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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7naf | ||||||||||||
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タイトル | State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb1-MTD local model | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() 25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase / Noc1p-Noc2p complex / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Cruz, V.E. / Sekulski, K. / Peddada, N. / Erzberger, J.P. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Sequence-specific remodeling of a topologically complex RNP substrate by Spb4. 著者: Victor Emmanuel Cruz / Kamil Sekulski / Nagesh Peddada / Carolin Sailer / Sahana Balasubramanian / Christine S Weirich / Florian Stengel / Jan P Erzberger / ![]() ![]() ![]() 要旨: DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular ...DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular roles, most notably in driving large-scale RNA remodeling steps during the assembly of ribonucleoproteins (RNPs). We describe cryo-EM structures of 60S ribosomal biogenesis intermediates that reveal how context-specific RNA unwinding by the DEAD-box ATPase Spb4 results in extensive, sequence-specific remodeling of rRNA secondary structure. Multiple cis and trans interactions stabilize Spb4 in a post-catalytic, high-energy intermediate that drives the organization of the three-way junction at the base of rRNA domain IV. This mechanism explains how limited strand separation by DEAD-box ATPases is leveraged to provide non-equilibrium directionality and ensure efficient and accurate RNP assembly. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 450.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 337.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 24271MC ![]() 7nacC ![]() 7nadC ![]() 7r6kC ![]() 7r6qC ![]() 7r72C ![]() 7r7aC ![]() 7r7cC ![]() 7u0hC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 1
#1: RNA鎖 | 分子量: 121655.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 |
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-タンパク質 , 4種, 4分子 5uwy
#2: タンパク質 | 分子量: 13077.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 |
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#5: タンパク質 | ![]() 分子量: 7786.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 / 参照: UniProt: Q07915 |
#6: タンパク質 | 分子量: 45405.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 参照: UniProt: P25582, ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12522 |
-タンパク質・ペプチド , 4種, 4分子 8zsq
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4749.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 / 参照: UniProt: P39744 |
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#13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 646.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 / 参照: UniProt: P38202 |
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 977.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 / 参照: UniProt: P40010 |
#16: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3821.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 参照: UniProt: P40991, 25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase |
-60S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 VdUcB
#4: タンパク質 | ![]() 分子量: 14218.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX41 |
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#8: タンパク質 | ![]() 分子量: 7025.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 / 参照: UniProt: P0C2H8 |
#9: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 2350.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 |
#11: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 4390.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 |
#12: タンパク質 | ![]() 分子量: 42452.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 / 参照: UniProt: P14126 |
-60S ribosome ... , 2種, 2分子 bR
#7: タンパク質 | 分子量: 8783.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 / 参照: ![]() |
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#10: タンパク質 | 分子量: 7490.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: BY4741 |
-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#17: 化合物 | ChemComp-SAH / ![]() |
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#18: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4. タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 3.3 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.45 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.05 sec. / 電子線照射量: 1.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4523 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 825096 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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