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- PDB-6sd5: Structure of the RBM2 inner ring of Salmonella flagella MS-ring p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sd5
タイトルStructure of the RBM2 inner ring of Salmonella flagella MS-ring protein FliF with 22-fold symmetry applied
要素Flagellar M-ring protein
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Flagella (鞭毛) / Secretion (分泌) / Rotor / MS-ring / C-ring (土星の環)
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, MS ring / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Flagellar M-ring protein FliF / Flagellar M-ring C-terminal / Flagellar M-ring protein C-terminal / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar M-ring protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Johnson, S. / Fong, Y.H. / Deme, J.C. / Furlong, E.J. / Kuhlen, L. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)M011984 英国
Wellcome Trust209194 英国
Wellcome Trust201536 英国
Wolfson FoundationWL160052 英国
Wellcome Trust109136 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Symmetry mismatch in the MS-ring of the bacterial flagellar rotor explains the structural coordination of secretion and rotation.
著者: Steven Johnson / Yu Hang Fong / Justin C Deme / Emily J Furlong / Lucas Kuhlen / Susan M Lea /
要旨: The bacterial flagellum is a complex self-assembling nanomachine that confers motility to the cell. Despite great variation across species, all flagella are ultimately constructed from a helical ...The bacterial flagellum is a complex self-assembling nanomachine that confers motility to the cell. Despite great variation across species, all flagella are ultimately constructed from a helical propeller that is attached to a motor embedded in the inner membrane. The motor consists of a series of stator units surrounding a central rotor made up of two ring complexes, the MS-ring and the C-ring. Despite many studies, high-resolution structural information is still lacking for the MS-ring of the rotor, and proposed mismatches in stoichiometry between the two rings have long provided a source of confusion for the field. Here, we present structures of the Salmonella MS-ring, revealing a high level of variation in inter- and intrachain symmetry that provides a structural explanation for the ability of the MS-ring to function as a complex and elegant interface between the two main functions of the flagellum-protein secretion and rotation.
履歴
登録2019年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10149
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar M-ring protein
C: Flagellar M-ring protein
D: Flagellar M-ring protein
F: Flagellar M-ring protein
G: Flagellar M-ring protein
I: Flagellar M-ring protein
J: Flagellar M-ring protein
L: Flagellar M-ring protein
M: Flagellar M-ring protein
O: Flagellar M-ring protein
P: Flagellar M-ring protein
R: Flagellar M-ring protein
T: Flagellar M-ring protein
U: Flagellar M-ring protein
W: Flagellar M-ring protein
X: Flagellar M-ring protein
Z: Flagellar M-ring protein
a: Flagellar M-ring protein
c: Flagellar M-ring protein
d: Flagellar M-ring protein
f: Flagellar M-ring protein
g: Flagellar M-ring protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,348,50422
ポリマ－1,348,50422
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area37170 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area82620 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ...
Flagellar M-ring protein


分子量: 61295.645 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: fliF, fla AII.1, fla BI, STM1969 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15928

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homomeric 34mer of Salmonella enterica serovar Typhimurium FliF - 22fold symmetric RBM2inner ring
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 2.08 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.15.2-3472モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C22 (22回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87107 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6SCN

6scn


PDB chain-ID: A / Accession code: 6SCN / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006314410
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61719646
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04142442
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00312574
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.38468800

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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