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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ois | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Arabidopsis DR complex (DMS3-RDM1) | |||||||||
要素 |
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キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / SMC-hinge / Coiled-coil (コイルドコイル) / SNF2 / RNA-directed DNA methylation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / RNA polymerase V complex / : / : / siRNA processing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / : / protein homodimerization activity / DNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Wongpalee, S.P. / Liu, S. / Zhou, Z.H. / Jacobsen, S.E. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: CryoEM structures of Arabidopsis DDR complexes involved in RNA-directed DNA methylation. 著者: Somsakul Pop Wongpalee / Shiheng Liu / Javier Gallego-Bartolomé / Alexander Leitner / Ruedi Aebersold / Wanlu Liu / Linda Yen / Maria A Nohales / Peggy Hsuanyu Kuo / Ajay A Vashisht / James ...著者: Somsakul Pop Wongpalee / Shiheng Liu / Javier Gallego-Bartolomé / Alexander Leitner / Ruedi Aebersold / Wanlu Liu / Linda Yen / Maria A Nohales / Peggy Hsuanyu Kuo / Ajay A Vashisht / James A Wohlschlegel / Suhua Feng / Steve A Kay / Z Hong Zhou / Steven E Jacobsen / 要旨: Transcription by RNA polymerase V (Pol V) in plants is required for RNA-directed DNA methylation, leading to transcriptional gene silencing. Global chromatin association of Pol V requires components ...Transcription by RNA polymerase V (Pol V) in plants is required for RNA-directed DNA methylation, leading to transcriptional gene silencing. Global chromatin association of Pol V requires components of the DDR complex DRD1, DMS3 and RDM1, but the assembly process of this complex and the underlying mechanism for Pol V recruitment remain unknown. Here we show that all DDR complex components co-localize with Pol V, and we report the cryoEM structures of two complexes associated with Pol V recruitment-DR (DMS3-RDM1) and DDR' (DMS3-RDM1-DRD1 peptide), at 3.6 Å and 3.5 Å resolution, respectively. RDM1 dimerization at the center frames the assembly of the entire complex and mediates interactions between DMS3 and DRD1 with a stoichiometry of 1 DRD1:4 DMS3:2 RDM1. DRD1 binding to the DR complex induces a drastic movement of a DMS3 coiled-coil helix bundle. We hypothesize that both complexes are functional intermediates that mediate Pol V recruitment. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ois.cif.gz | 251 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ois.ent.gz | 198.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ois.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6ois ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6ois | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20072.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: RDM1, At3g22680, MWI23.5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LUJ3 #2: タンパク質 | 分子量: 49821.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: DMS3, IDN1, At3g49250, F2K15.110 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q94A79 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: DR complex of DMS3 with RDM1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 52.4 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 314414 / 対称性のタイプ: POINT |