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万見
- PDB-7nf8: Ovine (b0,+AT-rBAT)2 hetero-tetramer, asymmetric unit, rigid-body... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nf8
タイトルOvine (b0,+AT-rBAT)2 hetero-tetramer, asymmetric unit, rigid-body fitted
要素
  • B(0,+)-type amino acid transporter 1
  • neutral and basic amino acid transport protein rBAT
キーワードTRANSLOCASE (輸送酵素) / Transporter (運搬体タンパク質) / Cystinuria / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan 1,4-alpha-maltotriohydrolase activity / oligo-1,6-glucosidase activity / maltose catabolic process / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / maltose alpha-glucosidase activity / amino acid transport / alpha-amylase activity / transmembrane transporter activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / Solute carrier family 7 member 9 / Glycosyl hydrolase family 13 catalytic domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Lee, Y. / Kuehlbrandt, W.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
Human Frontier Science Program (HFSP)
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Ca-mediated higher-order assembly of heterodimers in amino acid transport system b biogenesis and cystinuria.
著者: Yongchan Lee / Pattama Wiriyasermkul / Pornparn Kongpracha / Satomi Moriyama / Deryck J Mills / Werner Kühlbrandt / Shushi Nagamori /
要旨: Cystinuria is a genetic disorder characterized by overexcretion of dibasic amino acids and cystine, causing recurrent kidney stones and kidney failure. Mutations of the regulatory glycoprotein rBAT ...Cystinuria is a genetic disorder characterized by overexcretion of dibasic amino acids and cystine, causing recurrent kidney stones and kidney failure. Mutations of the regulatory glycoprotein rBAT and the amino acid transporter bAT, which constitute system b, are linked to type I and non-type I cystinuria respectively and they exhibit distinct phenotypes due to protein trafficking defects or catalytic inactivation. Here, using electron cryo-microscopy and biochemistry, we discover that Ca mediates higher-order assembly of system b. Ca stabilizes the interface between two rBAT molecules, leading to super-dimerization of bAT-rBAT, which in turn facilitates N-glycan maturation and protein trafficking. A cystinuria mutant T216M and mutations of the Ca site of rBAT cause the loss of higher-order assemblies, resulting in protein trapping at the ER and the loss of function. These results provide the molecular basis of system b biogenesis and type I cystinuria and serve as a guide to develop new therapeutic strategies against it. More broadly, our findings reveal an unprecedented link between transporter oligomeric assembly and protein-trafficking diseases.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Ca 2+ -mediated higher-order assembly of b 0,+ AT-rBAT is a key step for system b 0,+ biogenesis and cystinuria
著者: Lee, Y. / Wiriyasermkul, P. / Moriyama, S. / Mills, D.J. / Kuhlbrandt, W. / Nagamori, S.
履歴
登録2021年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12298
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12298
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: B(0,+)-type amino acid transporter 1
A: neutral and basic amino acid transport protein rBAT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,37912
ポリマ－135,0722
非ポリマー3,30710
水0
1
B: B(0,+)-type amino acid transporter 1
A: neutral and basic amino acid transport protein rBAT
ヘテロ分子

B: B(0,+)-type amino acid transporter 1
A: neutral and basic amino acid transport protein rBAT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,75924
ポリマ－270,1454
非ポリマー6,61420
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
Buried area6810 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area45800 Å2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 B(0,+)-type amino acid transporter 1


分子量: 56318.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: SLC7A9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6P3EL78
#2: タンパク質 neutral and basic amino acid transport protein rBAT


分子量: 78754.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: SLC3A1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6P7DVK7

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糖 , 2種, 6分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 4分子

#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-LBN / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / (2R)-2-[(9Z)-9-Octadecenoyloxy]-3-(palmitoyloxy)propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POホスファチジルコリン


分子量: 760.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: (b0,+AT-rBAT) hetero-tetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 270 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3689: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 581697 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0069055
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.71912322
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.9453295
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431395
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051521

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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