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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n8h | ||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S (B.1.429 / epsilon variant) + S2M11 + S2L20 Global Refinement | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McCallum, M. / Veesler, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: SARS-CoV-2 immune evasion by the B.1.427/B.1.429 variant of concern. 著者: Matthew McCallum / Jessica Bassi / Anna De Marco / Alex Chen / Alexandra C Walls / Julia Di Iulio / M Alejandra Tortorici / Mary-Jane Navarro / Chiara Silacci-Fregni / Christian Saliba / ...著者: Matthew McCallum / Jessica Bassi / Anna De Marco / Alex Chen / Alexandra C Walls / Julia Di Iulio / M Alejandra Tortorici / Mary-Jane Navarro / Chiara Silacci-Fregni / Christian Saliba / Kaitlin R Sprouse / Maria Agostini / Dora Pinto / Katja Culap / Siro Bianchi / Stefano Jaconi / Elisabetta Cameroni / John E Bowen / Sasha W Tilles / Matteo Samuele Pizzuto / Sonja Bernasconi Guastalla / Giovanni Bona / Alessandra Franzetti Pellanda / Christian Garzoni / Wesley C Van Voorhis / Laura E Rosen / Gyorgy Snell / Amalio Telenti / Herbert W Virgin / Luca Piccoli / Davide Corti / David Veesler / ![]() ![]() 要旨: A novel variant of concern (VOC) named CAL.20C (B.1.427/B.1.429), which was originally detected in California, carries spike glycoprotein mutations S13I in the signal peptide, W152C in the N-terminal ...A novel variant of concern (VOC) named CAL.20C (B.1.427/B.1.429), which was originally detected in California, carries spike glycoprotein mutations S13I in the signal peptide, W152C in the N-terminal domain (NTD), and L452R in the receptor-binding domain (RBD). Plasma from individuals vaccinated with a Wuhan-1 isolate-based messenger RNA vaccine or from convalescent individuals exhibited neutralizing titers that were reduced 2- to 3.5-fold against the B.1.427/B.1.429 variant relative to wild-type pseudoviruses. The L452R mutation reduced neutralizing activity in 14 of 34 RBD-specific monoclonal antibodies (mAbs). The S13I and W152C mutations resulted in total loss of neutralization for 10 of 10 NTD-specific mAbs because the NTD antigenic supersite was remodeled by a shift of the signal peptide cleavage site and the formation of a new disulfide bond, as revealed by mass spectrometry and structural studies. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 817.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 663.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-抗体 , 4種, 12分子 DGLEHMBINCJO
#2: 抗体 | 分子量: 11208.458 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 13651.220 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: 抗体 | 分子量: 11699.961 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #5: 抗体 | 分子量: 13453.958 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 774分子 AFK![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 141484.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 / Variant: B.1.427/B.1.429 (epsilon) / 発現宿主: ![]() ![]() #9: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-糖 , 3種, 48分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#6: 多糖 | ![]() #7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ![]() #8: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 S (B.1.429 / epsilon variant) bound to S2M11 and S2L20 Fabs タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 8.5 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 63 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成![]() | 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 330083 / 対称性のタイプ: POINT |