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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nhm | |||||||||||||||||||||
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タイトル | 70S ribosome from Staphylococcus aureus | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / protein synthesis (タンパク質生合成) / initiation | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / transferase activity / cytosolic large ribosomal subunit ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / transferase activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Crowe-McAuliffe, C. / Murina, V. / Hauryliuk, V. / Wilson, D.N. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, スウェーデン, Estonia, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis of ABCF-mediated resistance to pleuromutilin, lincosamide, and streptogramin A antibiotics in Gram-positive pathogens. 著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Marje Kasari / Merianne Mohamad / Christine Polte / Hiraku Takada / Karolis Vaitkevicius / Jörgen Johansson / Zoya ...著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Marje Kasari / Merianne Mohamad / Christine Polte / Hiraku Takada / Karolis Vaitkevicius / Jörgen Johansson / Zoya Ignatova / Gemma C Atkinson / Alex J O'Neill / Vasili Hauryliuk / Daniel N Wilson / 要旨: Target protection proteins confer resistance to the host organism by directly binding to the antibiotic target. One class of such proteins are the antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette ...Target protection proteins confer resistance to the host organism by directly binding to the antibiotic target. One class of such proteins are the antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette (ABC) proteins of the F-subtype (ARE-ABCFs), which are widely distributed throughout Gram-positive bacteria and bind the ribosome to alleviate translational inhibition from antibiotics that target the large ribosomal subunit. Here, we present single-particle cryo-EM structures of ARE-ABCF-ribosome complexes from three Gram-positive pathogens: Enterococcus faecalis LsaA, Staphylococcus haemolyticus VgaA and Listeria monocytogenes VgaL. Supported by extensive mutagenesis analysis, these structures enable a general model for antibiotic resistance mediated by these ARE-ABCFs to be proposed. In this model, ABCF binding to the antibiotic-stalled ribosome mediates antibiotic release via mechanistically diverse long-range conformational relays that converge on a few conserved ribosomal RNA nucleotides located at the peptidyltransferase center. These insights are important for the future development of antibiotics that overcome such target protection resistance mechanisms. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nhm.cif.gz | 3.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nhm.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7nhm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/7nhm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/7nhm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 12333MC 7nhkC 7nhlC 7nhnC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10683 (タイトル: Affinity-purified VgaA-LC in complex with 70S ribosomes from Staphylococcus aureus Data size: 241.0 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of VgaA-LC bound to 70S ribosome from Staphyloccous aureus [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 ZPGHIJKMNOQRSTUVWXY123568794
-RNA鎖 , 5種, 5分子 AaBbD
#3: RNA鎖 | 分子量: 946696.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: CP000253.1 |
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#4: RNA鎖 | 分子量: 501711.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: CP000253.1 |
#5: RNA鎖 | 分子量: 36974.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: CP000253.1 |
#47: RNA鎖 | 分子量: 4128.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) |
#51: RNA鎖 | 分子量: 24811.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) |
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 dehklopqutnjfisgmrc
#30: タンパク質 | 分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW12 |
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#31: タンパク質 | 分子量: 23051.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FXK6 |
#32: タンパク質 | 分子量: 17826.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P48940 |
#33: タンパク質 | 分子量: 11598.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A0D1JTN2 |
#34: タンパク質 | 分子量: 13907.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW31 |
#35: タンパク質 | 分子量: 7246.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW19 |
#36: タンパク質 | 分子量: 10634.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2G2Q1 |
#37: タンパク質 | 分子量: 10253.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FZ45 |
#38: タンパク質 | 分子量: 9039.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FXY6 |
#40: タンパク質 | 分子量: 10639.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW10 |
#41: タンパク質 | 分子量: 13747.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW30 |
#42: タンパク質 | 分子量: 14856.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW39 |
#43: タンパク質 | 分子量: 17770.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW23 |
#44: タンパク質 | 分子量: 14854.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW20 |
#45: タンパク質 | 分子量: 9332.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2G111 |
#46: タンパク質 | 分子量: 11613.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2G113 |
#48: タンパク質 | 分子量: 15320.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P0A0H0 |
#49: タンパク質 | 分子量: 10196.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW15 |
#50: タンパク質 | 分子量: 29136.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FZ25 |
-非ポリマー , 4種, 157分子
#53: 化合物 | ChemComp-K / #54: 化合物 | ChemComp-MG / #55: 化合物 | ChemComp-ZN / #56: 化合物 | ChemComp-FME / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 70S ribosome from Staphylococcus aureusリボソーム タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#52 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 2.2 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -700 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 26.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: Gctf / カテゴリ: CTF補正 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 165872 |
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35129 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |