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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a9q | ||||||
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タイトル | Human nuclear pore complex | ||||||
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機能・相同性 | ![]() GATOR2 complex / nephron development / Seh1-associated complex / nuclear pore inner ring / protein localization to nuclear inner membrane / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / nuclear envelope organization / telomere tethering at nuclear periphery / COPII-coated vesicle cargo loading ...GATOR2 complex / nephron development / Seh1-associated complex / nuclear pore inner ring / protein localization to nuclear inner membrane / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / nuclear envelope organization / telomere tethering at nuclear periphery / COPII-coated vesicle cargo loading / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | von Appen, A. / Kosinski, J. / Sparks, L. / Ori, A. / DiGuilio, A. / Vollmer, B. / Mackmull, M. / Banterle, N. / Parca, L. / Kastritis, P. ...von Appen, A. / Kosinski, J. / Sparks, L. / Ori, A. / DiGuilio, A. / Vollmer, B. / Mackmull, M. / Banterle, N. / Parca, L. / Kastritis, P. / Buczak, K. / Mosalaganti, S. / Hagen, W. / Andres-Pons, A. / Lemke, E.A. / Bork, P. / Antonin, W. / Glavy, J.S. / Bui, K.H. / Beck, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: In situ structural analysis of the human nuclear pore complex. 著者: Alexander von Appen / Jan Kosinski / Lenore Sparks / Alessandro Ori / Amanda L DiGuilio / Benjamin Vollmer / Marie-Therese Mackmull / Niccolo Banterle / Luca Parca / Panagiotis Kastritis / ...著者: Alexander von Appen / Jan Kosinski / Lenore Sparks / Alessandro Ori / Amanda L DiGuilio / Benjamin Vollmer / Marie-Therese Mackmull / Niccolo Banterle / Luca Parca / Panagiotis Kastritis / Katarzyna Buczak / Shyamal Mosalaganti / Wim Hagen / Amparo Andres-Pons / Edward A Lemke / Peer Bork / Wolfram Antonin / Joseph S Glavy / Khanh Huy Bui / Martin Beck / ![]() ![]() ![]() 要旨: Nuclear pore complexes are fundamental components of all eukaryotic cells that mediate nucleocytoplasmic exchange. Determining their 110-megadalton structure imposes a formidable challenge and ...Nuclear pore complexes are fundamental components of all eukaryotic cells that mediate nucleocytoplasmic exchange. Determining their 110-megadalton structure imposes a formidable challenge and requires in situ structural biology approaches. Of approximately 30 nucleoporins (Nups), 15 are structured and form the Y and inner-ring complexes. These two major scaffolding modules assemble in multiple copies into an eight-fold rotationally symmetric structure that fuses the inner and outer nuclear membranes to form a central channel of ~60 nm in diameter. The scaffold is decorated with transport-channel Nups that often contain phenylalanine-repeat sequences and mediate the interaction with cargo complexes. Although the architectural arrangement of parts of the Y complex has been elucidated, it is unclear how exactly it oligomerizes in situ. Here we combine cryo-electron tomography with mass spectrometry, biochemical analysis, perturbation experiments and structural modelling to generate, to our knowledge, the most comprehensive architectural model of the human nuclear pore complex to date. Our data suggest previously unknown protein interfaces across Y complexes and to inner-ring complex members. We show that the transport-channel Nup358 (also known as Ranbp2) has a previously unanticipated role in Y-complex oligomerization. Our findings blur the established boundaries between scaffold and transport-channel Nups. We conclude that, similar to coated vesicles, several copies of the same structural building block--although compositionally identical--engage in different local sets of interactions and conformations. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 8
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要素
-タンパク質 , 4種, 16分子 09IR2KTb6FOX7GPY
#1: タンパク質 | 分子量: 42195.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 36748.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 35578.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 39700.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN ... , 6種, 22分子 1JSa3CLU4DMV5ENW8HQZAB
#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 162280.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | ![]() 分子量: 129108.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | ![]() 分子量: 106504.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | ![]() 分子量: 106039.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | ![]() 分子量: 75105.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | ![]() 分子量: 155357.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: HUMAN NUCLEAR PORE COMPLEX![]() |
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緩衝液 | 名称: 20MM TRIS, 0.2-0.4% TREHALOSE / pH: 7.5 / 詳細: 20MM TRIS, 0.2-0.4% TREHALOSE |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | 詳細: CARBON |
急速凍結![]() | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年10月17日 |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 傾斜角・最大: 60 ° / 傾斜角・最小: -45 ° |
撮影 | 電子線照射量: 110 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | 詳細: PHASE FLIPPING OF TILT SERIES | ||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() ![]() | ||||||||||||
3次元再構成![]() | 手法: SUBTOMOGRAM AVERAGING / 解像度: 23 Å 詳細: THIS PDB STRUCTURE INCLUDES UNAMBIGUOUS FITS ONLY. THE STRUCTURE WITH LESS CONFIDENT FITS CAN BE OBTAINED FROM AUTHORS. PROTEIN-PROTEIN INTERFACES SHALL NOT BE INTERPRETED AT RESIDUE-LEVEL ...詳細: THIS PDB STRUCTURE INCLUDES UNAMBIGUOUS FITS ONLY. THE STRUCTURE WITH LESS CONFIDENT FITS CAN BE OBTAINED FROM AUTHORS. PROTEIN-PROTEIN INTERFACES SHALL NOT BE INTERPRETED AT RESIDUE-LEVEL RESOLUTION. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3103. (DEPOSITION ID: 13616). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 23 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 23 Å
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