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万見
- PDB-6l4t: Structure of the peripheral FCPI from diatom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l4t
タイトルStructure of the peripheral FCPI from diatom
要素(Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein ...) x 10
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Photosystem I (光化学系I)
機能・相同性Chem-A86 / クロロフィルa / Chem-DD6 / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
機能・相同性情報
生物種Chaetoceros gracilis (珪藻)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nagao, R. / Kato, K. / Miyazaki, N. / Akita, F. / Shen, J.R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for assembly and function of a diatom photosystem I-light-harvesting supercomplex.
著者: Ryo Nagao / Koji Kato / Kentaro Ifuku / Takehiro Suzuki / Minoru Kumazawa / Ikuo Uchiyama / Yasuhiro Kashino / Naoshi Dohmae / Seiji Akimoto / Jian-Ren Shen / Naoyuki Miyazaki / Fusamichi Akita /
要旨: Photosynthetic light-harvesting complexes (LHCs) play a pivotal role in collecting solar energy for photochemical reactions in photosynthesis. One of the major LHCs are fucoxanthin chlorophyll a/c- ...Photosynthetic light-harvesting complexes (LHCs) play a pivotal role in collecting solar energy for photochemical reactions in photosynthesis. One of the major LHCs are fucoxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (FCPs) present in diatoms, a group of organisms having important contribution to the global carbon cycle. Here, we report a 2.40-Å resolution structure of the diatom photosystem I (PSI)-FCPI supercomplex by cryo-electron microscopy. The supercomplex is composed of 16 different FCPI subunits surrounding a monomeric PSI core. Each FCPI subunit showed different protein structures with different pigment contents and binding sites, and they form a complicated pigment-protein network together with the PSI core to harvest and transfer the light energy efficiently. In addition, two unique, previously unidentified subunits were found in the PSI core. The structure provides numerous insights into not only the light-harvesting strategy in diatom PSI-FCPI but also evolutionary dynamics of light harvesters among oxyphototrophs.
履歴
登録2019年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0834
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
6: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr12
7: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr10
8: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr4
10: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr3
11: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq13
12: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq3
13: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq11
14: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq10
15: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8
16: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)401,576202
ポリマ－259,63210
非ポリマー141,945192
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein ... , 10種, 10分子 67810111213141516

#1: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr12


分子量: 22362.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#2: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr10


分子量: 32238.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#3: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr4


分子量: 29704.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#4: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcr3


分子量: 22216.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#5: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq13


分子量: 24842.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#6: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq3


分子量: 21318.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#7: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq11


分子量: 25994.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#8: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq10


分子量: 26875.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#9: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8


分子量: 30545.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#10: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq5


分子量: 23533.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

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糖 , 1種, 13分子

#17: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 7種, 191分子

#11: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#12: 化合物...
ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1 / Chlorophyll c


分子量: 610.941 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5
#13: 化合物
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin / ジアジノキサンチン


分子量: 582.855 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3
#14: 化合物...
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'-yl acetate / Fucoxanthin / フコキサンチン


分子量: 658.906 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6
#15: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#18: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: peripheral FCPI / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.17 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMMES-NaOHMES-NaOH1
20.02 %DDMDDM1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.13_2998モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2689965
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 470801 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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