucleotides located at the peptidyltransferase center. These insights are important for the future development of antibiotics that overcome such target protection resistance mechanisms.
履歴
登録2021年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12334
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Lmo0919 protein
D: tRNA-fMet
b: RNA (5'-R(P*GP*AP*GP*GP*UP*NP*NP*NP*NP*NP*NP*AP*UP*G)-3')
A: 23S rRNA
a: 16S rRNA
G: 50S ribosomal protein L2
H: 50S ribosomal protein L3
I: 50S ribosomal protein L4
J: 50S ribosomal protein L5
K: 50S ribosomal protein L6
M: 50S ribosomal protein L13
N: 50S ribosomal protein L14
O: 50S ribosomal protein L15
P: 50S ribosomal protein L16
Q: 50S ribosomal protein L17
R: 50S ribosomal protein L18
S: 50S ribosomal protein L19
T: 50S ribosomal protein L20
U: 50S ribosomal protein L21
V: 50S ribosomal protein L22
W: 50S ribosomal protein L23
X: 50S ribosomal protein L24
Z: 50S ribosomal protein L27
1: 50S ribosomal protein L28
2: 50S ribosomal protein L29
3: 50S ribosomal protein L30
5: 50S ribosomal protein L32-2
6: 50S ribosomal protein L33 1
7: 50S ribosomal protein L34
8: 50S ribosomal protein L35
9: 50S ribosomal protein L36
B: 5S rRNA
c: 30S ribosomal protein S2
d: 30S ribosomal protein S3
e: 30S ribosomal protein S4
f: 30S ribosomal protein S5
g: 30S ribosomal protein S6
h: 30S ribosomal protein S7
i: 30S ribosomal protein S8
j: 30S ribosomal protein S9
k: 30S ribosomal protein S10
l: 30S ribosomal protein S11
m: 30S ribosomal protein S12
n: 30S ribosomal protein S13
o: 30S ribosomal protein S14 type Z
p: 30S ribosomal protein S15
q: 30S ribosomal protein S16
r: 30S ribosomal protein S17
s: 30S ribosomal protein S18
t: 30S ribosomal protein S19
u: 30S ribosomal protein S20
4: 50S ribosomal protein L31 type B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,206,885223
ポリマ－2,201,08752
非ポリマー5,798171
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 0

#1: タンパク質 Lmo0919 protein


分子量: 64280.094 Da / 分子数: 1 / 変異: E104Q, E408Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
遺伝子: lmo0919
発現宿主: Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y8I3

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 DbAaB

#2: RNA鎖 tRNA-fMet


分子量: 24788.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*AP*GP*GP*UP*NP*NP*NP*NP*NP*NP*AP*UP*G)-3')


分子量: 3783.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
#4: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 949689.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
#5: RNA鎖 16S rRNA /


分子量: 499378.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: GenBank: CP023861.1
#32: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 36692.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-E (リステリア・モノサイトゲネス)

+
50S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 GHIJKMNOPQRSTUVWXZ123567894

#6: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 30568.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P60426
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22863.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y440
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22640.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P61055
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20023.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q927L9
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19434.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y444
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16227.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y458
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13248.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q927L7
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15812.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y447
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 16171.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q927L4
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 15246.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y450
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 13121.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y445
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13146.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: O53083
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13719.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66103
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11234.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y6Y9
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12895.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q927L2
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 10935.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y441
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11205.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y443
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 10571.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66125
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 7010.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66144
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7414.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66166
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6504.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q927M5
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L32-2 / リボソーム


分子量: 6534.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66207
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 1 / リボソーム


分子量: 6021.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66219
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5319.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66248
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7746.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P0A491
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4336.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66290
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L31 type B / リボソーム


分子量: 9274.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P0A485

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 cdefghijklmnopqrstu

#33: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 28417.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y6M6
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 24587.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66548
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 22773.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y6T6
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17482.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y446
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 11526.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8YAR9
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 17848.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66611
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14667.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66623
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14397.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y459
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11703.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66330
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13812.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66352
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 15216.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66372
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 13738.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66383
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z / リボソーム


分子量: 7164.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66401
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10656.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q92C24
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 10386.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q8Y699
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 10057.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: Q927L6
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 9119.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66461
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10498.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66484
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9189.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
参照: UniProt: P66503

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非ポリマー , 5種, 171分子

#53: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#54: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#55: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#56: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#57: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: VgaL in complex with 70S ribosome, mRNA, and distorted P-tRNA from Listeria monocytogenes
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#52 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 2.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
由来(組換発現)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -700 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 26.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

EMソフトウェア名称: Gctf / カテゴリ: CTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 83340
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45548 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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