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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zk9 | |||||||||
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タイトル | Peripheral domain of open complex I during turnover | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() respiratory chain complex I / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kampjut, D. / Sazanov, L.A. | |||||||||
資金援助 | European Union, 2件
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![]() | ![]() タイトル: The coupling mechanism of mammalian respiratory complex I. 著者: Domen Kampjut / Leonid A Sazanov / ![]() 要旨: Mitochondrial complex I couples NADH:ubiquinone oxidoreduction to proton pumping by an unknown mechanism. Here, we present cryo-electron microscopy structures of ovine complex I in five different ...Mitochondrial complex I couples NADH:ubiquinone oxidoreduction to proton pumping by an unknown mechanism. Here, we present cryo-electron microscopy structures of ovine complex I in five different conditions, including turnover, at resolutions up to 2.3 to 2.5 angstroms. Resolved water molecules allowed us to experimentally define the proton translocation pathways. Quinone binds at three positions along the quinone cavity, as does the inhibitor rotenone that also binds within subunit ND4. Dramatic conformational changes around the quinone cavity couple the redox reaction to proton translocation during open-to-closed state transitions of the enzyme. In the induced deactive state, the open conformation is arrested by the ND6 subunit. We propose a detailed molecular coupling mechanism of complex I, which is an unexpected combination of conformational changes and electrostatic interactions. | |||||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 775.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 619.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 11241MC ![]() 6zkaC ![]() 6zkbC ![]() 6zkcC ![]() 6zkdC ![]() 6zkeC ![]() 6zkfC ![]() 6zkgC ![]() 6zkhC ![]() 6zkiC ![]() 6zkjC ![]() 6zkkC ![]() 6zklC ![]() 6zkmC ![]() 6zknC ![]() 6zkoC ![]() 6zkpC ![]() 6zkqC ![]() 6zkrC ![]() 6zksC ![]() 6zktC ![]() 6zkuC ![]() 6zkvC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] ... , 4種, 4分子 1cei
#1: タンパク質 | 分子量: 50687.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: W5PUX0, ![]() ![]() |
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#10: タンパク質 | 分子量: 19381.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 11097.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 17115.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-Mitochondrial complex I, ... , 9種, 9分子 2469abfhq
#2: タンパク質 | 分子量: 27373.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 52661.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 24622.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 24496.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 11916.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 13457.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 13287.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 12701.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 16766.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit ... , 2種, 2分子 35
#3: タンパク質 | 分子量: 79519.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 30384.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 2分子 dg
#11: タンパク質 | ![]() 分子量: 43025.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#14: タンパク質 | ![]() 分子量: 16302.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 j
#17: タンパク質 | ![]() 分子量: 17608.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 12種, 1491分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/NAI.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/PC1.gif)
![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/ZMP.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/NAI.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/PC1.gif)
![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/ZMP.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#19: 化合物 | ChemComp-SF4 / ![]() #20: 化合物 | ChemComp-FMN / | ![]() #21: 化合物 | ChemComp-NAI / | ![]() #22: 化合物 | ![]() #23: 化合物 | ChemComp-K / | #24: 化合物 | ![]() #25: 化合物 | ![]() #26: 化合物 | ChemComp-ZN / | #27: 化合物 | ChemComp-NDP / | ![]() #28: 化合物 | ChemComp-ZMP / | #29: 化合物 | ChemComp-CDL / | ![]() #30: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Peripheral domain of open complex I during turnover / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
撮影 | 電子線照射量: 100 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 315484 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 38 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5LNK | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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