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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nu3 | ||||||
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タイトル | Structural insights into unique features of the human mitochondrial ribosome recycling | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / mitochondrial ribosome recycling Factor / mtRRF / 55S | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation ...mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / positive regulation of mitochondrial translation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / Mitochondrial protein degradation / anatomical structure morphogenesis / 転写後修飾 / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / apoptotic signaling pathway / 核小体 / ribosomal small subunit assembly / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / 細胞結合 / regulation of translation / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / endonuclease activity / 核膜 / cell population proliferation / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / ミトコンドリア内膜 / tRNA binding / negative regulation of translation / nuclear body / rRNA binding / リボソーム / ミトコンドリアマトリックス / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / 細胞周期 / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / nucleotide binding / mRNA binding / apoptotic process / シナプス / 核小体 / GTP binding / ミトコンドリア / extracellular space / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||
データ登録者 | Sharma, M.R. / Koripella, R.K. / Agrawal, R.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Structural insights into unique features of the human mitochondrial ribosome recycling. 著者: Ravi K Koripella / Manjuli R Sharma / Paul Risteff / Pooja Keshavan / Rajendra K Agrawal / 要旨: Mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are responsible for synthesizing proteins that are essential for oxidative phosphorylation (ATP generation). Despite their common ancestry with ...Mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are responsible for synthesizing proteins that are essential for oxidative phosphorylation (ATP generation). Despite their common ancestry with bacteria, the composition and structure of the human mitoribosome and its translational factors are significantly different from those of their bacterial counterparts. The mammalian mitoribosome recycling factor (RRF) carries a mito-specific N terminus extension (NTE), which is necessary for the function of RRF Here we present a 3.9-Å resolution cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure of the human 55S mitoribosome-RRF complex, which reveals α-helix and loop structures for the NTE that makes multiple mito-specific interactions with functionally critical regions of the mitoribosome. These include ribosomal RNA segments that constitute the peptidyl transferase center (PTC) and those that connect PTC with the GTPase-associated center and with mitoribosomal proteins L16 and L27. Our structure reveals the presence of a tRNA in the pe/E position and a rotation of the small mitoribosomal subunit on RRF binding. In addition, we observe an interaction between the pe/E tRNA and a mito-specific protein, mL64. These findings help understand the unique features of mitoribosome recycling. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nu3.cif.gz | 6.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nu3.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6nu3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/6nu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/6nu3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 ABuAA
#1: RNA鎖 | 分子量: 472442.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 17955.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#54: RNA鎖 | 分子量: 589.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#55: RNA鎖 | 分子量: 296318.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
+39S ribosomal protein ... , 46種, 46分子 DEFHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ01234567...
-タンパク質 , 7種, 7分子 dopqA2A3A4
#38: タンパク質 | 分子量: 35342.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B4DEF8, UniProt: Q9BRJ2*PLUS |
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#48: タンパク質 | 分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6 |
#49: タンパク質 | 分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase |
#50: タンパク質 | 分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8 |
#83: タンパク質 | 分子量: 13498.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BP2 |
#84: タンパク質 | 分子量: 22395.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWT8 |
#85: タンパク質 | 分子量: 50095.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EY7 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 t
#53: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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+28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZA0A1
-非ポリマー , 2種, 134分子
#86: 化合物 | ChemComp-MG / #87: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit タイプ: RIBOSOME 詳細: Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit Entity ID: #1-#85 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: その他 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 144057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26195 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 88.8 / プロトコル: OTHER | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3J9M |