[日本語] English
万見
- PDB-6kgx: Structure of the phycobilisome from the red alga Porphyridium pur... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kgx
タイトルStructure of the phycobilisome from the red alga Porphyridium purpureum
要素
  • (Allophycocyanin ...) x 4
  • (C-phycocyanin ...) x 2
  • (Phycobilisome ...フィコビリソーム) x 2
  • B-phycoerythrin beta chain
  • LC
  • LR1
  • LR2
  • LR2_Hb
  • LR3
  • LR4
  • LR5
  • LR7
  • LR8
  • LR9
  • LRC2
  • LRC3
  • LRC4
  • LRC5
  • LRC6
  • Phycoerythrin alpha subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / phycobilisome (フィコビリソーム) / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


フィコビリソーム / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily ...Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フィコシアノビリン / PHYCOERYTHROBILIN / PHYCOUROBILIN / Phycoerythrin alpha subunit / B-phycoerythrin beta chain / C-phycocyanin alpha subunit / Allophycocyanin alpha subunit / Phycobilisome rod-core linker polypeptide / C-phycocyanin beta subunit / Allophycocyanin beta 18 subunit ...フィコシアノビリン / PHYCOERYTHROBILIN / PHYCOUROBILIN / Phycoerythrin alpha subunit / B-phycoerythrin beta chain / C-phycocyanin alpha subunit / Allophycocyanin alpha subunit / Phycobilisome rod-core linker polypeptide / C-phycocyanin beta subunit / Allophycocyanin beta 18 subunit / Phycobiliprotein ApcE / Allophycocyanin gamma subunit / Allophycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyridium purpureum (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sui, S.F. / Ma, J.F. / You, X. / Sun, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structural basis of energy transfer in Porphyridium purpureum phycobilisome.
著者: Jianfei Ma / Xin You / Shan Sun / Xiaoxiao Wang / Song Qin / Sen-Fang Sui /
要旨: Photosynthetic organisms have developed various light-harvesting systems to adapt to their environments. Phycobilisomes are large light-harvesting protein complexes found in cyanobacteria and red ...Photosynthetic organisms have developed various light-harvesting systems to adapt to their environments. Phycobilisomes are large light-harvesting protein complexes found in cyanobacteria and red algae, although how the energies of the chromophores within these complexes are modulated by their environment is unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structure of a 14.7-megadalton phycobilisome with a hemiellipsoidal shape from the red alga Porphyridium purpureum. Within this complex we determine the structures of 706 protein subunits, including 528 phycoerythrin, 72 phycocyanin, 46 allophycocyanin and 60 linker proteins. In addition, 1,598 chromophores are resolved comprising 1,430 phycoerythrobilin, 48 phycourobilin and 120 phycocyanobilin molecules. The markedly improved resolution of our structure compared with that of the phycobilisome of Griffithsia pacifica enabled us to build an accurate atomic model of the P. purpureum phycobilisome system. The model reveals how the linker proteins affect the microenvironment of the chromophores, and suggests that interactions of the aromatic amino acids of the linker proteins with the chromophores may be a key factor in fine-tuning the energy states of the chromophores to ensure the efficient unidirectional transfer of energy.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9976
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9976
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A1: Phycoerythrin alpha subunit
B1: B-phycoerythrin beta chain
C1: Phycoerythrin alpha subunit
D1: B-phycoerythrin beta chain
E1: Phycoerythrin alpha subunit
F1: B-phycoerythrin beta chain
G1: Phycoerythrin alpha subunit
H1: B-phycoerythrin beta chain
I1: Phycoerythrin alpha subunit
J1: B-phycoerythrin beta chain
K1: Phycoerythrin alpha subunit
L1: B-phycoerythrin beta chain
M1: LR7
N1: Phycoerythrin alpha subunit
O1: B-phycoerythrin beta chain
P1: Phycoerythrin alpha subunit
Q1: B-phycoerythrin beta chain
R1: Phycoerythrin alpha subunit
S1: B-phycoerythrin beta chain
T1: Phycoerythrin alpha subunit
U1: B-phycoerythrin beta chain
V1: Phycoerythrin alpha subunit
W1: B-phycoerythrin beta chain
X1: Phycoerythrin alpha subunit
Y1: B-phycoerythrin beta chain
Z1: B-phycoerythrin beta chain
a1: B-phycoerythrin beta chain
b1: LR2_Hb
c1: Phycoerythrin alpha subunit
d1: B-phycoerythrin beta chain
e1: Phycoerythrin alpha subunit
f1: B-phycoerythrin beta chain
g1: Phycoerythrin alpha subunit
h1: B-phycoerythrin beta chain
i1: Phycoerythrin alpha subunit
j1: B-phycoerythrin beta chain
k1: Phycoerythrin alpha subunit
l1: B-phycoerythrin beta chain
m1: Phycoerythrin alpha subunit
n1: B-phycoerythrin beta chain
o1: LR2_Hb
p1: Phycoerythrin alpha subunit
q1: B-phycoerythrin beta chain
r1: Phycoerythrin alpha subunit
s1: B-phycoerythrin beta chain
t1: Phycoerythrin alpha subunit
u1: B-phycoerythrin beta chain
v1: Phycoerythrin alpha subunit
w1: B-phycoerythrin beta chain
x1: Phycoerythrin alpha subunit
y1: B-phycoerythrin beta chain
z1: Phycoerythrin alpha subunit
11: B-phycoerythrin beta chain
21: LR7
31: LR9
X2: LR1
A2: LR4
B2: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
C2: C-phycocyanin alpha subunit
D2: C-phycocyanin beta subunit
E2: C-phycocyanin alpha subunit
F2: C-phycocyanin beta subunit
G2: C-phycocyanin alpha subunit
H2: C-phycocyanin beta subunit
I2: C-phycocyanin alpha subunit
J2: C-phycocyanin beta subunit
K2: C-phycocyanin alpha subunit
L2: C-phycocyanin beta subunit
M2: C-phycocyanin alpha subunit
N2: C-phycocyanin beta subunit
O2: Phycoerythrin alpha subunit
P2: B-phycoerythrin beta chain
Q2: Phycoerythrin alpha subunit
R2: B-phycoerythrin beta chain
S2: Phycoerythrin alpha subunit
T2: B-phycoerythrin beta chain
U2: Phycoerythrin alpha subunit
V2: B-phycoerythrin beta chain
W2: Phycoerythrin alpha subunit
Y2: B-phycoerythrin beta chain
Z2: Phycoerythrin alpha subunit
a2: B-phycoerythrin beta chain
b2: Phycoerythrin alpha subunit
c2: B-phycoerythrin beta chain
d2: Phycoerythrin alpha subunit
e2: B-phycoerythrin beta chain
f2: Phycoerythrin alpha subunit
g2: B-phycoerythrin beta chain
h2: Phycoerythrin alpha subunit
i2: B-phycoerythrin beta chain
j2: Phycoerythrin alpha subunit
k2: B-phycoerythrin beta chain
l2: Phycoerythrin alpha subunit
m2: B-phycoerythrin beta chain
e3: LR2
A3: Phycoerythrin alpha subunit
B3: B-phycoerythrin beta chain
C3: Phycoerythrin alpha subunit
D3: B-phycoerythrin beta chain
E3: Phycoerythrin alpha subunit
F3: B-phycoerythrin beta chain
G3: Phycoerythrin alpha subunit
H3: B-phycoerythrin beta chain
I3: Phycoerythrin alpha subunit
J3: B-phycoerythrin beta chain
K3: Phycoerythrin alpha subunit
L3: B-phycoerythrin beta chain
M3: Phycoerythrin alpha subunit
N3: B-phycoerythrin beta chain
O3: Phycoerythrin alpha subunit
P3: B-phycoerythrin beta chain
Q3: Phycoerythrin alpha subunit
R3: B-phycoerythrin beta chain
S3: Phycoerythrin alpha subunit
T3: B-phycoerythrin beta chain
U3: Phycoerythrin alpha subunit
V3: B-phycoerythrin beta chain
W3: Phycoerythrin alpha subunit
X3: B-phycoerythrin beta chain
Y3: LR4
A4: Phycoerythrin alpha subunit
B4: B-phycoerythrin beta chain
C4: Phycoerythrin alpha subunit
D4: B-phycoerythrin beta chain
E4: Phycoerythrin alpha subunit
F4: B-phycoerythrin beta chain
G4: Phycoerythrin alpha subunit
H4: B-phycoerythrin beta chain
I4: Phycoerythrin alpha subunit
J4: B-phycoerythrin beta chain
K4: Phycoerythrin alpha subunit
L4: B-phycoerythrin beta chain
M4: LR7
N4: Phycoerythrin alpha subunit
O4: B-phycoerythrin beta chain
P4: Phycoerythrin alpha subunit
Q4: B-phycoerythrin beta chain
R4: Phycoerythrin alpha subunit
S4: B-phycoerythrin beta chain
T4: Phycoerythrin alpha subunit
U4: B-phycoerythrin beta chain
V4: Phycoerythrin alpha subunit
W4: B-phycoerythrin beta chain
X4: Phycoerythrin alpha subunit
Y4: B-phycoerythrin beta chain
Z4: B-phycoerythrin beta chain
a4: B-phycoerythrin beta chain
b4: LR2_Hb
c4: Phycoerythrin alpha subunit
d4: B-phycoerythrin beta chain
e4: Phycoerythrin alpha subunit
f4: B-phycoerythrin beta chain
g4: Phycoerythrin alpha subunit
h4: B-phycoerythrin beta chain
i4: Phycoerythrin alpha subunit
j4: B-phycoerythrin beta chain
k4: Phycoerythrin alpha subunit
l4: B-phycoerythrin beta chain
m4: Phycoerythrin alpha subunit
n4: B-phycoerythrin beta chain
o4: LR2_Hb
p4: Phycoerythrin alpha subunit
q4: B-phycoerythrin beta chain
r4: Phycoerythrin alpha subunit
s4: B-phycoerythrin beta chain
t4: Phycoerythrin alpha subunit
u4: B-phycoerythrin beta chain
v4: Phycoerythrin alpha subunit
w4: B-phycoerythrin beta chain
x4: Phycoerythrin alpha subunit
y4: B-phycoerythrin beta chain
z4: Phycoerythrin alpha subunit
14: B-phycoerythrin beta chain
24: LR7
34: LR9
A5: B-phycoerythrin beta chain
B5: B-phycoerythrin beta chain
C5: B-phycoerythrin beta chain
F5: B-phycoerythrin beta chain
G5: B-phycoerythrin beta chain
H5: B-phycoerythrin beta chain
I5: B-phycoerythrin beta chain
J5: Phycoerythrin alpha subunit
K5: B-phycoerythrin beta chain
L5: B-phycoerythrin beta chain
X6: LR1
A6: LR4
B6: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
C6: C-phycocyanin alpha subunit
D6: C-phycocyanin beta subunit
E6: C-phycocyanin alpha subunit
F6: C-phycocyanin beta subunit
G6: C-phycocyanin alpha subunit
H6: C-phycocyanin beta subunit
I6: C-phycocyanin alpha subunit
J6: C-phycocyanin beta subunit
K6: C-phycocyanin alpha subunit
L6: C-phycocyanin beta subunit
M6: C-phycocyanin alpha subunit
N6: C-phycocyanin beta subunit
O6: Phycoerythrin alpha subunit
P6: B-phycoerythrin beta chain
Q6: Phycoerythrin alpha subunit
R6: B-phycoerythrin beta chain
S6: Phycoerythrin alpha subunit
T6: B-phycoerythrin beta chain
U6: Phycoerythrin alpha subunit
V6: B-phycoerythrin beta chain
W6: Phycoerythrin alpha subunit
Y6: B-phycoerythrin beta chain
Z6: Phycoerythrin alpha subunit
a6: B-phycoerythrin beta chain
b6: Phycoerythrin alpha subunit
c6: B-phycoerythrin beta chain
d6: Phycoerythrin alpha subunit
e6: B-phycoerythrin beta chain
f6: Phycoerythrin alpha subunit
g6: B-phycoerythrin beta chain
h6: Phycoerythrin alpha subunit
i6: B-phycoerythrin beta chain
j6: Phycoerythrin alpha subunit
k6: B-phycoerythrin beta chain
l6: Phycoerythrin alpha subunit
m6: B-phycoerythrin beta chain
X7: LR1
A7: LR4
B7: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
C7: C-phycocyanin alpha subunit
D7: C-phycocyanin beta subunit
E7: C-phycocyanin alpha subunit
F7: C-phycocyanin beta subunit
G7: C-phycocyanin alpha subunit
H7: C-phycocyanin beta subunit
I7: C-phycocyanin alpha subunit
J7: C-phycocyanin beta subunit
K7: C-phycocyanin alpha subunit
L7: C-phycocyanin beta subunit
M7: C-phycocyanin alpha subunit
N7: C-phycocyanin beta subunit
O7: Phycoerythrin alpha subunit
P7: B-phycoerythrin beta chain
Q7: Phycoerythrin alpha subunit
R7: B-phycoerythrin beta chain
S7: Phycoerythrin alpha subunit
T7: B-phycoerythrin beta chain
U7: Phycoerythrin alpha subunit
V7: B-phycoerythrin beta chain
W7: Phycoerythrin alpha subunit
Y7: B-phycoerythrin beta chain
Z7: Phycoerythrin alpha subunit
a7: B-phycoerythrin beta chain
b7: Phycoerythrin alpha subunit
c7: B-phycoerythrin beta chain
d7: Phycoerythrin alpha subunit
e7: B-phycoerythrin beta chain
f7: Phycoerythrin alpha subunit
g7: B-phycoerythrin beta chain
h7: Phycoerythrin alpha subunit
i7: B-phycoerythrin beta chain
j7: Phycoerythrin alpha subunit
k7: B-phycoerythrin beta chain
l7: Phycoerythrin alpha subunit
m7: B-phycoerythrin beta chain
b8: LRC2
A8: LR5
B8: LR8
C8: Phycoerythrin alpha subunit
D8: B-phycoerythrin beta chain
E8: Phycoerythrin alpha subunit
F8: B-phycoerythrin beta chain
G8: Phycoerythrin alpha subunit
H8: B-phycoerythrin beta chain
I8: Phycoerythrin alpha subunit
J8: B-phycoerythrin beta chain
K8: Phycoerythrin alpha subunit
L8: B-phycoerythrin beta chain
M8: Phycoerythrin alpha subunit
N8: B-phycoerythrin beta chain
O8: Phycoerythrin alpha subunit
P8: B-phycoerythrin beta chain
Q8: Phycoerythrin alpha subunit
R8: B-phycoerythrin beta chain
S8: Phycoerythrin alpha subunit
T8: B-phycoerythrin beta chain
U8: Phycoerythrin alpha subunit
V8: B-phycoerythrin beta chain
W8: Phycoerythrin alpha subunit
X8: B-phycoerythrin beta chain
Y8: Phycoerythrin alpha subunit
Z8: B-phycoerythrin beta chain
a8: Phycoerythrin alpha subunit
c8: B-phycoerythrin beta chain
d8: Phycoerythrin alpha subunit
e8: B-phycoerythrin beta chain
f8: Phycoerythrin alpha subunit
g8: B-phycoerythrin beta chain
h8: Phycoerythrin alpha subunit
i8: B-phycoerythrin beta chain
j8: Phycoerythrin alpha subunit
k8: B-phycoerythrin beta chain
l8: Phycoerythrin alpha subunit
m8: B-phycoerythrin beta chain
d9: LR3
A9: LR4
B9: Phycoerythrin alpha subunit
C9: B-phycoerythrin beta chain
D9: Phycoerythrin alpha subunit
E9: B-phycoerythrin beta chain
F9: Phycoerythrin alpha subunit
G9: B-phycoerythrin beta chain
H9: Phycoerythrin alpha subunit
I9: B-phycoerythrin beta chain
J9: Phycoerythrin alpha subunit
K9: B-phycoerythrin beta chain
L9: Phycoerythrin alpha subunit
M9: B-phycoerythrin beta chain
N9: Phycoerythrin alpha subunit
O9: B-phycoerythrin beta chain
P9: Phycoerythrin alpha subunit
Q9: B-phycoerythrin beta chain
R9: Phycoerythrin alpha subunit
S9: B-phycoerythrin beta chain
T9: Phycoerythrin alpha subunit
U9: B-phycoerythrin beta chain
V9: Phycoerythrin alpha subunit
W9: B-phycoerythrin beta chain
X9: Phycoerythrin alpha subunit
Y9: B-phycoerythrin beta chain
bA: LRC2
AA: LR5
BA: LR8
CA: Phycoerythrin alpha subunit
DA: B-phycoerythrin beta chain
EA: Phycoerythrin alpha subunit
FA: B-phycoerythrin beta chain
GA: Phycoerythrin alpha subunit
HA: B-phycoerythrin beta chain
IA: Phycoerythrin alpha subunit
JA: B-phycoerythrin beta chain
KA: Phycoerythrin alpha subunit
LA: B-phycoerythrin beta chain
MA: Phycoerythrin alpha subunit
NA: B-phycoerythrin beta chain
OA: Phycoerythrin alpha subunit
PA: B-phycoerythrin beta chain
QA: Phycoerythrin alpha subunit
RA: B-phycoerythrin beta chain
SA: Phycoerythrin alpha subunit
TA: B-phycoerythrin beta chain
UA: Phycoerythrin alpha subunit
VA: B-phycoerythrin beta chain
WA: Phycoerythrin alpha subunit
XA: B-phycoerythrin beta chain
YA: Phycoerythrin alpha subunit
ZA: B-phycoerythrin beta chain
aA: Phycoerythrin alpha subunit
cA: B-phycoerythrin beta chain
dA: Phycoerythrin alpha subunit
eA: B-phycoerythrin beta chain
fA: Phycoerythrin alpha subunit
gA: B-phycoerythrin beta chain
hA: Phycoerythrin alpha subunit
iA: B-phycoerythrin beta chain
jA: Phycoerythrin alpha subunit
kA: B-phycoerythrin beta chain
lA: Phycoerythrin alpha subunit
mA: B-phycoerythrin beta chain
XB: LR1
AB: LR4
BB: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
CB: C-phycocyanin alpha subunit
DB: C-phycocyanin beta subunit
EB: C-phycocyanin alpha subunit
FB: C-phycocyanin beta subunit
GB: C-phycocyanin alpha subunit
HB: C-phycocyanin beta subunit
IB: C-phycocyanin alpha subunit
JB: C-phycocyanin beta subunit
KB: C-phycocyanin alpha subunit
LB: C-phycocyanin beta subunit
MB: C-phycocyanin alpha subunit
NB: C-phycocyanin beta subunit
OB: Phycoerythrin alpha subunit
PB: B-phycoerythrin beta chain
QB: Phycoerythrin alpha subunit
RB: B-phycoerythrin beta chain
SB: Phycoerythrin alpha subunit
TB: B-phycoerythrin beta chain
UB: Phycoerythrin alpha subunit
VB: B-phycoerythrin beta chain
WB: Phycoerythrin alpha subunit
YB: B-phycoerythrin beta chain
ZB: Phycoerythrin alpha subunit
aB: B-phycoerythrin beta chain
bB: Phycoerythrin alpha subunit
cB: B-phycoerythrin beta chain
dB: Phycoerythrin alpha subunit
eB: B-phycoerythrin beta chain
fB: Phycoerythrin alpha subunit
gB: B-phycoerythrin beta chain
hB: Phycoerythrin alpha subunit
iB: B-phycoerythrin beta chain
jB: Phycoerythrin alpha subunit
kB: B-phycoerythrin beta chain
lB: Phycoerythrin alpha subunit
mB: B-phycoerythrin beta chain
AC: B-phycoerythrin beta chain
BC: B-phycoerythrin beta chain
CC: B-phycoerythrin beta chain
FC: B-phycoerythrin beta chain
GC: B-phycoerythrin beta chain
HC: B-phycoerythrin beta chain
IC: B-phycoerythrin beta chain
JC: Phycoerythrin alpha subunit
KC: B-phycoerythrin beta chain
LC: B-phycoerythrin beta chain
eD: LR2
AD: Phycoerythrin alpha subunit
BD: B-phycoerythrin beta chain
CD: Phycoerythrin alpha subunit
DD: B-phycoerythrin beta chain
ED: Phycoerythrin alpha subunit
FD: B-phycoerythrin beta chain
GD: Phycoerythrin alpha subunit
HD: B-phycoerythrin beta chain
ID: Phycoerythrin alpha subunit
JD: B-phycoerythrin beta chain
KD: Phycoerythrin alpha subunit
LD: B-phycoerythrin beta chain
MD: Phycoerythrin alpha subunit
ND: B-phycoerythrin beta chain
OD: Phycoerythrin alpha subunit
PD: B-phycoerythrin beta chain
QD: Phycoerythrin alpha subunit
RD: B-phycoerythrin beta chain
SD: Phycoerythrin alpha subunit
TD: B-phycoerythrin beta chain
UD: Phycoerythrin alpha subunit
VD: B-phycoerythrin beta chain
WD: Phycoerythrin alpha subunit
XD: B-phycoerythrin beta chain
YD: LR4
AE: Phycoerythrin alpha subunit
BE: B-phycoerythrin beta chain
CE: Phycoerythrin alpha subunit
DE: B-phycoerythrin beta chain
EE: Phycoerythrin alpha subunit
FE: B-phycoerythrin beta chain
GE: Phycoerythrin alpha subunit
HE: B-phycoerythrin beta chain
IE: Phycoerythrin alpha subunit
JE: B-phycoerythrin beta chain
KE: Phycoerythrin alpha subunit
LE: B-phycoerythrin beta chain
ME: Phycoerythrin alpha subunit
NE: B-phycoerythrin beta chain
OE: Phycoerythrin alpha subunit
PE: B-phycoerythrin beta chain
QE: Phycoerythrin alpha subunit
RE: B-phycoerythrin beta chain
SE: Phycoerythrin alpha subunit
TE: B-phycoerythrin beta chain
UE: Phycoerythrin alpha subunit
VE: B-phycoerythrin beta chain
WE: Phycoerythrin alpha subunit
XE: B-phycoerythrin beta chain
YE: Phycoerythrin alpha subunit
ZE: B-phycoerythrin beta chain
aE: Phycoerythrin alpha subunit
bE: B-phycoerythrin beta chain
cE: Phycoerythrin alpha subunit
dE: B-phycoerythrin beta chain
eE: Phycoerythrin alpha subunit
fE: B-phycoerythrin beta chain
gE: Phycoerythrin alpha subunit
hE: B-phycoerythrin beta chain
iE: Phycoerythrin alpha subunit
jE: B-phycoerythrin beta chain
kE: Phycoerythrin alpha subunit
lE: B-phycoerythrin beta chain
mE: Phycoerythrin alpha subunit
nE: B-phycoerythrin beta chain
oE: Phycoerythrin alpha subunit
pE: B-phycoerythrin beta chain
qE: Phycoerythrin alpha subunit
rE: B-phycoerythrin beta chain
sE: Phycoerythrin alpha subunit
tE: B-phycoerythrin beta chain
uE: Phycoerythrin alpha subunit
vE: B-phycoerythrin beta chain
wE: LR5
xE: LR5
yE: LR8
zE: LRC3
XF: LR1
AF: LR4
BF: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
CF: C-phycocyanin alpha subunit
DF: C-phycocyanin beta subunit
EF: C-phycocyanin alpha subunit
FF: C-phycocyanin beta subunit
GF: C-phycocyanin alpha subunit
HF: C-phycocyanin beta subunit
IF: C-phycocyanin alpha subunit
JF: C-phycocyanin beta subunit
KF: C-phycocyanin alpha subunit
LF: C-phycocyanin beta subunit
MF: C-phycocyanin alpha subunit
NF: C-phycocyanin beta subunit
OF: Phycoerythrin alpha subunit
PF: B-phycoerythrin beta chain
QF: Phycoerythrin alpha subunit
RF: B-phycoerythrin beta chain
SF: Phycoerythrin alpha subunit
TF: B-phycoerythrin beta chain
UF: Phycoerythrin alpha subunit
VF: B-phycoerythrin beta chain
WF: Phycoerythrin alpha subunit
YF: B-phycoerythrin beta chain
ZF: Phycoerythrin alpha subunit
aF: B-phycoerythrin beta chain
bF: Phycoerythrin alpha subunit
cF: B-phycoerythrin beta chain
dF: Phycoerythrin alpha subunit
eF: B-phycoerythrin beta chain
fF: Phycoerythrin alpha subunit
gF: B-phycoerythrin beta chain
hF: Phycoerythrin alpha subunit
iF: B-phycoerythrin beta chain
jF: Phycoerythrin alpha subunit
kF: B-phycoerythrin beta chain
lF: Phycoerythrin alpha subunit
mF: B-phycoerythrin beta chain
AG: Phycoerythrin alpha subunit
BG: B-phycoerythrin beta chain
CG: Phycoerythrin alpha subunit
DG: B-phycoerythrin beta chain
EG: Phycoerythrin alpha subunit
FG: B-phycoerythrin beta chain
GG: Phycoerythrin alpha subunit
HG: B-phycoerythrin beta chain
IG: Phycoerythrin alpha subunit
JG: B-phycoerythrin beta chain
KG: Phycoerythrin alpha subunit
LG: B-phycoerythrin beta chain
MG: Phycoerythrin alpha subunit
NG: B-phycoerythrin beta chain
OG: Phycoerythrin alpha subunit
PG: B-phycoerythrin beta chain
QG: Phycoerythrin alpha subunit
RG: B-phycoerythrin beta chain
SG: Phycoerythrin alpha subunit
TG: B-phycoerythrin beta chain
UG: Phycoerythrin alpha subunit
VG: B-phycoerythrin beta chain
WG: Phycoerythrin alpha subunit
XG: B-phycoerythrin beta chain
YG: Phycoerythrin alpha subunit
ZG: B-phycoerythrin beta chain
aG: Phycoerythrin alpha subunit
bG: B-phycoerythrin beta chain
cG: Phycoerythrin alpha subunit
dG: B-phycoerythrin beta chain
eG: Phycoerythrin alpha subunit
fG: B-phycoerythrin beta chain
gG: Phycoerythrin alpha subunit
hG: B-phycoerythrin beta chain
iG: Phycoerythrin alpha subunit
jG: B-phycoerythrin beta chain
kG: Phycoerythrin alpha subunit
lG: B-phycoerythrin beta chain
mG: Phycoerythrin alpha subunit
nG: B-phycoerythrin beta chain
oG: Phycoerythrin alpha subunit
pG: B-phycoerythrin beta chain
qG: Phycoerythrin alpha subunit
rG: B-phycoerythrin beta chain
sG: Phycoerythrin alpha subunit
tG: B-phycoerythrin beta chain
uG: Phycoerythrin alpha subunit
vG: B-phycoerythrin beta chain
wG: LR5
xG: LR5
yG: LR8
zG: LRC3
AH: Allophycocyanin alpha subunit
DH: Allophycocyanin beta subunit
CH: Allophycocyanin alpha subunit
FH: Allophycocyanin beta subunit
EH: Allophycocyanin alpha subunit
BH: Allophycocyanin beta subunit
GH: Allophycocyanin alpha subunit
HH: Allophycocyanin beta subunit
IH: Allophycocyanin beta subunit
JH: Allophycocyanin alpha subunit
KH: Allophycocyanin alpha subunit
LH: Allophycocyanin beta subunit
MH: Allophycocyanin beta subunit
NH: Allophycocyanin alpha subunit
OH: Allophycocyanin beta subunit
PH: Allophycocyanin alpha subunit
QH: Allophycocyanin beta subunit
RH: Allophycocyanin alpha subunit
SH: Allophycocyanin beta subunit
TH: Allophycocyanin alpha subunit
UH: Allophycocyanin beta subunit
VH: Allophycocyanin gamma subunit
WH: Allophycocyanin beta 18 subunit
XH: LC
YH: Phycobilisome linker polypeptide
ZH: LRC4
aH: LRC5
bH: LRC6
cH: Allophycocyanin alpha subunit
dH: Allophycocyanin beta subunit
eH: Allophycocyanin alpha subunit
fH: Allophycocyanin beta subunit
gH: Allophycocyanin alpha subunit
hH: Allophycocyanin beta subunit
iH: Allophycocyanin alpha subunit
jH: Allophycocyanin beta subunit
kH: Allophycocyanin beta subunit
lH: Allophycocyanin alpha subunit
mH: Allophycocyanin alpha subunit
nH: Allophycocyanin beta subunit
oH: Allophycocyanin beta subunit
pH: Allophycocyanin alpha subunit
qH: Allophycocyanin beta subunit
rH: Allophycocyanin alpha subunit
sH: Allophycocyanin beta subunit
tH: Allophycocyanin alpha subunit
uH: Allophycocyanin beta subunit
vH: Allophycocyanin alpha subunit
wH: Allophycocyanin beta subunit
xH: Allophycocyanin gamma subunit
yH: Allophycocyanin beta 18 subunit
zH: LC
1H: Phycobilisome linker polypeptide
2H: LRC4
3H: LRC5
4H: LRC6
XI: LR1
AI: LR4
BI: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
CI: C-phycocyanin alpha subunit
DI: C-phycocyanin beta subunit
EI: C-phycocyanin alpha subunit
FI: C-phycocyanin beta subunit
GI: C-phycocyanin alpha subunit
HI: C-phycocyanin beta subunit
II: C-phycocyanin alpha subunit
JI: C-phycocyanin beta subunit
KI: C-phycocyanin alpha subunit
LI: C-phycocyanin beta subunit
MI: C-phycocyanin alpha subunit
NI: C-phycocyanin beta subunit
OI: Phycoerythrin alpha subunit
PI: B-phycoerythrin beta chain
QI: Phycoerythrin alpha subunit
RI: B-phycoerythrin beta chain
SI: Phycoerythrin alpha subunit
TI: B-phycoerythrin beta chain
UI: Phycoerythrin alpha subunit
VI: B-phycoerythrin beta chain
WI: Phycoerythrin alpha subunit
YI: B-phycoerythrin beta chain
ZI: Phycoerythrin alpha subunit
aI: B-phycoerythrin beta chain
bI: Phycoerythrin alpha subunit
cI: B-phycoerythrin beta chain
dI: Phycoerythrin alpha subunit
eI: B-phycoerythrin beta chain
fI: Phycoerythrin alpha subunit
gI: B-phycoerythrin beta chain
hI: Phycoerythrin alpha subunit
iI: B-phycoerythrin beta chain
jI: Phycoerythrin alpha subunit
kI: B-phycoerythrin beta chain
lI: Phycoerythrin alpha subunit
mI: B-phycoerythrin beta chain
dJ: LR3
AJ: LR4
BJ: Phycoerythrin alpha subunit
CJ: B-phycoerythrin beta chain
DJ: Phycoerythrin alpha subunit
EJ: B-phycoerythrin beta chain
FJ: Phycoerythrin alpha subunit
GJ: B-phycoerythrin beta chain
HJ: Phycoerythrin alpha subunit
IJ: B-phycoerythrin beta chain
JJ: Phycoerythrin alpha subunit
KJ: B-phycoerythrin beta chain
LJ: Phycoerythrin alpha subunit
MJ: B-phycoerythrin beta chain
NJ: Phycoerythrin alpha subunit
OJ: B-phycoerythrin beta chain
PJ: Phycoerythrin alpha subunit
QJ: B-phycoerythrin beta chain
RJ: Phycoerythrin alpha subunit
SJ: B-phycoerythrin beta chain
TJ: Phycoerythrin alpha subunit
UJ: B-phycoerythrin beta chain
VJ: Phycoerythrin alpha subunit
WJ: B-phycoerythrin beta chain
XJ: Phycoerythrin alpha subunit
YJ: B-phycoerythrin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,789,6162304
ポリマ－13,848,786706
非ポリマー940,8301598
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 17種, 580分子 A1C1E1G1I1K1N1P1R1T1V1X1c1e1g1i1k1m1p1r1t1v1x1z1O2Q2S2U2W2Z2...

#1: タンパク質 ...
Phycoerythrin alpha subunit / R-phycoerythrin alpha subunit


分子量: 17824.029 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: E2IH77
#2: タンパク質 ...
B-phycoerythrin beta chain


分子量: 18584.182 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: P11393
#3: タンパク質
LR7


分子量: 36924.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#4: タンパク質
LR2_Hb


分子量: 43968.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#5: タンパク質 LR9


分子量: 31332.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#6: タンパク質
LR1


分子量: 39727.625 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#7: タンパク質
LR4


分子量: 31792.982 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#11: タンパク質 LR2


分子量: 32886.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#12: タンパク質 LRC2


分子量: 53601.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#13: タンパク質
LR5


分子量: 29453.639 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#14: タンパク質
LR8


分子量: 31358.787 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#15: タンパク質 LR3


分子量: 37175.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#16: タンパク質 LRC3


分子量: 55146.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#21: タンパク質 LC


分子量: 10428.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#23: タンパク質 LRC4


分子量: 16915.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#24: タンパク質 LRC5


分子量: 30272.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)
#25: タンパク質 LRC6


分子量: 26620.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物)

-
Phycobilisome ... , 2種, 8分子 B2B6B7BBBFBIYH1H

#8: タンパク質
Phycobilisome rod-core linker polypeptide


分子量: 26996.689 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ90
#22: タンパク質 Phycobilisome linker polypeptide


分子量: 99468.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZJ2

-
C-phycocyanin ... , 2種, 72分子 C2E2G2I2K2M2C6E6G6I6K6M6C7E7G7I7K7M7CBEBGBIBKBMBCFEFGFIFKFMF...

#9: タンパク質 ...
C-phycocyanin alpha subunit


分子量: 17478.664 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYI4
#10: タンパク質 ...
C-phycocyanin beta subunit


分子量: 18242.705 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZB2

-
Allophycocyanin ... , 4種, 46分子 AHCHEHGHJHKHNHPHRHTHcHeHgHiHlHmHpHrHtHvHDHFHBHHHIHLHMHOHQHSH...

#17: タンパク質
Allophycocyanin alpha subunit


分子量: 17639.123 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYM0
#18: タンパク質 ...
Allophycocyanin beta subunit


分子量: 17415.797 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0S279
#19: タンパク質 Allophycocyanin gamma subunit


分子量: 18126.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0S1U6
#20: タンパク質 Allophycocyanin beta 18 subunit


分子量: 19778.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZE2

-
非ポリマー , 3種, 1598分子

#26: 化合物...
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN / Phycoerythrobilin


分子量: 588.694 Da / 分子数: 1430 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#27: 化合物...
ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN / Phycourobilin


分子量: 590.710 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42N4O6
#28: 化合物...
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン


分子量: 588.694 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Complex of phycobilisome from red alga P.purpureum. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#25 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
1750 mmol.L-1Na2HPO31
2750 mmol.L-1KH2PO31
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
EM embeddingMaterial: ice
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 0.001 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5.6 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 16218
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4CTFFINDCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 686369
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 191825 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る