[日本語] English
万見
- PDB-5odv: Structure of Watermelon mosaic virus potyvirus. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5odv
タイトルStructure of Watermelon mosaic virus potyvirus.
要素
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
  • coat protein
キーワードVIRUS (ウイルス) / filamentous virus / potyvirus / plant pathogen (植物病理学)
機能・相同性Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / カプシド / リボ核酸 / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Watermelon mosaic virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Zamora, M. / Mendez-Lopez, E. / Agirrezabala, X. / Cuesta, R. / Lavin, J.L. / Sanchez-Pina, M.A. / Aranda, M. / Valle, M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2015-66326-P スペイン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Potyvirus virion structure shows conserved protein fold and RNA binding site in ssRNA viruses.
著者: Miguel Zamora / Eduardo Méndez-López / Xabier Agirrezabala / Rebeca Cuesta / José L Lavín / M Amelia Sánchez-Pina / Miguel A Aranda / Mikel Valle /
要旨: Potyviruses constitute the second largest genus of plant viruses and cause important economic losses in a large variety of crops; however, the atomic structure of their particles remains unknown. ...Potyviruses constitute the second largest genus of plant viruses and cause important economic losses in a large variety of crops; however, the atomic structure of their particles remains unknown. Infective potyvirus virions are long flexuous filaments where coat protein (CP) subunits assemble in helical mode bound to a monopartite positive-sense single-stranded RNA [(+)ssRNA] genome. We present the cryo-electron microscopy (cryoEM) structure of the potyvirus watermelon mosaic virus at a resolution of 4.0 Å. The atomic model shows a conserved fold for the CPs of flexible filamentous plant viruses, including a universally conserved RNA binding pocket, which is a potential target for antiviral compounds. This conserved fold of the CP is widely distributed in eukaryotic viruses and is also shared by nucleoproteins of enveloped viruses with segmented (-)ssRNA (negative-sense ssRNA) genomes, including influenza viruses.
履歴
登録2017年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3785
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3785
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: coat protein
a: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
B: coat protein
b: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
C: coat protein
c: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: coat protein
d: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
E: coat protein
e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
F: coat protein
f: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
G: coat protein
g: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
H: coat protein
h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
I: coat protein
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
J: coat protein
j: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
K: coat protein
k: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
L: coat protein
l: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
M: coat protein
m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
N: coat protein
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
O: coat protein
o: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
P: coat protein
p: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Q: coat protein
q: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
R: coat protein
r: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
S: coat protein
s: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
T: coat protein
t: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
U: coat protein
u: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
V: coat protein
v: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
W: coat protein
w: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
X: coat protein
x: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)790,78348
ポリマ－790,78348
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area190330 Å2
ΔGint-1153 kcal/mol
Surface area251030 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質 ...
coat protein


分子量: 31463.412 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然
詳細: 57 residues from N-terminus and 17 residues from C-terminus are not present in our pdb model due to the absence of densities for them in the cryo-electron microscopy map as a consequence of ...詳細: 57 residues from N-terminus and 17 residues from C-terminus are not present in our pdb model due to the absence of densities for them in the cryo-electron microscopy map as a consequence of being high flexible regions in the protein.
由来: (天然) Watermelon mosaic virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q70J31
#2: RNA鎖 ...
RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1485.872 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Watermelon mosaic virus (ウイルス)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Watermelon mosaic virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Watermelon mosaic virus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 35 / 利用したフレーム数/画像: 2-27

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.0.3粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
9RELION2.0.3初期オイラー角割当
10RELION2.0.3最終オイラー角割当
11RELION2.0.3分類
12RELION2.0.3３次元再構成
13Cootモデル精密化
14PHENIX1.11.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -40.87 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.99 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50045 / 対称性のタイプ: HELICAL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る