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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kig | ||||||
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タイトル | Structure of cyanobacterial photosystem I-IsiA supercomplex | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem / Antenna / Chlorophyll-binding protein / Membrane protein / iron stress-induced protein A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Synechococcus elongatus (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Cao, P. / Cao, D.F. / Si, L. / Su, X.D. / Chang, W.R. / Liu, Z.F. / Zhang, X.Z. / Li, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020 タイトル: Structural basis for energy and electron transfer of the photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex. 著者: Peng Cao / Duanfang Cao / Long Si / Xiaodong Su / Lijin Tian / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li / 要旨: Under iron-deficiency stress, which occurs frequently in natural aquatic environments, cyanobacteria reduce the amount of iron-enriched proteins, including photosystem I (PSI) and ferredoxin (Fd), ...Under iron-deficiency stress, which occurs frequently in natural aquatic environments, cyanobacteria reduce the amount of iron-enriched proteins, including photosystem I (PSI) and ferredoxin (Fd), and upregulate the expression of iron-stress-induced proteins A and B (IsiA and flavodoxin (Fld)). Multiple IsiAs function as the peripheral antennae that encircle the PSI core, whereas Fld replaces Fd as the electron receptor of PSI. Here, we report the structures of the PSI-IsiA-Fld and PSI-IsiA supercomplexes from Synechococcus sp. PCC 7942, revealing features that are different from the previously reported PSI structures, and a sophisticated pigment network that involves previously unobserved pigment molecules. Spectroscopic results demonstrated that IsiAs are efficient light harvesters for PSI. Three Flds bind symmetrically to the trimeric PSI core-we reveal the detailed interaction and the electron transport path between PSI and Fld. Our results provide a structural basis for understanding the mechanisms of light harvesting, energy transfer and electron transport of cyanobacterial PSI under stressed conditions. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kig.cif.gz | 3.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kig.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6kig.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kig_validation.pdf.gz | 36.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kig_full_validation.pdf.gz | 37.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6kig_validation.xml.gz | 614.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kig_validation.cif.gz | 772.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/6kig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/6kig | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem I ... , 10種, 30分子 AGeBHfCNgDOhEQiFRjISkJTlKUmLVn
#1: タンパク質 | 分子量: 83994.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31LJ0, photosystem I #2: タンパク質 | 分子量: 81554.742 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31LJ1, photosystem I #3: タンパク質 | 分子量: 8807.235 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31QV2, photosystem I #4: タンパク質 | 分子量: 15536.583 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31PI7 #5: タンパク質 | 分子量: 8147.134 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31NL7 #6: タンパク質 | 分子量: 17125.742 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31NT9 #7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4002.733 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 参照: UniProt: P95823 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4713.585 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31NU0 #9: タンパク質 | 分子量: 8397.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 参照: UniProt: Q31PR9 #10: タンパク質 | 分子量: 17302.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 参照: UniProt: P95822 |
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-タンパク質・ペプチド / タンパク質 / 糖 , 3種, 39分子 MWo123456YZabcdqrstuv
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3239.867 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 参照: photosystem I #12: タンパク質 | 分子量: 37004.453 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 参照: UniProt: P15347 #18: 糖 | ChemComp-LMU / |
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-非ポリマー , 8種, 882分子
#13: 化合物 | ChemComp-CLA / #14: 化合物 | ChemComp-PQN / #15: 化合物 | ChemComp-SF4 / #16: 化合物 | ChemComp-BCR / #17: 化合物 | ChemComp-LHG / #19: 化合物 | ChemComp-LMG / #20: 化合物 | ChemComp-SQD / #21: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Photosystem I-IsiA supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア) 株: PCC 7942 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63332 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL |