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万見
- PDB-7kui: Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kui
タイトルCryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex (CSC) with HIV-1 integrase strand transfer inhibitor MK-2048. CIC region of a cluster identified by 3-dimensional variability analysis in cryoSPARC.
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
  • Integraseインテグラーゼ
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / intasome / integrase-viral DNA complex / HYDROLASE-DNA-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral ...Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZZX / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Pandey, K.K. / Bera, S. / Shi, K. / Aihara, H. / Grandgenett, D.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127196 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the Rous sarcoma virus octameric cleaved synaptic complex intasome.
著者: Krishan K Pandey / Sibes Bera / Ke Shi / Michael J Rau / Amarachi V Oleru / James A J Fitzpatrick / Alan N Engelman / Hideki Aihara / Duane P Grandgenett /
要旨: Despite conserved catalytic integration mechanisms, retroviral intasomes composed of integrase (IN) and viral DNA possess diverse structures with variable numbers of IN subunits. To investigate ...Despite conserved catalytic integration mechanisms, retroviral intasomes composed of integrase (IN) and viral DNA possess diverse structures with variable numbers of IN subunits. To investigate intasome assembly mechanisms, we employed the Rous sarcoma virus (RSV) IN dimer that assembles a precursor tetrameric structure in transit to the mature octameric intasome. We determined the structure of RSV octameric intasome stabilized by a HIV-1 IN strand transfer inhibitor using single particle cryo-electron microscopy. The structure revealed significant flexibility of the two non-catalytic distal IN dimers along with previously unrecognized movement of the conserved intasome core, suggesting ordered conformational transitions between intermediates that may be important to capture the target DNA. Single amino acid substitutions within the IN C-terminal domain affected intasome assembly and function in vitro and infectivity of pseudotyped RSV virions. Unexpectedly, 17 C-terminal amino acids of IN were dispensable for virus infection despite regulating the transition of the tetrameric intasome to the octameric form in vitro. We speculate that this region may regulate the binding of highly flexible distal IN dimers to the intasome core to form the octameric complex. Our studies reveal key steps in the assembly of RSV intasomes.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23035
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: Integrase
D: Integrase
E: Integrase
F: Integrase
G: Integrase
H: Integrase
I: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
K: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,30716
ポリマ－268,25212
非ポリマー1,0554
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Size of the complex confirmed by gel filtration, SEC-MALS. Assembly confirmed by FRET.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Integrase / インテグラーゼ


分子量: 30926.582 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rous sarcoma virus (strain Schmidt-Ruppin A) (ラウス肉腫ウイルス)
株: Schmidt-Ruppin A / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: P03354, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 5520.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Rous sarcoma virus (strain Schmidt-Ruppin A) (ラウス肉腫ウイルス)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 4899.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Rous sarcoma virus (strain Schmidt-Ruppin A) (ラウス肉腫ウイルス)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ZZX / (6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-N,6-dimethyl-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-4-carboxamide / MK-2048


分子量: 461.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21ClFN5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CIC region of a cluster identified by 3-dimensional variability analysis in cryoSPARC of a cleaved synaptic complex (CSC) formed with Rous sarcoma virus integrase and viral DNA in presence of ...名称: CIC region of a cluster identified by 3-dimensional variability analysis in cryoSPARC of a cleaved synaptic complex (CSC) formed with Rous sarcoma virus integrase and viral DNA in presence of HIV-1 integrase strand inhibitor MK-2048
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Rous sarcoma virus (strain Schmidt-Ruppin A) (ラウス肉腫ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: pLysS
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / Cs: 0.01 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 66 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 5187
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc5_4047: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
7PHENIXモデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1811357
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64449
詳細: Refined map is for one cluster identified by 3-dimensional variability analysis done in cryoSPARC. The model represents the CIC region.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 30 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 7KU7

7ku7


Accession code: 7KU7 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00611034
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.12115282
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.1491939
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461672
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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