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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xn4 | ||||||
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タイトル | Structure of the Lactococcus lactis Csm CTR_3:2 CRISPR-Cas Complex | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Type III-A CRISPR-Cas / Csm / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rai, J. / Sridhara, S. / Li, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and biochemical characterization of in vivo assembled Lactococcus lactis CRISPR-Csm complex. 著者: Sagar Sridhara / Jay Rai / Charlisa Whyms / Hemant Goswami / Huan He / Walter Woodside / Michael P Terns / Hong Li / ![]() ![]() 要旨: The small RNA-mediated immunity in bacteria depends on foreign RNA-activated and self RNA-inhibited enzymatic activities. The multi-subunit Type III-A CRISPR-Cas effector complex (Csm) exemplifies ...The small RNA-mediated immunity in bacteria depends on foreign RNA-activated and self RNA-inhibited enzymatic activities. The multi-subunit Type III-A CRISPR-Cas effector complex (Csm) exemplifies this principle and is in addition regulated by cellular metabolites such as divalent metals and ATP. Recognition of the foreign or cognate target RNA (CTR) triggers its single-stranded deoxyribonuclease (DNase) and cyclic oligoadenylate (cOA) synthesis activities. The same activities remain dormant in the presence of the self or non-cognate target RNA (NTR) that differs from CTR only in its 3'-protospacer flanking sequence (3'-PFS). Here we employ electron cryomicroscopy (cryoEM), functional assays, and comparative cross-linking to study in vivo assembled mesophilic Lactococcus lactis Csm (LlCsm) at the three functional states: apo, the CTR- and the NTR-bound. Unlike previously studied Csm complexes, we observed binding of 3'-PFS to Csm in absence of bound ATP and analyzed the structures of the four RNA cleavage sites. Interestingly, comparative crosslinking results indicate a tightening of the Csm3-Csm4 interface as a result of CTR but not NTR binding, reflecting a possible role of protein dynamics change during activation. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 423.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 352.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-CRISPR-associated protein ... , 5種, 8分子 BFHGCDAJ
#1: タンパク質 | 分子量: 33844.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: csm4 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 23825.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: csm3 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 15796.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: csm2 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #6: タンパク質 | | 分子量: 87132.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: cas10 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #7: タンパク質 | | 分子量: 40492.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: csm5 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 RT
#3: RNA鎖 | ![]() 分子量: 11133.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#5: RNA鎖 | 分子量: 9678.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas CTR_3:2 Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER / Cs![]() |
撮影 | 電子線照射量: 60.14 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 62413 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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