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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mks | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of NLRC4-CARD filament | |||||||||
![]() | Chimera protein of NLR family CARD domain-containing protein 4 and EGFP![]() | |||||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() IPAF inflammasome complex / The IPAF inflammasome / icosanoid biosynthetic process / canonical inflammasome complex / positive regulation of protein processing / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zheng, W. / Matyszewski, M. / Sohn, J. / Egelman, E.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the NLRC4 filament provides insights into how symmetric and asymmetric supramolecular structures drive inflammasome assembly. 著者: Mariusz Matyszewski / Weili Zheng / Jacob Lueck / Brendan Antiochos / Edward H Egelman / Jungsan Sohn / ![]() 要旨: Inflammasomes are supramolecular signaling platforms integral to innate immune defense against invading pathogens. The NOD-like receptor (NLR) family apoptosis inhibitory protein (NAIP)·NLR family ...Inflammasomes are supramolecular signaling platforms integral to innate immune defense against invading pathogens. The NOD-like receptor (NLR) family apoptosis inhibitory protein (NAIP)·NLR family caspase-recruiting domain (CARD) domain-containing 4 (NLRC4) inflammasome recognizes intracellular bacteria and induces the polymerization of the caspase-1 protease, which in turn executes maturation of interleukin-1β (IL-1β) and pyroptosis. Several high-resolution structures of the fully assembled NAIP·NLRC4 complex are available, but these structures do not resolve the architecture of the CARD filament in atomic detail. Here, we present the cryo-EM structure of the filament assembled by the CARD of human NLRC4 (NLRC4) at 3.4 Å resolution. The structure revealed that the helical architecture of the NLRC4 filament is essentially identical to that of the downstream filament assembled by the CARD of caspase-1 (casp1), but deviates from the split washer-like assembly of the NAIP·NLRC4 oligomer. Our results suggest that architectural complementarity is a major driver for the recognition between upstream and downstream CARD assemblies in inflammasomes. Furthermore, a Monte Carlo simulation of the NLRC4 filament assembly rationalized why an (un)decameric NLRC4 oligomer is optimal for assembling the helical base of the NLRC4 filament. Together, our results explain how symmetric and asymmetric supramolecular assemblies enable high-fidelity signaling in inflammasomes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 574.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 432.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 38668.805 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: NLRC4, CARD12, CLAN, CLAN1, IPAF, UNQ6189/PRO20215, EGFP プラスミド: pET21b / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: NLRC4-CARD filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 詳細: 20mM HEPES at pH 7.4, 400mM NaCl, 10% glycerol, 1mM EDTA and 1mM DTT |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1690 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2919: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 100.6 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 402078 | |||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 299537 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4IKM Accession code: 4IKM / Source name: PDB / タイプ: experimental model |