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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6epe | |||||||||||||||
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タイトル | Substrate processing state 26S proteasome (SPS2) | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() nuclear proteasome complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Metalloprotease DUBs / Assembly of the pre-replicative complex / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C ...nuclear proteasome complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Metalloprotease DUBs / Assembly of the pre-replicative complex / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of DVL / Hedgehog ligand biogenesis / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog 'on' state / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / UCH proteinases / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G2/M Checkpoints / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Regulation of RUNX3 expression and activity / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Degradation of AXIN / Regulation of RAS by GAPs / Orc1 removal from chromatin / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Guo, Q. / Lehmer, C. / Martinez-Sanchez, A. / Rudack, T. / Beck, F. / Hartmann, H. / Hipp, M.S. / Hartl, F.U. / Edbauer, D. / Baumeister, W. / Fernandez-Busnadiego, R. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: In Situ Structure of Neuronal C9orf72 Poly-GA Aggregates Reveals Proteasome Recruitment. 著者: Qiang Guo / Carina Lehmer / Antonio Martínez-Sánchez / Till Rudack / Florian Beck / Hannelore Hartmann / Manuela Pérez-Berlanga / Frédéric Frottin / Mark S Hipp / F Ulrich Hartl / Dieter ...著者: Qiang Guo / Carina Lehmer / Antonio Martínez-Sánchez / Till Rudack / Florian Beck / Hannelore Hartmann / Manuela Pérez-Berlanga / Frédéric Frottin / Mark S Hipp / F Ulrich Hartl / Dieter Edbauer / Wolfgang Baumeister / Rubén Fernández-Busnadiego / ![]() ![]() 要旨: Protein aggregation and dysfunction of the ubiquitin-proteasome system are hallmarks of many neurodegenerative diseases. Here, we address the elusive link between these phenomena by employing cryo- ...Protein aggregation and dysfunction of the ubiquitin-proteasome system are hallmarks of many neurodegenerative diseases. Here, we address the elusive link between these phenomena by employing cryo-electron tomography to dissect the molecular architecture of protein aggregates within intact neurons at high resolution. We focus on the poly-Gly-Ala (poly-GA) aggregates resulting from aberrant translation of an expanded GGGGCC repeat in C9orf72, the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal dementia. We find that poly-GA aggregates consist of densely packed twisted ribbons that recruit numerous 26S proteasome complexes, while other macromolecules are largely excluded. Proximity to poly-GA ribbons stabilizes a transient substrate-processing conformation of the 26S proteasome, suggesting stalled degradation. Thus, poly-GA aggregates may compromise neuronal proteostasis by driving the accumulation and functional impairment of a large fraction of cellular proteasomes. | |||||||||||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3915MC ![]() 3913C ![]() 3914C ![]() 3916C ![]() 3917C ![]() 4191C ![]() 6epcC ![]() 6epdC ![]() 6epfC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 7分子 ABCDEFG
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 27432.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 25955.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | ![]() 分子量: 29539.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | ![]() 分子量: 28369.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | ![]() 分子量: 26416.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | ![]() 分子量: 29557.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | ![]() 分子量: 28456.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 7分子 1234567
#8: タンパク質 | ![]() 分子量: 25309.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#9: タンパク質 | ![]() 分子量: 29963.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | ![]() 分子量: 22988.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | ![]() 分子量: 22941.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | ![]() 分子量: 28615.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | ![]() 分子量: 26511.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | ![]() 分子量: 29226.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 WY
#15: タンパク質 | ![]() 分子量: 40775.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#18: タンパク質 | 分子量: 8284.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, ... , 5種, 5分子 VSPRU
#16: タンパク質 | 分子量: 34620.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#21: タンパク質 | 分子量: 60778.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#22: タンパク質 | 分子量: 53011.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#24: タンパク質 | 分子量: 45658.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 36551.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-Proteasome 26S subunit, ... , 2種, 2分子 TL
#17: タンパク質 | 分子量: 39932.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#30: タンパク質 | 分子量: 45867.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-26S proteasome non-ATPase regulatory subunit ... , 4種, 4分子 ZNQO
#19: タンパク質 | 分子量: 100300.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#20: タンパク質 | 分子量: 105870.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | 分子量: 47526.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 42867.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-26S proteasome regulatory subunit ... , 5種, 5分子 HIKMJ
#27: タンパク質 | 分子量: 48640.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#28: タンパク質 | 分子量: 49260.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#29: タンパク質 | 分子量: 47468.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#31: タンパク質 | 分子量: 49611.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#32: タンパク質 | 分子量: 45694.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Substrate processing state 26S proteasome (SPS2) / タイプ: COMPLEX 詳細: in situ proteasome structure generated by subtomogram averaging Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | 詳細: The grid was coated with C prior to use / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.4 sec. / 電子線照射量: 1.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 12.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3482 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | 手法: Template matching / Num. of tomograms: 9 / Num. of volumes extracted: 10367 / Reference model: average of manual picked subtomograms | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |