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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cvb | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of human enterovirus D68 in complex with 6'-sialyl-N-acetyllactosamine | |||||||||
![]() | (viral protein ...![]() | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Liu, Y. / Rossmann, M.G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Bypassing pan-enterovirus host factor PLA2G16. 著者: Jim Baggen / Yue Liu / Heyrhyoung Lyoo / Arno L W van Vliet / Maryam Wahedi / Jost W de Bruin / Richard W Roberts / Pieter Overduin / Adam Meijer / Michael G Rossmann / Hendrik Jan Thibaut / ...著者: Jim Baggen / Yue Liu / Heyrhyoung Lyoo / Arno L W van Vliet / Maryam Wahedi / Jost W de Bruin / Richard W Roberts / Pieter Overduin / Adam Meijer / Michael G Rossmann / Hendrik Jan Thibaut / Frank J M van Kuppeveld / ![]() ![]() 要旨: Enteroviruses are a major cause of human disease. Adipose-specific phospholipase A2 (PLA2G16) was recently identified as a pan-enterovirus host factor and potential drug target. In this study, we ...Enteroviruses are a major cause of human disease. Adipose-specific phospholipase A2 (PLA2G16) was recently identified as a pan-enterovirus host factor and potential drug target. In this study, we identify a possible mechanism of PLA2G16 evasion by employing a dual glycan receptor-binding enterovirus D68 (EV-D68) strain. We previously showed that this strain does not strictly require the canonical EV-D68 receptor sialic acid. Here, we employ a haploid screen to identify sulfated glycosaminoglycans (sGAGs) as its second glycan receptor. Remarkably, engagement of sGAGs enables this virus to bypass PLA2G16. Using cryo-EM analysis, we reveal that, in contrast to sialic acid, sGAGs stimulate genome release from virions via structural changes that enlarge the putative openings for genome egress. Together, we describe an enterovirus that can bypass PLA2G16 and identify additional virion destabilization as a potential mechanism to circumvent PLA2G16. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7638MC ![]() 7632C ![]() 7633C ![]() 7634C ![]() 7635C ![]() 7636C ![]() 6cv1C ![]() 6cv2C ![]() 6cv3C ![]() 6cv4C ![]() 6cv5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
2 |
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3 | ![]()
| x 5
4 | ![]()
| x 6
5 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号![]() ![]() |
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要素
-Viral protein ... , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 32957.449 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 565-861 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 27170.895 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-247 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | ![]() 分子量: 27595.215 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-248 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | ![]() 分子量: 7336.960 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-69 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-糖 / 非ポリマー , 2種, 338分子 ![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Enterovirus D68![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: phosphate buffer |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結![]() | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6.2 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 330 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 62 / 利用したフレーム数/画像: 2-62 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | 詳細: On-the-fly CTF correction during 2D alignment and 3D reconstruction タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 7226 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5938 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 188.29 Å2 / Biso mean: 21.1815 Å2 / Biso min: 2 Å2 |