+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fn1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Electron cryo-microscopy of filamentous flexible virus PepMV (Pepino Mosaic Virus) | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | VIRUS (ウイルス) / PEPMV / FILAMENTOUS PLANT VIRUS / POTEXVIRUS / HELICAL SYMMETRY | ||||||
機能・相同性 | Potexviruses and carlaviruses coat protein signature. / Potex/carlavirus coat protein / カプシド / カプシド / structural molecule activity / リボ核酸 / Coat protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | PEPINO MOSAIC VIRUS (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Agirrezabala, X. / Mendez-Lopez, E. / Lasso, G. / Sanchez-Pina, M.A. / Aranda, M.A. / Valle, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2015 タイトル: The near-atomic cryoEM structure of a flexible filamentous plant virus shows homology of its coat protein with nucleoproteins of animal viruses. 著者: Xabier Agirrezabala / Eduardo Méndez-López / Gorka Lasso / M Amelia Sánchez-Pina / Miguel Aranda / Mikel Valle / 要旨: Flexible filamentous viruses include economically important plant pathogens. Their viral particles contain several hundred copies of a helically arrayed coat protein (CP) protecting a (+)ssRNA. We ...Flexible filamentous viruses include economically important plant pathogens. Their viral particles contain several hundred copies of a helically arrayed coat protein (CP) protecting a (+)ssRNA. We describe here a structure at 3.9 Å resolution, from electron cryomicroscopy, of Pepino mosaic virus (PepMV), a representative of the genus Potexvirus (family Alphaflexiviridae). Our results allow modeling of the CP and its interactions with viral RNA. The overall fold of PepMV CP resembles that of nucleoproteins (NPs) from the genus Phlebovirus (family Bunyaviridae), a group of enveloped (-)ssRNA viruses. The main difference between potexvirus CP and phlebovirus NP is in their C-terminal extensions, which appear to determine the characteristics of the distinct multimeric assemblies - a flexuous, helical rod or a loose ribonucleoprotein. The homology suggests gene transfer between eukaryotic (+) and (-)ssRNA viruses. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fn1.cif.gz | 80.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5fn1.ent.gz | 60.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fn1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/5fn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/5fn1 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
| x 18
2 |
|
3 |
|
対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 18 / Rise per n subunits: 3.95 Å / Rotation per n subunits: -41.1 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25146.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PEPINO MOSAIC VIRUS (ウイルス) / 株: PEPMV-SP13 / 参照: UniProt: Q71FK2 |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 1485.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PEPINO MOSAIC VIRUS (ウイルス) / 株: PEPMV-SP13 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pepino Mosaic Virus, PepMV / タイプ: VIRUS |
---|---|
緩衝液 | 名称: 100 MM TRIS-CITRIC ACID / pH: 8 / 詳細: 100 MM TRIS-CITRIC ACID |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年2月20日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 102987 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 100 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | 詳細: EACH PARTICLE PHASE FLIPPING | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.36 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3236. (DEPOSITION ID: 14021). 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.9 Å | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3.9 Å
|