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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6neq | |||||||||
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タイトル | Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit-Class-II | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / Human mitochondrial translation Initiation Factor 3 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / peptide biosynthetic process / mitochondrial ribosome binding / translation factor activity, RNA binding / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial translation initiation / positive regulation of mitochondrial translation / ribosome disassembly ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / peptide biosynthetic process / mitochondrial ribosome binding / translation factor activity, RNA binding / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial translation initiation / positive regulation of mitochondrial translation / ribosome disassembly / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding / translation initiation factor activity / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / regulation of translation / kinase activity / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cell population proliferation / ミトコンドリア内膜 / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / リン酸化 / mRNA binding / apoptotic process / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å | |||||||||
データ登録者 | Sharma, M. / Koripella, R. / Agrawal, R. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: iScience / 年: 2019 タイトル: Structure of Human Mitochondrial Translation Initiation Factor 3 Bound to the Small Ribosomal Subunit. 著者: Ravi K Koripella / Manjuli R Sharma / Md Emdadul Haque / Paul Risteff / Linda L Spremulli / Rajendra K Agrawal / 要旨: The human mitochondrial translational initiation factor 3 (IF3) carries mitochondrial-specific amino acid extensions at both its N and C termini (N- and C-terminal extensions [NTE and CTE, ...The human mitochondrial translational initiation factor 3 (IF3) carries mitochondrial-specific amino acid extensions at both its N and C termini (N- and C-terminal extensions [NTE and CTE, respectively]), when compared with its eubacterial counterpart. Here we present 3.3- to 3.5-Å-resolution cryoelectron microscopic structures of the mammalian 28S mitoribosomal subunit in complex with human IF3. Unique contacts observed between the 28S subunit and N-terminal domain of IF3 explain its unusually high affinity for the 28S subunit, whereas the position of the mito-specific NTE suggests NTE's role in binding of initiator tRNA to the 28S subunit. The location of the C-terminal domain (CTD) clarifies its anti-association activity, whereas the orientation of the mito-specific CTE provides a mechanistic explanation for its role in destabilizing initiator tRNA in the absence of mRNA. Furthermore, our structure hints at a possible role of the CTD in recruiting leaderless mRNAs for translation initiation. Our findings highlight unique features of IF3 in mitochondrial translation initiation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6neq.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6neq.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6neq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/6neq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/6neq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 A
#1: RNA鎖 | 分子量: 306932.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) |
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+28S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 CELPQacdejpGIJNhikBFKORUbf
-タンパク質 , 5種, 5分子 gmonz
#17: タンパク質 | 分子量: 40505.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: A6QQP1 |
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#21: タンパク質 | 分子量: 13581.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2HJE8 |
#22: タンパク質 | 分子量: 60587.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2KI62 |
#31: タンパク質 | 分子量: 22968.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q0VCJ1 |
#32: タンパク質 | 分子量: 28213.160 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 32-278 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H2K0 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit タイプ: RIBOSOME 詳細: Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: その他 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198355 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 97 / プロトコル: OTHER | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3JD5 |