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万見
- PDB-6lhp: The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 mature virion in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lhp
タイトルThe cryo-EM structure of coxsackievirus A16 mature virion in complex with Fab 14B10
要素
  • VP1 protein
  • VP2 protein
  • VP3 protein
  • VP4 protein
  • heavy chain variable region of Fab 14B10
  • light chain variable region of Fab 14B10
キーワードVIRUS (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / : / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 ...Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
スフィンゴシン / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / VP4 protein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者He, M.Z. / Xu, L.F. / Zheng, Q.B. / Zhu, R. / Yin, Z.C. / Cheng, T. / Li, S.W.
資金援助 中国, 米国, 9件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81991490 中国
National Science Foundation (NSF, China)2018ZX09711003-005-003 中国
National Science Foundation (NSF, China)2017ZX10304402-002-003 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670933 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81801646 中国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37-GM33050 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: Identification of Antibodies with Non-overlapping Neutralization Sites that Target Coxsackievirus A16.
著者: Maozhou He / Longfa Xu / Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Zhenghui Zha / Yu Lin / Lisheng Yang / Yang Huang / Xiangzhong Ye / Shuxuan Li / Wangheng Hou / Yangtao Wu / Jinle Han / ...著者: Maozhou He / Longfa Xu / Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Zhenghui Zha / Yu Lin / Lisheng Yang / Yang Huang / Xiangzhong Ye / Shuxuan Li / Wangheng Hou / Yangtao Wu / Jinle Han / Dongxiao Liu / Zekai Li / Zhenqin Chen / Hai Yu / Yuqiong Que / Yingbin Wang / Xiaodong Yan / Jun Zhang / Ying Gu / Z Hong Zhou / Tong Cheng / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Hand, foot, and mouth disease is a common childhood illness primarily caused by coxsackievirus A16 (CVA16), for which there are no current vaccines or treatments. We identify three CVA16-specific ...Hand, foot, and mouth disease is a common childhood illness primarily caused by coxsackievirus A16 (CVA16), for which there are no current vaccines or treatments. We identify three CVA16-specific neutralizing monoclonal antibodies (nAbs) with therapeutic potential: 18A7, 14B10, and NA9D7. We present atomic structures of these nAbs bound to all three viral particle forms-the mature virion, A-particle, and empty particle-and show that each Fab can simultaneously occupy the mature virion. Additionally, 14B10 or NA9D7 provide 100% protection against lethal CVA16 infection in a neonatal mouse model. 18A7 binds to a non-conserved epitope present in all three particles, whereas 14B10 and NA9D7 recognize broad protective epitopes but only bind the mature virion. NA9D7 targets an immunodominant site, which may overlap the receptor-binding site. These findings indicate that CVA16 vaccines should be based on mature virions and that these antibodies could be used to discriminate optimal virion-based immunogens.
履歴
登録2019年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0894
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0894
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: light chain variable region of Fab 14B10
H: heavy chain variable region of Fab 14B10
A: VP1 protein
B: VP2 protein
C: VP3 protein
D: VP4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,6127
ポリマ－119,3126
非ポリマー2991
水0
1
L: light chain variable region of Fab 14B10
H: heavy chain variable region of Fab 14B10
A: VP1 protein
B: VP2 protein
C: VP3 protein
D: VP4 protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,176,704420
ポリマ－7,158,734360
非ポリマー17,97060
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
Buried area23870 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area45390 Å2
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
L: light chain variable region of Fab 14B10
H: heavy chain variable region of Fab 14B10
A: VP1 protein
B: VP2 protein
C: VP3 protein
D: VP4 protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 598 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)598,05935
ポリマ－596,56130
非ポリマー1,4975
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
L: light chain variable region of Fab 14B10
H: heavy chain variable region of Fab 14B10
A: VP1 protein
B: VP2 protein
C: VP3 protein
D: VP4 protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 718 kDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)717,67042
ポリマ－715,87336
非ポリマー1,7976
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#3: タンパク質 VP1 protein


分子量: 33106.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A2S1BJ89, UniProt: Q9QF31*PLUS
#4: タンパク質 VP2 protein


分子量: 27557.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A1D3TZV2, UniProt: Q9QF31*PLUS, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#5: タンパク質 VP3 protein


分子量: 26654.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A2R4NBT3, UniProt: Q9QF31*PLUS, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#6: タンパク質 VP4 protein


分子量: 7551.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A5HX42, UniProt: Q9QF31*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 light chain variable region of Fab 14B10


分子量: 11671.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 heavy chain variable region of Fab 14B10


分子量: 12771.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 1種, 1分子

#7: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE / スフィンゴシン


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Coxsackievirus A16 complexCOMPLEX#1-#60NATURAL
2Fab antibodyCOMPLEX#1-#21NATURAL
3Coxsackievirus A16COMPLEX#3-#61NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Mus musculus (ハツカネズミ)10090
23Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)31704
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10580 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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