+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gyu | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the CBF3-msk complex of the budding yeast kinetochore | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yan, K. / Zhang, Z. / Yang, J. / McLaughlin, S.H. / Barford, D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Architecture of the CBF3-centromere complex of the budding yeast kinetochore. 著者: Kaige Yan / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / David Barford / ![]() 要旨: Kinetochores are multicomponent complexes responsible for coordinating the attachment of centromeric DNA to mitotic-spindle microtubules. The point centromeres of budding yeast are organized into ...Kinetochores are multicomponent complexes responsible for coordinating the attachment of centromeric DNA to mitotic-spindle microtubules. The point centromeres of budding yeast are organized into three centromeric determining elements (CDEs), and are associated with the centromere-specific nucleosome Cse4. Deposition of Cse4 at CEN loci is dependent on the CBF3 complex that engages CDEIII to direct Cse4 nucleosomes to CDEII. To understand how CBF3 recognizes CDEIII and positions Cse4, we determined a cryo-EM structure of a CBF3-CEN complex. CBF3 interacts with CEN DNA as a head-to-head dimer that includes the whole of CDEIII and immediate 3' regions. Specific CEN-binding of CBF3 is mediated by a Cep3 subunit of one of the CBF3 protomers that forms major groove interactions with the conserved and essential CCG and TGT motifs of CDEIII. We propose a model for a CBF3-Cse4-CEN complex with implications for understanding CBF3-directed deposition of the Cse4 nucleosome at CEN loci. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 415.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 336.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit ... , 4種, 4分子 BACE
#1: タンパク質 | 分子量: 71439.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CEP3, CBF3, CBF3B, CSL1, YMR168C, YM8520.17C / 発現宿主: ![]() |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 56416.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CTF13, CBF3C, YMR094W, YM6543.01, YM9582.19 / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 66401.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CEP3, CBF3, CBF3B, CSL1, YMR168C, YM8520.17C / 発現宿主: ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 112066.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CBF2, CBF3A, CEP2, CTF14, NDC10, YGR140W / 発現宿主: ![]() |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 D![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#4: タンパク質 | 分子量: 22357.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SKP1, CBF3D, YDR328C, D9798.14 / 発現宿主: ![]() |
---|---|
#6: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: CBF3-msk complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 27 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198010 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6GYP | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3 Å | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|