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万見
- PDB-7elh: In situ structure of transcriptional enzyme complex and capsid sh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7elh
タイトルIn situ structure of transcriptional enzyme complex and capsid shell protein of mammalian reovirus at initiation state
要素
  • (Lambda 1Λ) x 2
  • Minor core protein mu2
  • RNA (60-MER)
  • RNA-directed RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
  • transcript RNA
キーワードVIRAL PROTEIN/TRANSFERASE/RNA (ウイルス性) / asymmetric / mu2 / lambda3 / lambda1 / VIRUS (ウイルス) / VIRAL PROTEIN-TRANSFERASE-RNA complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral inner capsid / host cytoskeleton / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / カプシド / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Reovirus minor core protein, Mu-2 / Reovirus minor core protein Mu-2 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA依存性RNAポリメラーゼ / Lambda 1 / Minor core protein mu2
類似検索 - 構成要素
生物種Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhou, Z.H. / Pan, M.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1S10RR23057 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Asymmetric reconstruction of mammalian reovirus reveals interactions among RNA, transcriptional factor µ2 and capsid proteins.
著者: Muchen Pan / Ana L Alvarez-Cabrera / Joon S Kang / Lihua Wang / Chunhai Fan / Z Hong Zhou /
要旨: Mammalian reovirus (MRV) is the prototypical member of genus Orthoreovirus of family Reoviridae. However, lacking high-resolution structures of its RNA polymerase cofactor μ2 and infectious ...Mammalian reovirus (MRV) is the prototypical member of genus Orthoreovirus of family Reoviridae. However, lacking high-resolution structures of its RNA polymerase cofactor μ2 and infectious particle, limits understanding of molecular interactions among proteins and RNA, and their contributions to virion assembly and RNA transcription. Here, we report the 3.3 Å-resolution asymmetric reconstruction of transcribing MRV and in situ atomic models of its capsid proteins, the asymmetrically attached RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) λ3, and RdRp-bound nucleoside triphosphatase μ2 with a unique RNA-binding domain. We reveal molecular interactions among virion proteins and genomic and messenger RNA. Polymerase complexes in three Spinoreovirinae subfamily members are organized with different pseudo-D symmetries to engage their highly diversified genomes. The above interactions and those between symmetry-mismatched receptor-binding σ1 trimers and RNA-capping λ2 pentamers balance competing needs of capsid assembly, external protein removal, and allosteric triggering of endogenous RNA transcription, before, during and after infection, respectively.
履歴
登録2021年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-31183
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31183
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minor core protein mu2
B: RNA-directed RNA polymerase
C: transcript RNA
D: Lambda 1
e: Lambda 1
E: Lambda 1
F: Lambda 1
g: Lambda 1
G: Lambda 1
H: Lambda 1
i: Lambda 1
I: Lambda 1
J: Lambda 1
k: Lambda 1
K: Lambda 1
L: Lambda 1
m: Lambda 1
M: Lambda 1
N: RNA (60-MER)
O: RNA (60-MER)
P: RNA (60-MER)
Q: RNA (60-MER)
R: RNA (60-MER)
S: RNA (60-MER)
T: RNA (60-MER)
U: RNA (60-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,703,26127
ポリマ－1,703,16626
非ポリマー951
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 17分子 ABDEFGHIJKLMegikm

#1: タンパク質 Minor core protein mu2 / Mu 2 / Mu2


分子量: 83331.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q6EDZ8
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase / RNA依存性RNAポリメラーゼ


分子量: 142449.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
参照: UniProt: A0A0B5CSU4, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#4: タンパク質
Lambda 1 / Λ / Lambda1


分子量: 122842.859 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: F1ARN3
#5: タンパク質
Lambda 1 / Λ / Lambda1


分子量: 19112.762 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: F1ARN3

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RNA鎖 , 2種, 9分子 CNOPQRSTU

#3: RNA鎖 transcript RNA


分子量: 1263.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
#6: RNA鎖
RNA (60-MER)


分子量: 19016.188 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)

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非ポリマー , 1種, 1分子

#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#3, #6 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102966 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.3 Å
詳細: The distance between Residue H HIS 230 and Residue H ASN 241 is 48.65 Angstrom. Authors state that the map density of this large gaps is poor. For now the large gap could not be explained. ...詳細: The distance between Residue H HIS 230 and Residue H ASN 241 is 48.65 Angstrom. Authors state that the map density of this large gaps is poor. For now the large gap could not be explained. Maybe there could have been some broken points in the large gap, but no evidence has been found. However, they could make sure that the solved coordinates are correct. The cryo-EM and the X-ray (PDB-1EJ6) results could support each other.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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