+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n28 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of broadly neutralizing V2-apex-targeting antibody J033 in complex with HIV-1 Env | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, T. / Gao, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Development of Neutralization Breadth against Diverse HIV-1 by Increasing Ab-Ag Interface on V2. 著者: Nan Gao / Yanxin Gai / Lina Meng / Chu Wang / Wei Wang / Xiaojun Li / Tiejun Gu / Mark K Louder / Nicole A Doria-Rose / Kevin Wiehe / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Jason Gorman / Reda ...著者: Nan Gao / Yanxin Gai / Lina Meng / Chu Wang / Wei Wang / Xiaojun Li / Tiejun Gu / Mark K Louder / Nicole A Doria-Rose / Kevin Wiehe / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Jason Gorman / Reda Rawi / Wenmin Wu / Clayton Smith / Htet Khant / Natalia de Val / Bin Yu / Junhong Luo / Haitao Niu / Yaroslav Tsybovsky / Huaxin Liao / Thomas B Kepler / Peter D Kwong / John R Mascola / Chuan Qin / Tongqing Zhou / Xianghui Yu / Feng Gao / ![]() ![]() 要旨: Understanding maturation pathways of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against HIV-1 can be highly informative for HIV-1 vaccine development. A lineage of J038 bnAbs is now obtained from a long- ...Understanding maturation pathways of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against HIV-1 can be highly informative for HIV-1 vaccine development. A lineage of J038 bnAbs is now obtained from a long-term SHIV-infected macaque. J038 neutralizes 54% of global circulating HIV-1 strains. Its binding induces a unique "up" conformation for one of the V2 loops in the trimeric envelope glycoprotein and is heavily dependent on glycan, which provides nearly half of the binding surface. Their unmutated common ancestor neutralizes the autologous virus. Continuous maturation enhances neutralization potency and breadth of J038 lineage antibodies via expanding antibody-Env contact areas surrounding the core region contacted by germline-encoded residues. Developmental details and recognition features of J038 lineage antibodies revealed here provide a new pathway for elicitation and maturation of V2-targeting bnAbs. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 646.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 546.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 24128MC ![]() 7mxdC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 6分子 AFGMBN
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 54234.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 19174.828 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-抗体 , 4種, 8分子 CJSDKUXY
#2: 抗体 | 分子量: 24656.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 23022.658 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: 抗体 | | 分子量: 24473.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #5: 抗体 | | 分子量: 23267.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-糖 , 10種, 75分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/MAN.gif)
![](data/chem/img/MAN.gif)
#7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ![]() #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ![]() #9: 多糖 | ![]() #10: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ![]() #11: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ![]() #12: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ![]() #13: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ![]() #14: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ![]() #15: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() #17: 糖 | ![]() |
---|
-非ポリマー , 1種, 3分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
#16: 化合物 | ![]() |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: A complex of HIV-1 Env with antibodies 3BNC117 and J033 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 383584 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|