+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xu6 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Drosophila melanogaster Testis 80S ribosome | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Activation of the IkappaB kinase complex, KEY:IRD5 dimer:KEY / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Regulation of TNFR1 signaling / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER ...APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Activation of the IkappaB kinase complex, KEY:IRD5 dimer:KEY / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Regulation of TNFR1 signaling / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Regulation of TP53 Degradation / Cyclin D associated events in G1 / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hopes, T. / Agapiou, M. / Norris, K. / McCarthy, C.G.P. / OConnell, M.J. / Fontana, J. / Aspden, J.L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Ribosome heterogeneity in Drosophila melanogaster gonads through paralog-switching. 著者: Tayah Hopes / Karl Norris / Michaela Agapiou / Charley G P McCarthy / Philip A Lewis / Mary J O'Connell / Juan Fontana / Julie L Aspden / ![]() 要旨: Ribosomes have long been thought of as homogeneous macromolecular machines, but recent evidence suggests they are heterogeneous and could be specialised to regulate translation. Here, we have ...Ribosomes have long been thought of as homogeneous macromolecular machines, but recent evidence suggests they are heterogeneous and could be specialised to regulate translation. Here, we have characterised ribosomal protein heterogeneity across 4 tissues of Drosophila melanogaster. We find that testes and ovaries contain the most heterogeneous ribosome populations, which occurs through a combination of paralog-enrichment and paralog-switching. We have solved structures of ribosomes purified from in vivo tissues by cryo-EM, revealing differences in precise ribosomal arrangement for testis and ovary 80S ribosomes. Differences in the amino acid composition of paralog pairs and their localisation on the ribosome exterior indicate paralog-switching could alter the ribosome surface, enabling different proteins to regulate translation. One testis-specific paralog-switching pair is also found in humans, suggesting this is a conserved site of ribosome heterogeneity. Overall, this work allows us to propose that mRNA translation might be regulated in the gonads through ribosome heterogeneity, providing a potential means of ribosome specialisation. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 4.9 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
+40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 AAABACAUAXAMAdANALARAVAYAZAaAbADAeAJAEAGAHAIAQAKATAFAOAcAWAS
+60S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 CACBCCCaCNCICDCQCRCSCPCZCrCbCeCiCkClCnCpCJCHCGCzCOCLCVCMCWCFCd
-タンパク質 , 14種, 14分子 AgAPAfCTCXCYChCcCfCmCoDACgCj
#7: タンパク質 | 分子量: 35661.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O18640 |
---|---|
#15: タンパク質 | 分子量: 14504.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7JZW2 |
#23: タンパク質 | 分子量: 9421.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P15357 |
#32: タンパク質 | 分子量: 18388.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9V9M7 |
#34: タンパク質 | 分子量: 13981.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A1A6X4 |
#35: タンパク質 | 分子量: 15337.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9VVU2 |
#38: タンパク質 | 分子量: 14491.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9W499 |
#40: タンパク質 | 分子量: 11035.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9VJ19 |
#42: タンパク質 | 分子量: 17701.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9VNB9 |
#46: タンパク質 | 分子量: 6200.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P18101 |
#49: タンパク質 | 分子量: 12540.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: C5WLN8 |
#69: タンパク質 | 分子量: 41409.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9VQI5 |
#77: タンパク質 | 分子量: 12095.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9VHE5 |
#79: タンパク質 | 分子量: 9978.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9W1U6 |
-Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 CECU
#52: タンパク質 | ![]() 分子量: 26179.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9V9W2 |
---|---|
#78: タンパク質 | ![]() 分子量: 11525.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: E2JE76 |
-RNA鎖 , 5種, 5分子 A9A7A8B2A5
#54: RNA鎖 | ![]() 分子量: 9665.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: ![]() |
---|---|
#55: RNA鎖 | ![]() 分子量: 38627.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: ![]() |
#56: RNA鎖 | ![]() 分子量: 39616.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: ![]() |
#58: RNA鎖 | ![]() 分子量: 641830.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: ![]() |
#59: RNA鎖 | ![]() 分子量: 1278930.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Drosophila melanogaster testis 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-
解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
---|---|
対称性 | 点対称性![]() |
3次元再構成![]() | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46878 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
原子モデル構築 | PDB-ID: 4V6W |