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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iy7 | |||||||||||||||
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タイトル | Human holo-PIC in the open state | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSFERASE/DNA / initiation / RNA polymerase II (RNAポリメラーゼII) / human (ヒト) / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 LRR domain binding / microfibril binding / RNA Polymerase III Chain Elongation / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / RNA Polymerase III Transcription Termination / positive regulation of DNA helicase activity / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation ...LRR domain binding / microfibril binding / RNA Polymerase III Chain Elongation / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / RNA Polymerase III Transcription Termination / positive regulation of DNA helicase activity / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / positive regulation of core promoter binding / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / RNA polymerase II core complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / hair follicle maturation / hair cell differentiation / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / phosphatase activator activity / regulation of transcription by RNA polymerase I / 紫外線 / CAK-ERCC2 complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / embryonic cleavage / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / transcription factor TFIIF complex / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / G protein-coupled receptor internalization / female germ cell nucleus / male pronucleus / transcription factor TFIIH core complex / female pronucleus / transcription factor TFIIH holo complex / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / 卵母細胞 / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nuclear thyroid hormone receptor binding / 転写開始前複合体 / FGFR2 alternative splicing / RNA Polymerase I Transcription Termination / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Viral Messenger RNA Synthesis / hematopoietic stem cell proliferation / Signaling by FGFR2 IIIa TM / 3'-5' DNA helicase activity / spinal cord development / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / protein acetylation / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / : / : / cell division site / bone mineralization / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II complex binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / erythrocyte maturation / ATPase activator activity / viral transcription / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / acetyltransferase activity / RNA Polymerase I Transcription Initiation / transcription elongation by RNA polymerase I / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / DNA topological change / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / transcription factor TFIID complex / TFIIB-class transcription factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | He, Y. / Yan, C. / Fang, J. / Inouye, C. / Tjian, R. / Ivanov, I. / Nogales, E. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Near-atomic resolution visualization of human transcription promoter opening. 著者: Yuan He / Chunli Yan / Jie Fang / Carla Inouye / Robert Tjian / Ivaylo Ivanov / Eva Nogales / 要旨: In eukaryotic transcription initiation, a large multi-subunit pre-initiation complex (PIC) that assembles at the core promoter is required for the opening of the duplex DNA and identification of the ...In eukaryotic transcription initiation, a large multi-subunit pre-initiation complex (PIC) that assembles at the core promoter is required for the opening of the duplex DNA and identification of the start site for transcription by RNA polymerase II. Here we use cryo-electron microscropy (cryo-EM) to determine near-atomic resolution structures of the human PIC in a closed state (engaged with duplex DNA), an open state (engaged with a transcription bubble), and an initially transcribing complex (containing six base pairs of DNA-RNA hybrid). Our studies provide structures for previously uncharacterized components of the PIC, such as TFIIE and TFIIH, and segments of TFIIA, TFIIB and TFIIF. Comparison of the different structures reveals the sequential conformational changes that accompany the transition from each state to the next throughout the transcription initiation process. This analysis illustrates the key role of TFIIB in transcription bubble stabilization and provides strong structural support for a translocase activity of XPB. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 5iy7.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5iy7.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5iy7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/5iy7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/5iy7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8132MC 8131C 8133C 8134C 8135C 8136C 8137C 8138C 5ivwC 5iy6C 5iy8C 5iy9C 5iyaC 5iybC 5iycC 5iydC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 12種, 12分子 ABCDEFGHIJKL
#1: タンパク質 | 分子量: 217420.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P24928, ポリメラーゼ, RNA依存性RNAポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 134071.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30876, ポリメラーゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 31478.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19387 |
#4: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15514 |
#5: タンパク質 | 分子量: 24584.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19388 |
#6: タンパク質 | 分子量: 14491.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61218 |
#7: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62487 |
#8: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52434 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36954 |
#10: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62875 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52435 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P53803 |
-Transcription initiation factor ... , 4種, 4分子 MNOR
#13: タンパク質 | 分子量: 34877.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2B, TF2B, TFIIB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00403 |
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#14: タンパク質 | 分子量: 41544.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A1, TF2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52655 |
#15: タンパク質 | 分子量: 12469.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A2, TF2A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52657 |
#18: タンパク質 | 分子量: 33106.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E2, TF2E2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29084 |
-タンパク質 , 3種, 3分子 PQU
#16: タンパク質 | 分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20226 |
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#17: タンパク質 | 分子量: 49516.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E1, TF2E1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29083 |
#21: タンパク質 | 分子量: 34022.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEA1, GTF2S, TFIIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23193 |
-General transcription factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 ST
#19: タンパク質 | 分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F1, RAP74 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35269 |
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#20: タンパク質 | 分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F2, RAP30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13984, ヘリカーゼ |
-TFIIH basal transcription factor complex helicase ... , 2種, 2分子 VW
#22: タンパク質 | 分子量: 89404.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19447, ヘリカーゼ |
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#23: タンパク質 | 分子量: 87021.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18074, ヘリカーゼ |
-General transcription factor IIH subunit ... , 4種, 4分子 0123
#24: タンパク質 | 分子量: 44481.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13888 |
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#25: タンパク質 | 分子量: 8060.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZYL4 |
#26: タンパク質 | 分子量: 52245.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92759 |
#27: タンパク質 | 分子量: 34416.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13889 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#28: DNA鎖 | 分子量: 23951.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#29: DNA鎖 | 分子量: 23566.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 2種, 13分子
#30: 化合物 | #31: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % 詳細: Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV). |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 27500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 1.4beta / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59271 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |