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- PDB-6qdw: Cryo-EM structure of the 50S ribosomal subunit at 2.83 Angstroms ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qdw
タイトルCryo-EM structure of the 50S ribosomal subunit at 2.83 Angstroms with modeled GBC SecM peptide
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • Gamma-crystallin BCRYGB
  • glycine-tRNA glyT
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Translation (翻訳) / 50S ribosome / Nascent peptide chain
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / 視覚 / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / response to reactive oxygen species / cytosolic ribosome assembly / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L25; Chain P / Beta/Gamma crystallin / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins ...Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L25; Chain P / Beta/Gamma crystallin / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Ribosomal Protein L25; Chain P / Gamma-crystallin-like / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Rubrerythrin, domain 2 / RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal protein L25, short-form / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL27 ...: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Gamma-crystallin B / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Schulte, L. / Reitz, J. / Hodirnau, V.V. / Kudlinzki, D. / Mao, J. / Glaubitz, C. / Frangakis, A. / Schwalbe, H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cysteine oxidation and disulfide formation in the ribosomal exit tunnel.
著者: Linda Schulte / Jiafei Mao / Julian Reitz / Sridhar Sreeramulu / Denis Kudlinzki / Victor-Valentin Hodirnau / Jakob Meier-Credo / Krishna Saxena / Florian Buhr / Julian D Langer / Martin ...著者: Linda Schulte / Jiafei Mao / Julian Reitz / Sridhar Sreeramulu / Denis Kudlinzki / Victor-Valentin Hodirnau / Jakob Meier-Credo / Krishna Saxena / Florian Buhr / Julian D Langer / Martin Blackledge / Achilleas S Frangakis / Clemens Glaubitz / Harald Schwalbe /
要旨: Understanding the conformational sampling of translation-arrested ribosome nascent chain complexes is key to understand co-translational folding. Up to now, coupling of cysteine oxidation, disulfide ...Understanding the conformational sampling of translation-arrested ribosome nascent chain complexes is key to understand co-translational folding. Up to now, coupling of cysteine oxidation, disulfide bond formation and structure formation in nascent chains has remained elusive. Here, we investigate the eye-lens protein γB-crystallin in the ribosomal exit tunnel. Using mass spectrometry, theoretical simulations, dynamic nuclear polarization-enhanced solid-state nuclear magnetic resonance and cryo-electron microscopy, we show that thiol groups of cysteine residues undergo S-glutathionylation and S-nitrosylation and form non-native disulfide bonds. Thus, covalent modification chemistry occurs already prior to nascent chain release as the ribosome exit tunnel provides sufficient space even for disulfide bond formation which can guide protein folding.
履歴
登録2019年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4531
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L28
1: 50S ribosomal protein L29
2: 50S ribosomal protein L30
3: 50S ribosomal protein L32
4: 50S ribosomal protein L33
6: 50S ribosomal protein L34
7: 50S ribosomal protein L35
8: 50S ribosomal protein L36
a: 5S rRNA
b: 23S rRNA
c: 50S ribosomal protein L2
d: 50S ribosomal protein L3
e: 50S ribosomal protein L4
f: 50S ribosomal protein L5
g: 50S ribosomal protein L6
h: 50S ribosomal protein L9
j: 50S ribosomal protein L13
k: 50S ribosomal protein L14
l: 50S ribosomal protein L15
m: 50S ribosomal protein L16
n: 50S ribosomal protein L17
o: 50S ribosomal protein L18
p: 50S ribosomal protein L19
q: 50S ribosomal protein L20
r: 50S ribosomal protein L21
s: 50S ribosomal protein L22
t: 50S ribosomal protein L23
u: 50S ribosomal protein L24
v: glycine-tRNA glyT
w: 50S ribosomal protein L25
y: 50S ribosomal protein L27
z: Gamma-crystallin B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,374,47232
ポリマ－1,374,47232
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area154880 Å2
ΔGint-1328 kcal/mol
Surface area479240 Å2
手法PISA

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 01234678cdefghjklmnopqrstuwy

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: SRVCQVTGK RPVTGNNRSH ALNATKRRFL PNLHSHRFWV ESEKRFVTLRVSAKGMRVID KKGIDTVLAE LRARGEKY
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N3L9, UniProt: P0A7M2*PLUS
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N7F5, UniProt: P0A7M6*PLUS
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N7G4, UniProt: P0AG51*PLUS
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140NAZ2, UniProt: P0A7N4*PLUS
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N5Z7, UniProt: P0A7N9*PLUS
#6: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140NHV0, UniProt: P0A7P5*PLUS
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N9E3, UniProt: P0A7Q1*PLUS
#8: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N5M6, UniProt: P0A7Q6*PLUS
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N7J1, UniProt: P60422*PLUS
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N3G7, UniProt: P60438*PLUS
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N5K8, UniProt: P60723*PLUS
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N5A3, UniProt: P62399*PLUS
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N2T1, UniProt: P0AG55*PLUS
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140NDV1, UniProt: P0A7R1*PLUS
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N598, UniProt: P0AA10*PLUS
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: Delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N3H4, UniProt: P0ADY3*PLUS
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 14994.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N711, UniProt: P02413*PLUS
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N6Z2, UniProt: P0ADY7*PLUS
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N4M0, UniProt: P0AG44*PLUS
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N4L0, UniProt: P0C018*PLUS
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N6T7, UniProt: P0A7K6*PLUS
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140NBS1, UniProt: P0A7L3*PLUS
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N5D7, UniProt: P0AG48*PLUS
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N2S3, UniProt: P61175*PLUS
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: C6EGE8
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N5L7, UniProt: P60624*PLUS
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L25 /


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N846, UniProt: P68919*PLUS
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: A0A140N340, UniProt: P0A7L8*PLUS

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 abv

#9: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 参照: GenBank: 1706539273
#10: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 942342.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant: delta tig / 参照: GenBank: 296142109
#29: RNA鎖 glycine-tRNA glyT


分子量: 23935.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
Variant: delta tig / 参照: GenBank: 1730024484

-
タンパク質 , 1種, 1分子 z

#32: タンパク質 Gamma-crystallin B / CRYGB / Gamma-B-crystallin / Gamma-crystallin II


分子量: 7157.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CRYGB / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): delta tig / 参照: UniProt: P02526

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
150S ribosomal + GBC SecM peptide complexRIBOSOMEall0MULTIPLE SOURCES
2GBC SecM peptideCOMPLEX#321RECOMBINANT
350 ribosomal subunitRIBOSOME#1-#311NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Bos taurus (ウシ)9913
33Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: Tico Buffer
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHEPESC8H18N2O4S1
230 mMAmmonium chlorideNH4CL1
312 mMMagnesium ChlorideMgCl21
41 mMEthylenediaminetetraacetic acid (EDTA)C10H16N2O81
試料濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1.66 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum SE
画像スキャン動画フレーム数/画像: 36

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3318: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
7Cootモデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 196254 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3JBU

3jbu

拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01398979
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.098148813
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.69252269
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06219154
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0077378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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