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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o0y | ||||||||||||
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タイトル | Conformational states of Cas9-sgRNA-DNA ternary complex in the presence of magnesium | ||||||||||||
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![]() | HYDROLASE/RNA/DNA / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Zhu, X. / Clarke, R. / Puppala, A.K. / Chittori, S. / Merk, A. / Merrill, B.J. / Simonovic, M. / Subramaniam, S. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures reveal coordinated domain motions that govern DNA cleavage by Cas9. 著者: Xing Zhu / Ryan Clarke / Anupama K Puppala / Sagar Chittori / Alan Merk / Bradley J Merrill / Miljan Simonović / Sriram Subramaniam / ![]() ![]() 要旨: The RNA-guided Cas9 endonuclease from Streptococcus pyogenes is a single-turnover enzyme that displays a stable product state after double-stranded-DNA cleavage. Here, we present cryo-EM structures ...The RNA-guided Cas9 endonuclease from Streptococcus pyogenes is a single-turnover enzyme that displays a stable product state after double-stranded-DNA cleavage. Here, we present cryo-EM structures of precatalytic, postcatalytic and product states of the active Cas9-sgRNA-DNA complex in the presence of Mg. In the precatalytic state, Cas9 adopts the 'checkpoint' conformation with the HNH nuclease domain positioned far away from the DNA. Transition to the postcatalytic state involves a dramatic ~34-Å swing of the HNH domain and disorder of the REC2 recognition domain. The postcatalytic state captures the cleaved substrate bound to the catalytically competent HNH active site. In the product state, the HNH domain is disordered, REC2 returns to the precatalytic conformation, and additional interactions of REC3 and RuvC with nucleic acids are formed. The coupled domain motions and interactions between the enzyme and the RNA-DNA hybrid provide new insights into the mechanism of genome editing by Cas9. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 290.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 214.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 158986.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: cas9, csn1, SPy_1046 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q99ZW2, ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 33059.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 3936.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 12452.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#5: DNA鎖 | 分子量: 8194.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cas9-sgRNA-DNA ternary complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結![]() | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 73 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 |
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CTF補正![]() | タイプ: NONE |
対称性 | 点対称性![]() |
3次元再構成![]() | 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27433 / 対称性のタイプ: POINT |